More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeSA_A0277 on replicon NC_011094
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011149  SeAg_B4374  16S ribosomal RNA  99.22 
 
 
1534 bp  2924  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  6.10581e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4511  16S ribosomal RNA  99.54 
 
 
1534 bp  2977  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00904207  normal  0.512645 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4464  16S ribosomal RNA  99.61 
 
 
1534 bp  2985  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00131676  hitchhiker  1.83145e-11 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4267  16S ribosomal RNA  99.67 
 
 
1534 bp  2993  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00203607  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4172  16S ribosomal RNA  99.54 
 
 
1534 bp  2977  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00219023  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3666  16S ribosomal RNA  99.61 
 
 
1534 bp  2985  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00014724  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2874  16S ribosomal RNA  99.67 
 
 
1534 bp  2993  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0119912  normal  0.0940886 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0272  16S ribosomal RNA  99.67 
 
 
1534 bp  2993  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000432735  normal  0.505563 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4815  16S ribosomal RNA  97.53 
 
 
1542 bp  2704  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.78416e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4501  16S ribosomal RNA  97.53 
 
 
1542 bp  2704  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000270419  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4457  16S ribosomal RNA  97.66 
 
 
1541 bp  2712  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.27265e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4455  16S ribosomal RNA  97.53 
 
 
1542 bp  2704  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  5.15772e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4124  16S ribosomal RNA  97.53 
 
 
1542 bp  2704  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.30158e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3067  16S ribosomal RNA  97.46 
 
 
1542 bp  2710  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0166261  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0195  16S ribosomal RNA  97.59 
 
 
1542 bp  2712  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.18892e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0165  16S ribosomal RNA  89.92 
 
 
1536 bp  1764  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000549767  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0161  16S ribosomal RNA  89.84 
 
 
1534 bp  1768  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  8.19693e-05  normal  0.0630894 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0288  16S ribosomal RNA  99.22 
 
 
1534 bp  2924  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00456088  normal  0.440004 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2875  16S ribosomal RNA  99.8 
 
 
1534 bp  3009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000670664  normal  0.388962 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3700  16S ribosomal RNA  99.35 
 
 
1534 bp  2940  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000788136  normal  0.0665123 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4218  16S ribosomal RNA  99.28 
 
 
1534 bp  2932  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000122042  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4116  16S ribosomal RNA  99.41 
 
 
1534 bp  2962  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00638866  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3592  16S ribosomal RNA  99.09 
 
 
1533 bp  2900  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  4.22776e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2770  16S ribosomal RNA  99.74 
 
 
1534 bp  3001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00496575  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0291  16S ribosomal RNA  98.96 
 
 
1532 bp  2890  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  8.59505e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4388  16S ribosomal RNA  99.35 
 
 
1534 bp  2940  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00500579  normal  0.76733 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4343  16S ribosomal RNA  99.74 
 
 
1534 bp  3001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000195321  normal  0.751071 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4195  16S ribosomal RNA  99.35 
 
 
1534 bp  2940  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000110029  normal  0.531054 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4101  16S ribosomal RNA  99.28 
 
 
1534 bp  2932  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000255406  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3594  16S ribosomal RNA  99.41 
 
 
1534 bp  2962  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000134897  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2854  16S ribosomal RNA  99.61 
 
 
1534 bp  2985  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00100225  normal  0.582574 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0277  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1533 bp  3039  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  1.47488e-05  normal  0.265457 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4509  16S ribosomal RNA  98.5 
 
 
1534 bp  2837  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00650936  normal  0.0273427 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4461  16S ribosomal RNA  99.61 
 
 
1534 bp  2985  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00798027  hitchhiker  0.0013026 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4314  16S ribosomal RNA  99.61 
 
 
1534 bp  2985  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00481198  normal  0.279714 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4222  16S ribosomal RNA  99.67 
 
 
1534 bp  2993  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.00108755  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0153  16S ribosomal RNA  89.85 
 
 
1535 bp  1762  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  4.98568e-05  normal  0.055805 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0150  16S ribosomal RNA  89.85 
 
 
1535 bp  1762  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000455239  unclonable  3.46665e-08 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0143  16S ribosomal RNA  89.85 
 
 
1535 bp  1762  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.248981  hitchhiker  0.000614072 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0091  16S ribosomal RNA  94.2 
 
 
1535 bp  2321  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  7.4845e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0090  16S ribosomal RNA  94.2 
 
 
1535 bp  2321  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  1.90898e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0089  16S ribosomal RNA  94.2 
 
 
1535 bp  2321  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  3.6806e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0088  16S ribosomal RNA  94.2 
 
 
1535 bp  2321  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000392149  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0087  16S ribosomal RNA  94.2 
 
 
1535 bp  2321  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  3.7488e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0086  16S ribosomal RNA  94.2 
 
 
1535 bp  2321  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  2.58346e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0085  16S ribosomal RNA  94.2 
 
 
1535 bp  2321  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  3.51585e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3473  16S ribosomal RNA  93.98 
 
 
1478 bp  2208  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  1.53147e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3402  16S ribosomal RNA  93.98 
 
 
1478 bp  2208  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.158971  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1918  16S ribosomal RNA  93.98 
 
 
1478 bp  2208  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000211871  normal  0.260309 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0625  16S ribosomal RNA  93.98 
 
 
1478 bp  2208  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  2.81663e-07  normal  0.0554051 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0467  16S ribosomal RNA  93.98 
 
