More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2798 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_2798  F0F1 ATP synthase subunit gamma  100 
 
 
290 aa  596  1e-169  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0214  F0F1 ATP synthase subunit gamma  71.33 
 
 
289 aa  428  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3495  F0F1 ATP synthase subunit gamma  69.52 
 
 
291 aa  426  1e-118  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.055909  normal  0.57378 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4113  F0F1 ATP synthase subunit gamma  69.66 
 
 
286 aa  421  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0282058  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3188  F0F1 ATP synthase subunit gamma  69.86 
 
 
291 aa  421  1e-117  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.49841  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3513  F0F1 ATP synthase subunit gamma  69.86 
 
 
291 aa  421  1e-117  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00187925 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3318  F0F1 ATP synthase subunit gamma  69.52 
 
 
291 aa  420  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0629678  normal  0.0205724 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3347  F0F1 ATP synthase subunit gamma  69.18 
 
 
291 aa  420  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.752399  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0371  F0F1 ATP synthase subunit gamma  68.97 
 
 
288 aa  419  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.446257 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3527  ATP synthase F1, gamma subunit  68.15 
 
 
293 aa  418  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0286312 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0307  F0F1 ATP synthase subunit gamma  69.31 
 
 
288 aa  420  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.185722  normal  0.044669 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2745  ATP synthase F1, gamma subunit  67.81 
 
 
291 aa  418  1e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.177346 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0302  F0F1 ATP synthase subunit gamma  69.31 
 
 
288 aa  420  1e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.73388  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0419  F0F1 ATP synthase subunit gamma  67.93 
 
 
290 aa  413  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0309  F0F1 ATP synthase subunit gamma  65.53 
 
 
293 aa  408  1e-113  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0418781  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2956  F0F1 ATP synthase subunit gamma  65.98 
 
 
291 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.800899  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0180  F0F1 ATP synthase subunit gamma  65.98 
 
 
291 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.372177  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4043  F0F1 ATP synthase subunit gamma  66.32 
 
 
291 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746291  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0254  F0F1 ATP synthase subunit gamma  66.9 
 
 
288 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85484  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3356  F0F1 ATP synthase subunit gamma  65.98 
 
 
291 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1588  F0F1 ATP synthase subunit gamma  65.98 
 
 
291 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.128703  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3014  F0F1 ATP synthase subunit gamma  65.98 
 
 
291 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.636647  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3969  F0F1 ATP synthase subunit gamma  65.98 
 
 
291 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0105  F0F1 ATP synthase subunit gamma  65.29 
 
 
291 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.780318 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0121  F0F1 ATP synthase subunit gamma  65.29 
 
 
291 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3287  F0F1 ATP synthase subunit gamma  65.29 
 
 
291 aa  403  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3309  F0F1 ATP synthase subunit gamma  65.98 
 
 
291 aa  404  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00792129  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0326  F0F1 ATP synthase subunit gamma  67.12 
 
 
288 aa  403  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0039  F0F1 ATP synthase subunit gamma  65.31 
 
 
294 aa  402  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0292882  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2950  F0F1 ATP synthase subunit gamma  65.29 
 
 
291 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0738398  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0196  Sodium-transporting two-sector ATPase  65.98 
 
 
291 aa  404  1e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3895  F0F1 ATP synthase subunit gamma  65.65 
 
 
294 aa  404  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.476165  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0096  F0F1 ATP synthase subunit gamma  65.29 
 
 
291 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0105  F0F1 ATP synthase subunit gamma  65.29 
 
 
291 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506697  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0105  F0F1 ATP synthase subunit gamma  65.98 
 
 
291 aa  403  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.25752  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0479  ATP synthase F1, gamma subunit  67.37 
 
 
291 aa  399  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.658838  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4871  ATP synthase F1, gamma subunit  66.32 
 
 
291 aa  397  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3028  F0F1 ATP synthase subunit gamma  63.88 
 
 
295 aa  397  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0107  ATP synthase F1, gamma subunit  63.3 
 
 
298 aa  390  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0013955  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3306  H(+)-transporting two-sector ATPase  64.83 
 
 
286 aa  388  1e-107  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.555978  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3075  Sodium-transporting two-sector ATPase  60.69 
 
 
289 aa  377  1e-104  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2870  F0F1 ATP synthase subunit gamma  59.66 
 
 
287 aa  378  1e-104  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.720203  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4463  ATP synthase F1, gamma subunit  62.07 
 
 
286 aa  374  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0814599  hitchhiker  0.0000000162281 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03617  F0F1 ATP synthase subunit gamma  61.17 
 
 
287 aa  372  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.404917  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4234  ATP synthase F1, gamma subunit  61.17 
 
 
287 aa  372  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5169  F0F1 ATP synthase subunit gamma  61.17 
 
 
287 aa  372  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.313749  hitchhiker  0.00895042 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03561  hypothetical protein  61.17 
 
 
287 aa  372  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.301672  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4101  F0F1 ATP synthase subunit gamma  61.17 
 
 
287 aa  372  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.631159  normal  0.145775 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4261  F0F1 ATP synthase subunit gamma  61.17 
 
 
287 aa  372  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.114644  normal  0.0774581 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4197  F0F1 ATP synthase subunit gamma  61.51 
 
 
287 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0025  F0F1 ATP synthase subunit gamma  62.07 
 
