More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_R0104 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_R0094  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000040365  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0104  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000207184  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0096  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000883074  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0111  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000942112  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3137t  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00236079  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2834  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.0000118902  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0075  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179724  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna086  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000772007  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01010  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0079  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000189125  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0091  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000846369  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0103  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000350392  normal  0.115609 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0100  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000335947  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0088  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000415947  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0082  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150663  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t040  tRNA-Ala  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000397892  normal  0.0209012 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t044  tRNA-Ala  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000983341  normal  0.0210238 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0017  tRNA-Ala  94.64 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0062  tRNA-Ala  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.374737  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0022  tRNA-Ala  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4222  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.27944e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0077  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000406262  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t070  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t072  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0053  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.522841 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R32  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1997  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0076  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0049  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.661163 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0051  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.517344 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0079  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000115444  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0078  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000423049  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0062  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000778147  normal  0.022465 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0064  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000617351  normal  0.0220533 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1995  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0062  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000770874  normal  0.663718 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0064  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000015576  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0075  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0060  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000591053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0062  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000152195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2740  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000025557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4221  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.30182e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0087  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00553547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0089  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0027987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0091  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000134168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0093  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000010191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0098  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000110088  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60510  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25765  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0029  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.180945  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60530  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.47685  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23570  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.981863  normal  0.0268964 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0042  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt28  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt28  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0047  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000125219  normal  0.0337252 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0050  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000142107  normal  0.0152639 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0022  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0030  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000491237  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2246  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0065  tRNA-Ala  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.485715 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2332  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0355369  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1790  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.215677  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1456  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00170878  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0013  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00398337 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0055  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.623624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0068  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0550455 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0051  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0067  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0193127 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0053  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00040  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0035  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000057464  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0017  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.238623  normal  0.104825 
 
 
-
 
NC_003295  RS04531  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000151858  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2968  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00156309  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0059  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00107174  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0027  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  0.00000000000168426  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0030  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000620846  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2646  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0177514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0064  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.478576 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2546  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0594848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0062  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0063  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.949581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5048  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000423557  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0066  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2670  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0041  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00270764  hitchhiker  0.00379847 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0040  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00260551  hitchhiker  0.00377232 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2547  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.03374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2459  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0115625  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2555  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000235232  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0029  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000636082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0032  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000439194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2969  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0013859  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2603  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0323459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0060  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00115408  normal  0.0927099 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0071  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5047  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000162268  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2645  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0670079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2554  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000251345  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0047  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.739018  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>