More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_4189 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_r00001  16S ribosomal RNA  94.56 
 
 
1542 bp  2385    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.01898  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00006  16S ribosomal RNA  94.82 
 
 
1542 bp  2416    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0446208  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00010  16S ribosomal RNA  94.75 
 
 
1542 bp  2409    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00367496  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00011  16S ribosomal RNA  94.82 
 
 
1542 bp  2416    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0360816  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00014  16S ribosomal RNA  94.62 
 
 
1542 bp  2393    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0514001  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00017  16S ribosomal RNA  94.62 
 
 
1542 bp  2393    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0241491  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00020  16S ribosomal RNA  94.82 
 
 
1542 bp  2416    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0158539  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0003  16S ribosomal RNA  94.32 
 
 
1530 bp  2337    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000874227  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0027  16S ribosomal RNA  94.45 
 
 
1530 bp  2353    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000160494  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0078  16S ribosomal RNA  94.64 
 
 
1530 bp  2377    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000571707  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0090  16S ribosomal RNA  94.77 
 
 
1530 bp  2393    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000103004  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0098  16S ribosomal RNA  94.77 
 
 
1530 bp  2393    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000143523  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0103  16S ribosomal RNA  94.71 
 
 
1530 bp  2385    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00308735  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0113  16S ribosomal RNA  94.45 
 
 
1530 bp  2353    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000562425  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r015  16S ribosomal RNA  89.93 
 
 
1529 bp  1796    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0001  16S ribosomal RNA  90.31 
 
 
1535 bp  1818    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000556781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0007  16S ribosomal RNA  90.18 
 
 
1535 bp  1802    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000706702  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0015  16S ribosomal RNA  90.18 
 
 
1535 bp  1802    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120948  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0044  16S ribosomal RNA  90.16 
 
 
1533 bp  1814    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000361532  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0107  16S ribosomal RNA  90.31 
 
 
1535 bp  1818    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000137166  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0119  16S ribosomal RNA  90.16 
 
 
1533 bp  1814    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133633  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0122  16S ribosomal RNA  90.31 
 
 
1535 bp  1818    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0472105  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0127  16S ribosomal RNA  90.18 
 
 
1535 bp  1802    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.015081  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0001  16S ribosomal RNA  89.84 
 
 
1535 bp  1792    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000282718  hitchhiker  0.000910883 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0007  16S ribosomal RNA  90.04 
 
 
1535 bp  1816    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000150491  normal  0.406366 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0016  16S ribosomal RNA  90.1 
 
 
1535 bp  1824    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00201681  hitchhiker  0.0000000136741 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0071  16S ribosomal RNA  89.84 
 
 
1535 bp  1792    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00148247  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0123  16S ribosomal RNA  90.11 
 
 
1535 bp  1810    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0163335  normal  0.34966 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0132  16S ribosomal RNA  90.1 
 
 
1535 bp  1824    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261242  normal  0.0671955 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0136  16S ribosomal RNA  90.04 
 
 
1535 bp  1816    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000885648  hitchhiker  0.000140032 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0140  16S ribosomal RNA  90.1 
 
 
1535 bp  1824    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00248839  normal  0.547637 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0143  16S ribosomal RNA  89.91 
 
 
1535 bp  1800    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000577207  normal  0.0309772 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0001  16S ribosomal RNA  90.31 
 
 
1535 bp  1834    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00134291  hitchhiker  0.00347665 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0007  16S ribosomal RNA  90.17 
 
 
1535 bp  1832    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0064778  normal  0.0127919 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0016  16S ribosomal RNA  90.03 
 
 
1535 bp  1830    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00459376  normal  0.131368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0020  16S ribosomal RNA  90.18 
 
 
1535 bp  1818    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000189863  hitchhiker  0.00241785 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0026  16S ribosomal RNA  90.11 
 
 
1535 bp  1810    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0396739  normal  0.0702195 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0071  16S ribosomal RNA  90.18 
 
 
1535 bp  1818    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00107251  normal  0.159667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0123  16S ribosomal RNA  90.23 
 
 
1535 bp  1840    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00322133  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0141  16S ribosomal RNA  90.18 
 
 
1535 bp  1818    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00125257  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0144  16S ribosomal RNA  90.11 
 
 
1535 bp  1810    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0816172  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0001  16S ribosomal RNA  89.95 
 
 
1555 bp  1814    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112036  hitchhiker  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0007  16S ribosomal RNA  89.75 
 
 
1555 bp  1804    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0012678  normal  0.693673 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0016  16S ribosomal RNA  89.95 
 
 
1555 bp  1828    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0251895  hitchhiker  0.00000000270434 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0069  16S ribosomal RNA  89.95 
 
 
1555 bp  1828    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00426901  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0120  16S ribosomal RNA  89.95 
 
 
1555 bp  1828    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0520691  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0130  16S ribosomal RNA  89.82 
 
 
1555 bp  1812    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0100831  normal  0.116315 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0136  16S ribosomal RNA  89.82 
 
 
1555 bp  1812    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000629377  hitchhiker  0.000146985 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0140  16S ribosomal RNA  89.95 
 
 
1555 bp  1814    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00908549  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0143  16S ribosomal RNA  89.95 
 
