44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_t55 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_t55  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.304327  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0012  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA61  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0091  tRNA-Gly  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0087  tRNA-Gly  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0256242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0053  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000779558  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t25  tRNA-Gly  90.7 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.532363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0028  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0041  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0031  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.390279  normal  0.72229 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0053  tRNA-Gly  88.37 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5034  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.616369  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0037  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5030  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.539673  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0017  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00877648 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0014  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.472539  normal  0.286694 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0018  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0132435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0020  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.156043  normal  0.538933 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0085  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000318176  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0002  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.379768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0015  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.660647 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0018  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.395535  normal  0.2939 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0308  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0016  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.465569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4566  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.778703  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0017  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.292285 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0562  hypothetical protein  96.15 
 
 		 141 bp  44.1  0.004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000293219  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t06  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.490066  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA68  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000000111768  normal  0.639487 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R88  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000223228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4319  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.663542  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0002  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000264392  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0008  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.297445  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0005  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0561  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000476059  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0035  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0069  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.299902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0068  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0049  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.099885  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0956  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1214  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0015  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000649804  normal  0.0121052 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0106  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000281433  hitchhiker  0.00000200758 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0820  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0945604  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>