 
289 aa  374  1e-102  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.101657  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4188  F0F1 ATP synthase subunit gamma  61.17 
 
 
287 aa  372  1e-102  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.112565  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4131  F0F1 ATP synthase subunit gamma  61.17 
 
 
287 aa  373  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.522033  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4256  F0F1 ATP synthase subunit gamma  61.51 
 
 
287 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4076  F0F1 ATP synthase subunit gamma  61.51 
 
 
287 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.542235  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4147  F0F1 ATP synthase subunit gamma  61.51 
 
 
287 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.326291  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4193  F0F1 ATP synthase subunit gamma  61.38 
 
 
287 aa  372  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0939304  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3992  F0F1 ATP synthase subunit gamma  60.82 
 
 
287 aa  372  1e-102  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.120958  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3949  F0F1 ATP synthase subunit gamma  61.17 
 
 
287 aa  372  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.060401  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4249  F0F1 ATP synthase subunit gamma  61.17 
 
 
287 aa  373  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000401415  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4091  F0F1 ATP synthase subunit gamma  61.51 
 
 
287 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.222651  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4296  F0F1 ATP synthase subunit gamma  60.34 
 
 
286 aa  370  1e-101  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.577815  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2588  ATP synthase F1, gamma subunit  59.66 
 
 
286 aa  369  1e-101  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.386867  normal  0.0481997 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3876  ATP synthase F1, gamma subunit  57.93 
 
 
287 aa  369  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3204  F0F1 ATP synthase subunit gamma  58.97 
 
 
288 aa  365  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.558351  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0021  F0F1 ATP synthase subunit gamma  61.03 
 
 
289 aa  366  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00147934  hitchhiker  0.00122657 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0007  F0F1 ATP synthase subunit gamma  60.69 
 
 
287 aa  367  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.180546  normal  0.0207901 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2808  F0F1 ATP synthase subunit gamma  58.97 
 
 
288 aa  365  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.432553  normal  0.299257 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4256  F0F1 ATP synthase subunit gamma  60.34 
 
 
287 aa  366  1e-100  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4546  F0F1 ATP synthase subunit gamma  60.34 
 
 
287 aa  365  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.433279  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2431  F0F1 ATP synthase subunit gamma  56.55 
 
 
289 aa  366  1e-100  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0717942  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4203  F0F1 ATP synthase subunit gamma  60 
 
 
287 aa  362  4e-99  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00940728  normal  0.140573 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4225  F0F1 ATP synthase subunit gamma  60 
 
 
287 aa  362  4e-99  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.37642  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4177  F0F1 ATP synthase subunit gamma  60 
 
 
287 aa  362  4e-99  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0221655  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3512  F0F1 ATP synthase subunit gamma  57.24 
 
 
287 aa  360  1e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03112  F0F1 ATP synthase subunit gamma  56.9 
 
 
287 aa  361  1e-98  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0011  ATP synthase F1, gamma subunit  60.69 
 
 
287 aa  358  5e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73250  F0F1 ATP synthase subunit gamma  58.28 
 
 
286 aa  358  6e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6357  F0F1 ATP synthase subunit gamma  58.28 
 
 
286 aa  358  6e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5731  F0F1 ATP synthase subunit gamma  58.62 
 
 
286 aa  357  9e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0657627  normal  0.4033 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5122  F0F1 ATP synthase subunit gamma  58.62 
 
 
286 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.419828 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3060  F0F1 ATP synthase subunit gamma  59.11 
 
 
288 aa  355  5e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0486  F0F1 ATP synthase subunit gamma  56.55 
 
 
287 aa  355  5e-97  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5414  F0F1 ATP synthase subunit gamma  59.31 
 
 
286 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00249789 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5432  F0F1 ATP synthase subunit gamma  58.97 
 
 
286 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5296  F0F1 ATP synthase subunit gamma  59.31 
 
 
286 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.668406  normal  0.234689 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5201  F0F1 ATP synthase subunit gamma  58.97 
 
 
286 aa  353  1e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.240684  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3054  F0F1 ATP synthase subunit gamma  56.9 
 
 
288 aa  354  1e-96  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2911  F0F1 ATP synthase subunit gamma  56.9 
 
 
288 aa  354  1e-96  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3645  F0F1 ATP synthase subunit gamma  59.31 
 
 
286 aa  354  1e-96  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0627563  unclonable  0.00000957425 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002029  ATP synthase gamma chain  57.93 
 
 
288 aa  353  2e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.347667  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5600  ATP synthase F1, gamma subunit  58.28 
 
 
286 aa  353  2e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52170  F0F1 ATP synthase subunit gamma  58.62 
 
 
287 aa  353  2e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00422  F0F1 ATP synthase subunit gamma  57.59 
 
 
288 aa  353  2.9999999999999997e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2166  ATP synthase F1, gamma subunit  57.04 
 
 
287 aa  352  5.9999999999999994e-96  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.95002  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4608  F0F1 ATP synthase subunit gamma  58.62 
 
 
287 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4899  F0F1 ATP synthase subunit gamma  57.93 
 
 
286 aa  351  8.999999999999999e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.579626  normal  0.185974 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1697  F0F1 ATP synthase subunit gamma  55.17 
 
 
289 aa  351  1e-95  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3926  F0F1 ATP synthase subunit gamma  58.28 
 
 
286 aa  350  1e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4018  F0F1 ATP synthase subunit gamma  58.28 
 
 
286 aa  350  1e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>