 
1478 bp  2208  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  5.17956e-07  normal  0.0217931 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0126  16S ribosomal RNA  93.98 
 
 
1478 bp  2208  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000155388  normal  0.0794345 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0013  16S ribosomal RNA  93.98 
 
 
1478 bp  2208  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  8.40121e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0154  16S ribosomal RNA  88.76 
 
 
1537 bp  1616  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000876044  normal  0.112474 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0149  16S ribosomal RNA  88.96 
 
 
1537 bp  1626  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0292185  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0005  16S ribosomal RNA  97.59 
 
 
1534 bp  2712  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000862102  normal  0.0446057 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0031  16S ribosomal RNA  97.98 
 
 
1534 bp  2773  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00290684  decreased coverage  4.18388e-07 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0091  16S ribosomal RNA  97.46 
 
 
1534 bp  2696  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  6.96463e-06  normal  0.921174 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0132  16S ribosomal RNA  89.98 
 
 
1535 bp  1778  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00464665  normal  0.0116098 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0099  16S ribosomal RNA  90.05 
 
 
1535 bp  1786  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00481483  normal  0.962166 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0010  16S ribosomal RNA  89.21 
 
 
1536 bp  1677  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.32909  normal  0.0213506 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0007  16S ribosomal RNA  89.98 
 
 
1535 bp  1778  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0401026  hitchhiker  7.22089e-07 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0001  16S ribosomal RNA  89.86 
 
 
1537 bp  1750  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00194646  normal  0.199035 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4457  16S ribosomal RNA  97.79 
 
 
1542 bp  2750  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00048564  hitchhiker  0.00449395 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4415  16S ribosomal RNA  97.85 
 
 
1542 bp  2757  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  3.49497e-06  hitchhiker  0.00516676 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4232  16S ribosomal RNA  97.85 
 
 
1542 bp  2757  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  9.88906e-05  normal  0.0512293 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4124  16S ribosomal RNA  97.65 
 
 
1539 bp  2720  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000182185  normal  0.0751772 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3574  16S ribosomal RNA  97.92 
 
 
1542 bp  2765  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  2.22235e-08  normal  0.32573 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2745  16S ribosomal RNA  97.85 
 
 
1542 bp  2757  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00756142  normal  0.760694 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0213  16S ribosomal RNA  97.26 
 
 
1542 bp  2686  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000189444  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0130  16S ribosomal RNA  97.4 
 
 
1534 bp  2688  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000346154  decreased coverage  0.00328015 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0120  16S ribosomal RNA  97.4 
 
 
1534 bp  2688  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000197743  hitchhiker  2.21827e-05 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0113  16S ribosomal RNA  98.05 
 
 
1534 bp  2781  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.018093  hitchhiker  0.0039811 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0105  16S ribosomal RNA  98.05 
 
 
1534 bp  2781  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.58574  normal  0.0914989 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0140  16S ribosomal RNA  88.76 
 
 
1537 bp  1616  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  2.15558e-05  normal  0.420562 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna015  16S ribosomal RNA  92.19 
 
 
1546 bp  1923  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  1.49814e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0087  16S ribosomal RNA  95.89 
 
 
1530 bp  2498  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.038848  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0080  16S ribosomal RNA  95.75 
 
 
1528 bp  2494  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0329076  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0067  16S ribosomal RNA  95.95 
 
 
1528 bp  2518  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.011394  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0009  16S ribosomal RNA  95.75 
 
 
1528 bp  2494  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00928732  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0001  16S ribosomal RNA  95.89 
 
 
1530 bp  2498  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0399609  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0100  16S ribosomal RNA  94.84 
 
 
1530 bp  2399  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00203072  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0095  16S ribosomal RNA  94.97 
 
 
1530 bp  2415  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.65399  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0087  16S ribosomal RNA  94.84 
 
 
1530 bp  2399  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0360987  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0031  16S ribosomal RNA  94.84 
 
 
1530 bp  2399  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00344888  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0020  16S ribosomal RNA  95.23 
 
 
1530 bp  2446  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00284417  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0012  16S ribosomal RNA  94.9 
 
 
1530 bp  2407  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186154  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0001  16S ribosomal RNA  94.84 
 
 
1530 bp  2399  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0588474  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0100  16S ribosomal RNA  93.73 
 
 
1531 bp  2244  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  4.86614e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0095  16S ribosomal RNA  93.73 
 
 
1531 bp  2244  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  5.83009e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0088  16S ribosomal RNA  93.73 
 
 
1531 bp  2244  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000434515  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0080  16S ribosomal RNA  93.73 
 
 
1531 bp  2244  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  7.54087e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0098  16S ribosomal RNA  95.89 
 
 
1530 bp  2498  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0530086  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0103  16S ribosomal RNA  95.89 
 
 
1530 bp  2498  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.460408  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0001  16S ribosomal RNA  95.5 
 
 
1531 bp  2444  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00481473  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna158  16S ribosomal RNA  92.12 
 
 
1546 bp  1915  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00164008  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna085  16S ribosomal RNA  92.12 
 
 
1546 bp  1915  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  4.89911e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna078  16S ribosomal RNA  91.98 
 
 
1546 bp  1899  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000401471  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna074  16S ribosomal RNA  92.05 
 
 
1546 bp  1907  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.20652e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna055  16S ribosomal RNA  92.19 
 
 
1546 bp  1923  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>