130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0042 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0042  protein of unknown function DUF610, YibQ  100 
 
 
251 aa  511  1e-144  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185934  hitchhiker  0.000313161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0040  protein of unknown function DUF610, YibQ  98.01 
 
 
251 aa  501  1e-141  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00288732 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0048  protein of unknown function DUF610, YibQ  98.01 
 
 
251 aa  499  1e-140  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.02958e-06 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0046  hypothetical protein  90.44 
 
 
251 aa  468  1e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0040  protein of unknown function DUF610 YibQ  80.24 
 
 
251 aa  399  1e-110  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0044  protein of unknown function DUF610 YibQ  79.84 
 
 
251 aa  397  1e-110  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.244614  unclonable  1.29234e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4335  hypothetical protein  80.24 
 
 
251 aa  400  1e-110  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.936409  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0044  protein of unknown function DUF610 YibQ  80.24 
 
 
251 aa  399  1e-110  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  1.52753e-09 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0037  protein of unknown function DUF610, YibQ  74.27 
 
 
247 aa  368  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4473  protein of unknown function DUF610, YibQ  64.43 
 
 
253 aa  340  9e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00361162  hitchhiker  4.26246e-08 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4880  protein of unknown function DUF610 YibQ  67.08 
 
 
251 aa  338  6e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3701  protein of unknown function DUF610, YibQ  69.59 
 
 
245 aa  321  8e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0057  protein of unknown function DUF610, YibQ  61.29 
 
 
250 aa  320  1e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.313836  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3809  protein of unknown function DUF610, YibQ  67.86 
 
 
251 aa  319  3e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.69946  normal  0.487755 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4023  protein of unknown function DUF610, YibQ  65.95 
 
 
238 aa  317  2e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.958404  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4220  protein of unknown function DUF610 YibQ  61.82 
 
 
251 aa  286  2e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4393  hypothetical protein  43.93 
 
 
259 aa  212  5e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.355053  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3609  protein of unknown function DUF610, YibQ  45.62 
 
 
255 aa  183  2e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.73466  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3289  protein of unknown function DUF610 YibQ  45.53 
 
 
279 aa  175  6e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3169  protein of unknown function DUF610, YibQ  43.19 
 
 
272 aa  174  1e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2567  protein of unknown function DUF610, YibQ  39.64 
 
 
264 aa  172  4e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.245403  hitchhiker  0.00802538 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0726  protein of unknown function DUF610 YibQ  40.93 
 
 
392 aa  166  4e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4821  protein of unknown function DUF610 YibQ  38.84 
 
 
318 aa  164  9e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.674115  hitchhiker  0.000223669 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3924  divergent polysaccharide deacetylase  41.01 
 
 
320 aa  164  1e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4092  divergent polysaccharide deacetylase  40.55 
 
 
320 aa  163  2e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4031  divergent polysaccharide deacetylase  40.55 
 
 
320 aa  163  2e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00871141  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3986  divergent polysaccharide deacetylase  40.55 
 
 
320 aa  163  2e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3905  divergent polysaccharide deacetylase  40.55 
 
 
320 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.573482  normal  0.446068 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0073  divergent polysaccharide deacetylase  35.97 
 
 
336 aa  162  4e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4143  protein of unknown function DUF610 YibQ  35.97 
 
 
336 aa  162  4e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03472  predicted polysaccharide deacetylase  40.09 
 
 
319 aa  162  6e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.639926  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3826  polysaccharide deacetylase family protein  40.09 
 
 
319 aa  162  6e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.686921  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4119  polysaccharide deacetylase family protein  40.09 
 
 
319 aa  162  6e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4987  polysaccharide deacetylase family protein  40.09 
 
 
319 aa  162  6e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0094  protein of unknown function DUF610 YibQ  40.09 
 
 
319 aa  162  6e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.651413  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03423  hypothetical protein  40.09 
 
 
319 aa  162  6e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.511041  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3952  polysaccharide deacetylase family protein  40.09 
 
 
319 aa  162  7e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.652766 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0091  protein of unknown function DUF610 YibQ  40.09 
 
 
319 aa  161  8e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0121  protein of unknown function DUF610, YibQ  36.02 
 
 
314 aa  160  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0176  protein of unknown function DUF610 YibQ  36.6 
 
 
319 aa  159  3e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.686175  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1209  protein of unknown function DUF610, YibQ  43.67 
 
 
272 aa  159  5e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4043  polysaccharide deacetylase family protein  39.63 
 
 
319 aa  159  5e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.451562  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4366  protein of unknown function DUF610 YibQ  37.79 
 
 
313 aa  157  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3943  protein of unknown function DUF610 YibQ  38.71 
 
 
309 aa  155  5e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0491  hypothetical protein  37.91 
 
 
382 aa  154  9e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4085  hypothetical protein  37.67 
 
 
315 aa  154  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5870  hypothetical protein  38.32 
 
 
258 aa  149  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4888  hypothetical protein  37.5 
 
