35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0350 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0350  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  100 
 
 		 167 aa  324  3e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3527  poly granule associated  58.54 
 
 		 200 aa  142  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.219058  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3495  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  58.62 
 
 		 194 aa  140  7e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.827909 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4024  poly granule associated  58.62 
 
 		 168 aa  138  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.533985  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0552  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  52.08 
 
 		 157 aa  130  6e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0536  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  51.39 
 
 		 157 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.326611  normal  0.0874326 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2170  poly granule associated family protein  53.55 
 
 		 183 aa  126  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.940571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0490  polygranule-associated protein  54.78 
 
 		 182 aa  124  6e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.394794  normal  0.0296543 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1492  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  39.42 
 
 		 139 aa  100  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0391  Poly granule associated  37.5 
 
 		 230 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5147  polyhydroxyalkanoate granule-associated protein PhaF  35.71 
 
 		 257 aa  92  4e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0457  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  34.85 
 
 		 254 aa  90.9  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.868468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5057  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  36.29 
 
 		 258 aa  90.9  8e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5007  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  35.48 
 
 		 261 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.508327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4881  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  35.48 
 
 		 261 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2543  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  37.23 
 
 		 163 aa  86.7  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00882865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0390  Poly granule associated  33.83 
 
 		 292 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210715 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5799  polyhydroxyalkanoate synthesis protein PhaF  36 
 
 		 322 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0526  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  36.72 
 
 		 284 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.170611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0389  Poly granule associated  39.67 
 
 		 140 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.327978 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66875  polyhydroxyalkanoate synthesis protein PhaF  36 
 
 		 309 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0456  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  36.8 
 
 		 139 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.891613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0559  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  27.66 
 
 		 168 aa  76.6  0.0000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5148  polyhydroxyalkanoate granule-associated protein PhaI  32.81 
 
 		 148 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5058  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  37.07 
 
 		 139 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0604  poly(hydroxyalcanoate) granule associated protein  27.66 
 
 		 168 aa  75.9  0.0000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66880  hypothetical protein  36.28 
 
 		 138 aa  74.3  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5008  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  34.48 
 
 		 139 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5800  hypothetical protein  36.28 
 
 		 138 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4882  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  34.48 
 
 		 139 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.780933 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00722  poly(hydroxyalcanoate) granule associated protein  33.57 
 
 		 187 aa  70.9  0.000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.176303  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0525  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  36.07 
 
 		 148 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.233444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2415  hypothetical protein  32.99 
 
 		 177 aa  51.6  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.471261  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4799  hypothetical protein  41.82 
 
 		 177 aa  43.5  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01151  hypothetical protein  30.14 
 
 		 119 aa  41.6  0.006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>