95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2263 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_2263  hypothetical protein  100 
 
 
128 aa  258  3e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00175463  decreased coverage  0.000429969 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2670  hypothetical protein  78.57 
 
 
131 aa  212  2e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1396  hypothetical protein  79.82 
 
 
119 aa  186  8e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2842  hypothetical protein  57.38 
 
 
125 aa  156  7e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.578199  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1652  hypothetical protein  59.81 
 
 
125 aa  150  7e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.193408  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2821  hypothetical protein  51.18 
 
 
127 aa  147  7e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3192  hypothetical protein  57.8 
 
 
117 aa  145  1e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1383  hypothetical protein  56.88 
 
 
117 aa  146  1e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2542  hypothetical protein  55.96 
 
 
117 aa  144  4e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1316  hypothetical protein  56.88 
 
 
117 aa  144  5e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0254819 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3035  S23 ribosomal  65.38 
 
 
109 aa  134  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.964559  hitchhiker  0.00587494 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0266  hypothetical protein  49.54 
 
 
115 aa  124  3e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1770  hypothetical protein  49.55 
 
 
119 aa  118  3e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00388506  normal  0.0836423 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0797  hypothetical protein  48.62 
 
 
115 aa  117  8e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00171877 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2144  hypothetical protein  51.38 
 
 
121 aa  108  2e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3034  S23 ribosomal protein  46.61 
 
 
119 aa  107  5e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.288093 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2958  hypothetical protein  44.35 
 
 
117 aa  106  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1864  S23 ribosomal protein  46.73 
 
 
123 aa  102  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.508556  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4127  hypothetical protein  47.71 
 
 
113 aa  102  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2787  hypothetical protein  42.06 
 
 
118 aa  96.3  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  1.22053e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0809  S23 ribosomal protein  46.85 
 
 
134 aa  89.7  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1495  S23 ribosomal protein  40.52 
 
 
124 aa  88.6  3e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1960  S23 ribosomal protein  40.37 
 
 
122 aa  82.8  1e-15  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.330866 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3995  hypothetical protein  58.21 
 
 
107 aa  81.6  3e-15  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.761743  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1940  S23 ribosomal protein  39.45 
 
 
122 aa  82  3e-15  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0249687  normal  0.793802 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1949  S23 ribosomal protein  39.45 
 
 
122 aa  82  3e-15  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.512605 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0925  S23 ribosomal protein  40 
 
 
118 aa  81.3  5e-15  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4754  S23 ribosomal protein  42.2 
 
 
117 aa  80.5  8e-15  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.32042  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1904  S23 ribosomal protein  38.53 
 
 
122 aa  80.1  9e-15  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1973  S23 ribosomal protein  38.53 
 
 
122 aa  79.7  1e-14  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.174055 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1768  S23 ribosomal protein  39.45 
 
 
127 aa  79.3  2e-14  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.392074  normal  0.0791201 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0863  S23 ribosomal protein  37.86 
 
 
104 aa  77.4  7e-14  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1780  hypothetical protein  40.54 
 
 
119 aa  76.3  1e-13  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3212  S23 ribosomal protein  37.93 
 
 
124 aa  76.3  1e-13  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.69732  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0702  hypothetical protein  38.18 
 
 
130 aa  75.9  2e-13  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  4.25706e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1181  S23 ribosomal protein  34.55 
 
 
122 aa  75.5  2e-13  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2891  hypothetical protein  40.37 
 
 
121 aa  75.5  2e-13  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0159035 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1776  S23 ribosomal protein  40 
 
 
118 aa  75.1  3e-13  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  3.53039e-09  normal  0.0187612 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3829  S23 ribosomal protein  41.82 
 
 
123 aa  74.7  4e-13  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0815906  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1903  S23 ribosomal protein  38.18 
 
 
117 aa  73.2  1e-12  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.452499  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2609  S23 ribosomal protein  36.7 
 
 
122 aa  73.2  1e-12  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.839204  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3825  hypothetical protein  51.9 
 
 
118 aa  72.4  2e-12  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.169171  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4365  S23 ribosomal  36.75 
 
 
127 aa  71.2  4e-12  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.981218  normal  0.704063 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0667  S23 ribosomal protein  36.84 
 
 
119 aa  71.2  4e-12  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1774  S23 ribosomal protein  39.25 
 
 
118 aa  71.6  4e-12  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.113241  normal  0.0178351 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2569  S23 ribosomal protein  46.34 
 
 
115 aa  71.2  5e-12  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0653  hypothetical protein  36.11 
 
 
128 aa  70.5  8e-12  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.922606 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3816  hypothetical protein  40.19 
 
 
123 aa  70.1  9e-12  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0119683  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0033  hypothetical protein  33.62 
 
