67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3888 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3888    100 
 
 		 565 bp  1120    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.599643  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4138  integrase catalytic subunit  88.84 
 
 		 981 bp  256  6e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3084    86.09 
 
 		 870 bp  202  7.999999999999999e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3080    86.09 
 
 		 870 bp  202  7.999999999999999e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3826  integrase catalytic subunit  85.65 
 
 		 981 bp  194  2e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4085  tISRso5; ISRSO5-transposase protein  83.98 
 
 		 1095 bp  149  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.508946  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3168  tISRso5; ISRSO5-transposase protein  83.98 
 
 		 1095 bp  149  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.555187  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2834  tISRso5; ISRSO5-transposase protein  83.98 
 
 		 1095 bp  149  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.996081  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2516  tISRso5; ISRSO5-transposase protein  83.98 
 
 		 1095 bp  149  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2447  tISRso5; ISRSO5-transposase protein  83.98 
 
 		 1095 bp  149  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.32  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1628  tISRso5; ISRSO5-transposase protein  83.98 
 
 		 1095 bp  149  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.32  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1627  tISRso5; ISRSO5-transposase protein  83.98 
 
 		 1095 bp  149  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.857039  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0871  tISRso5; ISRSO5-transposase protein  83.98 
 
 		 1095 bp  149  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4262  tISRso5; ISRSO5-transposase protein  83.98 
 
 		 1095 bp  149  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.234928  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4619    84.08 
 
 		 549 bp  129  9e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.483735  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3895  putative transposase  83.58 
 
 		 1095 bp  121  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0640  helix-turn-helix, Fis-type  85.31 
 
 		 981 bp  117  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.337003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3112  helix-turn-helix, Fis-type  85.31 
 
 		 981 bp  117  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3086  helix-turn-helix, Fis-type  85.31 
 
 		 981 bp  117  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.864475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2866  helix-turn-helix, Fis-type  85.31 
 
 		 981 bp  117  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2819  helix-turn-helix, Fis-type  85.31 
 
 		 981 bp  117  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2674  helix-turn-helix, Fis-type  85.31 
 
 		 981 bp  117  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0782  integrase, catalytic region  85.31 
 
 		 714 bp  117  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1492  helix-turn-helix, Fis-type  85.31 
 
 		 981 bp  117  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.246201  normal  0.113657 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1932  helix-turn-helix, Fis-type  85.31 
 
 		 981 bp  117  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.827485 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1945  helix-turn-helix, Fis-type  85.31 
 
 		 981 bp  117  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1964  helix-turn-helix, Fis-type  85.31 
 
 		 981 bp  117  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1299  helix-turn-helix, Fis-type  85.31 
 
 		 981 bp  117  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2047  helix-turn-helix, Fis-type  85.31 
 
 		 981 bp  117  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2082  helix-turn-helix, Fis-type  85.31 
 
 		 981 bp  117  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2099  helix-turn-helix, Fis-type  85.31 
 
 		 981 bp  117  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2135  helix-turn-helix, Fis-type  85.31 
 
 		 981 bp  117  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2665  helix-turn-helix, Fis-type  85.31 
 
 		 981 bp  117  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.224592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2329  helix-turn-helix, Fis-type  85.31 
 
 		 981 bp  117  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137968  normal  0.366873 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1018  helix-turn-helix, Fis-type  85.31 
 
 		 981 bp  117  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.759642 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0872  helix-turn-helix, Fis-type  85.31 
 
 		 981 bp  117  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.453841 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2358  helix-turn-helix, Fis-type  85.31 
 
 		 981 bp  117  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0867438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0865  helix-turn-helix, Fis-type  85.31 
 
 		 981 bp  117  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0660  helix-turn-helix, Fis-type  85.31 
 
 		 981 bp  117  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1143  helix-turn-helix, Fis-type  80.87 
 
 		 981 bp  107  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.765117 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0254  helix-turn-helix, Fis-type  80.87 
 
 		 2358 bp  107  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1541  helix-turn-helix, Fis-type  80.87 
 
 		 1488 bp  107  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3106  helix-turn-helix, Fis-type  80.87 
 
 		 981 bp  107  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.969035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3099  helix-turn-helix, Fis-type  80.87 
 
 		 1440 bp  107  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2941  helix-turn-helix, Fis-type  80.87 
 
 		 981 bp  107  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2879  helix-turn-helix, Fis-type  80.87 
 
 		 981 bp  107  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.676741  normal  0.87637 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2865  helix-turn-helix, Fis-type  80.87 
 
 		 981 bp  107  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2407  helix-turn-helix, Fis-type  80.87 
 
 		 981 bp  107  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.49226  normal  0.362833 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2433  helix-turn-helix, Fis-type  80.87 
 
 		 981 bp  107  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0656957 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3014  hypothetical protein  87.18 
 
 		 936 bp  105  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3774    81.68 
 
 		 234 bp  93.7  5e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6392  putative transposase  80.37 
 
 		 1080 bp  75.8  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5589  putative transposase  80.95 
 
 		 1122 bp  71.9  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3816    92.31 
 
 		 609 bp  71.9  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5437  tISRso5; ISRSO5-transposase protein  94.59 
 
 		 903 bp  58  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.218978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4350    83.15 
 
 		 265 bp  58  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0493    83.7 
 
 		 1077 bp  56  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3358    88.89 
 
 		 1046 bp  52  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6453  Integrase catalytic region  100 
 
 		 981 bp  52  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4906  integrase catalytic subunit  82.35 
 
 		 618 bp  50.1  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.350856 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5077  integrase catalytic subunit  82.35 
 
 		 801 bp  50.1  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4694  hypothetical protein  86.79 
 
 		 1014 bp  50.1  0.0007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8057    96.55 
 
 		 830 bp  50.1  0.0007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.133932  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9017    96.55 
 
 		 303 bp  50.1  0.0007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9080    96.55 
 
 		 1404 bp  50.1  0.0007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8357  putative transposase  86.54 
 
 		 1071 bp  48.1  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0412  ISBmu8 transposase  93.75 
 
 		 1140 bp  48.1  0.003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0822678  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>