 
1555 bp  1814    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.328707  normal  0.910288 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0001  16S ribosomal RNA  90.05 
 
 
1537 bp  1804    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00518638  normal  0.485409 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0004  16S ribosomal RNA  90.05 
 
 
1537 bp  1818    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000279849  hitchhiker  0.00471183 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0014  16S ribosomal RNA  89.98 
 
 
1537 bp  1810    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000324534  normal  0.0910098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0019  16S ribosomal RNA  90.05 
 
 
1537 bp  1818    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000962307  normal  0.557456 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0022  16S ribosomal RNA  90.05 
 
 
1537 bp  1818    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00001194  unclonable  0.0000109151 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0050  16S ribosomal RNA  90.05 
 
 
1537 bp  1818    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0125127  normal  0.898769 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0112  16S ribosomal RNA  89.98 
 
 
1537 bp  1810    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000370609  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0132  16S ribosomal RNA  89.98 
 
 
1537 bp  1810    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000703057  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0001  16S ribosomal RNA  90.63 
 
 
1537 bp  1889    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000407555  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0004  16S ribosomal RNA  89.98 
 
 
1537 bp  1810    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000257645  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0008  16S ribosomal RNA  90.5 
 
 
1537 bp  1873    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000302643  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0022  16S ribosomal RNA  90.18 
 
 
1537 bp  1834    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000152089  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0073  16S ribosomal RNA  90.5 
 
 
1537 bp  1873    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000705466  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0117  16S ribosomal RNA  89.98 
 
 
1537 bp  1810    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000829511  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0121  16S ribosomal RNA  90.18 
 
 
1537 bp  1834    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000422881  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0129  16S ribosomal RNA  90.18 
 
 
1537 bp  1834    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000475348  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0138  16S ribosomal RNA  90.5 
 
 
1537 bp  1873    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000622632  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0142  16S ribosomal RNA  90.63 
 
 
1537 bp  1889    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000521528  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0001  16S ribosomal RNA  89.95 
 
 
1555 bp  1828    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00717512  normal  0.153342 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0125  16S ribosomal RNA  89.89 
 
 
1556 bp  1814    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000165481  normal  0.0694768 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0007  16S ribosomal RNA  95.14 
 
 
1545 bp  2440    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.010889  decreased coverage  0.00540958 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0019  16S ribosomal RNA  95.2 
 
 
1545 bp  2448    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000981314  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0068  16S ribosomal RNA  95.14 
 
 
1545 bp  2440    Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000738133  normal  0.0138382 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0088  16S ribosomal RNA  95.14 
 
 
1545 bp  2440    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00544276  normal  0.065042 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0093  16S ribosomal RNA  95.14 
 
 
1545 bp  2440    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0247267  decreased coverage  0.00226048 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0104  16S ribosomal RNA  95.14 
 
 
1545 bp  2440    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000542682  decreased coverage  0.0046973 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0108  16S ribosomal RNA  95.27 
 
 
1545 bp  2456    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0133586  normal  0.0202407 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0001  16S ribosomal RNA  90.01 
 
 
1555 bp  1836    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000995354  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0005  16S ribosomal RNA  90.08 
 
 
1555 bp  1844    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000520718  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0009  16S ribosomal RNA  90.01 
 
 
1555 bp  1836    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000407076  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0021  16S ribosomal RNA  90.08 
 
 
1555 bp  1844    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267003  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0068  16S ribosomal RNA  90.08 
 
 
1555 bp  1844    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000082841  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0115  16S ribosomal RNA  90.01 
 
 
1555 bp  1836    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000362636  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0123  16S ribosomal RNA  89.95 
 
 
1555 bp  1828    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0112353  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0130  16S ribosomal RNA  90.14 
 
 
1555 bp  1852    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0256321  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0241  16S ribosomal RNA  91.48 
 
 
1536 bp  1978    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000165146  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2076  16S ribosomal RNA  91.61 
 
 
1535 bp  1992    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000346352  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2332  16S ribosomal RNA  91.54 
 
 
1535 bp  1984    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0176289  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2338  16S ribosomal RNA  91.41 
 
 
1535 bp  1968    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000750964  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2460  16S ribosomal RNA  91.41 
 
 
1535 bp  1968    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000585775  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2540  16S ribosomal RNA  91.48 
 
 
1536 bp  1978    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000260054  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2706  16S ribosomal RNA  91.61 
 
 
1536 bp  1994    Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000399166  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2799  16S ribosomal RNA  91.42 
 
 
1536 bp  1970    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000312291  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0001  16S ribosomal RNA  90.57 
 
 
1537 bp  1881    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018503  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0006  16S ribosomal RNA  90.5 
 
 
1537 bp  1873    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000817728  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0015  16S ribosomal RNA  90.24 
 
 
1537 bp  1842    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00010598  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0019  16S ribosomal RNA  90.7 
 
 
1537 bp  1897    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000102694  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0027  16S ribosomal RNA  90.37 
 
 
1537 bp  1857    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000499346  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0033  16S ribosomal RNA  90.63 
 
 
1537 bp  1889    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.48131  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0082  16S ribosomal RNA  90.63 
 
 
1537 bp  1889    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000820075  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>