 
260 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67820  hypothetical protein  37.38 
 
 
257 aa  148  1e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.640445 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5330  hypothetical protein  36.53 
 
 
260 aa  147  1e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5110  protein of unknown function DUF610 YibQ  36.92 
 
 
259 aa  147  2e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4932  protein of unknown function DUF610, YibQ  37.89 
 
 
255 aa  145  5e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5059  hypothetical protein  37.89 
 
 
255 aa  145  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00545  hypothetical protein  40.88 
 
 
253 aa  141  1e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.671314  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0330  hypothetical protein  34.68 
 
 
258 aa  140  2e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0406  protein of unknown function DUF610 YibQ  35.51 
 
 
259 aa  139  4e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.46243 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3508  protein of unknown function DUF610, YibQ  40.27 
 
 
482 aa  137  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1442  hypothetical protein  35.51 
 
 
270 aa  136  3e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3062  protein of unknown function DUF610, YibQ  33.64 
 
 
430 aa  134  2e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0317444 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2454  protein of unknown function DUF610 YibQ  38.12 
 
 
315 aa  134  2e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  3.02345e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1850  protein of unknown function DUF610, YibQ  35.29 
 
 
320 aa  133  3e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.90484e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1888  protein of unknown function DUF610, YibQ  33.94 
 
 
313 aa  132  6e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.811898  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1577  protein of unknown function DUF610, YibQ  31.91 
 
 
271 aa  131  8e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0623724  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1161  protein of unknown function DUF610 YibQ  38.1 
 
 
293 aa  130  2e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.380632  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1672  hypothetical protein  34.4 
 
 
395 aa  130  3e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0953681  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1253  protein of unknown function DUF610 YibQ  35.48 
 
 
317 aa  129  6e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0322515  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3030  protein of unknown function DUF610 YibQ  35.02 
 
 
316 aa  128  1e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1225  divergent polysaccharide deacetylase  33.64 
 
 
256 aa  126  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1250  hypothetical protein  33.64 
 
 
256 aa  126  3e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1447  hypothetical protein  33.64 
 
 
256 aa  126  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262297  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1488  hypothetical protein  33.64 
 
 
256 aa  126  3e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1422  hypothetical protein  33.64 
 
 
256 aa  126  3e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.010501 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1349  hypothetical protein  33.64 
 
 
256 aa  126  3e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1223  divergent polysaccharide deacetylase  33.64 
 
 
259 aa  126  4e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00241511  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1057  protein of unknown function DUF610 YibQ  34.55 
 
 
256 aa  125  9e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1385  hypothetical protein  32.71 
 
 
256 aa  124  1e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1919  protein of unknown function DUF610 YibQ  33.93 
 
 
334 aa  124  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000324213  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1248  protein of unknown function DUF610 YibQ  32.24 
 
 
256 aa  124  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1769  hypothetical protein  33.48 
 
 
290 aa  123  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0298619  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3959  hypothetical protein  32.71 
 
 
256 aa  124  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2408  protein of unknown function DUF610, YibQ  35.24 
 
 
342 aa  122  4e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  2.97515e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0864  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  36.84 
 
 
476 aa  117  2e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.721049  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2160  protein of unknown function DUF610 YibQ  33.92 
 
 
403 aa  112  8e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.820205  normal  0.354995 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2867  protein of unknown function DUF610 YibQ  33.98 
 
 
433 aa  110  2e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00589273  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1893  hypothetical protein  35.06 
 
 
432 aa  108  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1402  protein of unknown function DUF610, YibQ  33.18 
 
 
350 aa  105  5e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.336614  hitchhiker  0.000448434 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3159  protein of unknown function DUF610 YibQ  32.47 
 
 
543 aa  105  9e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0142078 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1438  hypothetical protein  31.94 
 
 
488 aa  103  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0614604  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2503  hypothetical protein  32.09 
 
 
390 aa  100  3e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.181998  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0924  protein of unknown function DUF610, YibQ  33.18 
 
 
461 aa  94.4  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.453399 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0895  protein of unknown function DUF610 YibQ  31.51 
 
 
490 aa  92.4  5e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0461131  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2004  ferric-uptake regulator  29.91 
 
 
483 aa  89.4  5e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2471  protein of unknown function DUF610 YibQ  29.31 
 
 
302 aa  89  8e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.111535  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0793  protein of unknown function DUF610 YibQ  31.11 
 
 
391 aa  88.2  1e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1126  putative periplasmic protein  31.19 
 
 
387 aa  87  3e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0661  hypothetical protein  29.95 
 
 
360 aa  87  3e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.566707  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0798  divergent polysaccharide deacetylase superfamily protein  28 
 
 
293 aa  86.7  4e-16  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0736  hypothetical protein  29.03 
 
 
360 aa  82.4  6e-15  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.395086  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0491  protein of unknown function DUF610 YibQ  30.43 
 
 
325 aa  82  8e-15  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1659  hypothetical protein  30.58 
 
 
364 aa  80.1  3e-14  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>