More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_R0030 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_R0030  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0047  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.222045 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0041  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.339834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0052  tRNA-Ile  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0058  tRNA-Ile  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0064  tRNA-Ile  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0049  tRNA-Ile  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.319822 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0037  tRNA-Ile  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.327005 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0064  tRNA-Ile  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4324  tRNA-Ile  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0101134  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4348  tRNA-Ile  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.265257  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4353  tRNA-Ile  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.116887  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6014  tRNA-Ile  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0050  tRNA-Ile  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.303318 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0085  tRNA-Ile  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0058  tRNA-Ile  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.646695 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0064  tRNA-Ile  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0072  tRNA-Ile  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.152177 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0003  tRNA-Ile  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00132267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6007  tRNA-Ile  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.358731 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0064  tRNA-Ile  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.375989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0003  tRNA-Ile  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0042  tRNA-Ile  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0058  tRNA-Ile  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0051  tRNA-Ile  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0003  tRNA-Ile  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.784686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0056  tRNA-Ile  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  98.21 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0007  tRNA-Ile  96.49 
 
 		 74 bp  97.6  4e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00629205  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0030  tRNA-Ile  96.43 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0547  tRNA-Ile  96.43 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0008  tRNA-Ile  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0057  tRNA-Ile  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.926394 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0040  tRNA-Ile  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.443427  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0063  tRNA-Ile  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.809971 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0058  tRNA-Ile  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.102192  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0033  tRNA-Ile  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0026  tRNA-Ile  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0532408 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0049  tRNA-Ile  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.495986 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0055  tRNA-Ile  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0022  tRNA-Ile  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368494 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0005  tRNA-Ile  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0019  tRNA-Ile  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0045  tRNA-Ile  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.165882  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0063  tRNA-Ile  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0040  tRNA-Ile  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.111959 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0018  tRNA-Ile  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0042  tRNA-Ile  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0012  tRNA-Ile  96.23 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.575772  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0026  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0032  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0024  tRNA-Ile  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28350  tRNA-Ile  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.145936 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0004  tRNA-Ile  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00301418 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0009  tRNA-Ile  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00618734  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00070  tRNA-Ile  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000758823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0002  tRNA-Ile  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000539151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0004  tRNA-Ile  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000076362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t03  tRNA-Ile  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0009  tRNA-Ile  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.425741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2506  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2772  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2212  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2459  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0001  tRNA-Ile  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000567837 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0006  tRNA-Ile  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293878 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0022  tRNA-Ile  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0029  tRNA-Ile  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.125391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0077  tRNA-Ile  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.982522 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0084  tRNA-Ile  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0004  tRNA-Ile  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.147077  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0035  tRNA-Ile  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.15056  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0002  tRNA-Ile  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0021  tRNA-Ile  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0055  tRNA-Ile  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0078  tRNA-Ile  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0009  tRNA-Ile  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.389462  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0008  tRNA-Ile  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135162  normal  0.696922 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0033  tRNA-Ile  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000392062  normal  0.115132 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0030  tRNA-Ile  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0009  tRNA-Ile  95.92 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0767985  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0004  tRNA-Ile  95.92 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000939428  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0004  tRNA-Ile  95.92 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0047  tRNA-Ile  95.92 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.026073  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0052  tRNA-Ile  95.92 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0029428  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0002  tRNA-Ile  94.23 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0699442  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0002  tRNA-Ile  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0110  tRNA-Ile  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00436648  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0009  tRNA-Ile  94.23 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.11936  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0121  tRNA-Ile  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0370837  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0082  tRNA-Ile  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0466145  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0009  tRNA-Ile  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0036  tRNA-Ile  97.73 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.912426  normal  0.0318611 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0014  tRNA-Ile  91.67 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0184552  normal  0.6315 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0050  tRNA-Ile  91.67 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000598059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0001  tRNA-Ile  90.62 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>