 
116 aa  68.9  2e-11  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03005  hypothetical protein  41.51 
 
 
135 aa  68.9  2e-11  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0743  S23 ribosomal protein  37.72 
 
 
121 aa  66.2  1e-10  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0769  hypothetical protein  42.35 
 
 
120 aa  66.6  1e-10  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0716  hypothetical protein  42.35 
 
 
120 aa  66.6  1e-10  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0782  S23 ribosomal protein  39.29 
 
 
142 aa  66.6  1e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.118065  normal  0.653003 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0834  S23 ribosomal protein  40.96 
 
 
122 aa  65.5  2e-10  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.530691  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4428  glutamine--scyllo-inositol transaminase  37.21 
 
 
583 aa  65.9  2e-10  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.586345 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4923  S23 ribosomal protein  30.91 
 
 
119 aa  62.8  1e-09  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2018  S23 ribosomal protein  35.45 
 
 
116 aa  62.4  2e-09  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.575414  normal  0.264087 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0510  S23 ribosomal protein  39.33 
 
 
119 aa  62.4  2e-09  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.426974  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4875  S23 ribosomal protein  33.33 
 
 
119 aa  62  3e-09  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1908  S23 ribosomal protein  31.67 
 
 
143 aa  61.2  5e-09  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0472505 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2269  S23 ribosomal protein  35.29 
 
 
129 aa  60.1  1e-08  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.243534  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0042  hypothetical protein  32.43 
 
 
122 aa  58.2  4e-08  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.97869  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1809  hypothetical protein  32.43 
 
 
122 aa  58.2  4e-08  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.324507  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1773  hypothetical protein  32.43 
 
 
122 aa  58.2  4e-08  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0046265  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0903  hypothetical protein  32.43 
 
 
122 aa  58.2  4e-08  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000118462  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0984  S23 ribosomal  46.84 
 
 
128 aa  57.8  5e-08  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.302642  normal  0.219777 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1133  S23 ribosomal protein  35.71 
 
 
125 aa  57.4  7e-08  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.625795 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2639  S23 ribosomal protein  35.96 
 
 
117 aa  55.5  2e-07  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3082  hypothetical protein  34.21 
 
 
119 aa  55.8  2e-07  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0596  S23 ribosomal protein  33.71 
 
 
122 aa  54.7  4e-07  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0419728  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0352  hypothetical protein  40.48 
 
 
133 aa  54.3  5e-07  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.50367  normal  0.137183 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1843  S23 ribosomal protein  38.89 
 
 
116 aa  52  3e-06  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.561977  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2403  hypothetical protein  37.04 
 
 
108 aa  52  3e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.589367  hitchhiker  0.00347564 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1160  S23 ribosomal protein  34.13 
 
 
138 aa  52  3e-06  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3674  S23 ribosomal protein  28.18 
 
 
119 aa  51.6  3e-06  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.141742 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0176  hypothetical protein  36.67 
 
 
124 aa  51.2  4e-06  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.713236  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1266  hypothetical protein  36.67 
 
 
124 aa  51.2  4e-06  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2021  hypothetical protein  36.67 
 
 
124 aa  51.2  4e-06  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.933908  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1260  hypothetical protein  36.67 
 
 
124 aa  51.2  4e-06  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2947  hypothetical protein  36.67 
 
 
124 aa  51.2  4e-06  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2528  hypothetical protein  36.67 
 
 
117 aa  51.2  5e-06  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0008  hypothetical protein  36.67 
 
 
117 aa  51.2  5e-06  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0610  S23 ribosomal protein  31.25 
 
 
124 aa  50.8  6e-06  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.28865e-18 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0405  hypothetical protein  35.56 
 
 
117 aa  49.7  1e-05  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.743042  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1793  hypothetical protein  31.25 
 
 
127 aa  50.1  1e-05  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2230  hypothetical protein  29.46 
 
 
128 aa  49.3  2e-05  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  7.8637e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2996  hypothetical protein  31.82 
 
 
118 aa  48.5  3e-05  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3459  S23 ribosomal protein  45.21 
 
 
127 aa  48.1  4e-05  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4133  hypothetical protein  28.97 
 
 
133 aa  47  9e-05  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.130152  hitchhiker  0.00757123 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1934  S23 ribosomal protein  36.84 
 
 
85 aa  43.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.285916  normal  0.790704 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3073  hypothetical protein  28.97 
 
 
166 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00271556  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1658  hypothetical protein  28.97 
 
 
133 aa  41.6  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.694544  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0795  S23 ribosomal protein  33.67 
 
 
134 aa  41.6  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.361615  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0366  S23 ribosomal protein  36.23 
 
 
143 aa  40.4  0.009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00787101  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>