79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0863 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0863  S23 ribosomal protein  100 
 
 		 104 aa  212  1.9999999999999998e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3212  S23 ribosomal protein  65.05 
 
 		 124 aa  136  7e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.69732  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1973  S23 ribosomal protein  43.75 
 
 		 122 aa  97.4  6e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174055 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1495  S23 ribosomal protein  42.57 
 
 		 124 aa  94  6e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1949  S23 ribosomal protein  43.75 
 
 		 122 aa  93.2  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.512605 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1940  S23 ribosomal protein  43.75 
 
 		 122 aa  93.2  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0249687  normal  0.793802 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1904  S23 ribosomal protein  46.91 
 
 		 122 aa  92.4  2e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1960  S23 ribosomal protein  42.71 
 
 		 122 aa  91.7  3e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.330866 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0834  S23 ribosomal protein  40.38 
 
 		 122 aa  91.3  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.530691  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1768  S23 ribosomal protein  43.75 
 
 		 127 aa  90.5  8e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.392074  normal  0.0791201 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2958  hypothetical protein  41.67 
 
 		 117 aa  84.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2609  S23 ribosomal protein  45.68 
 
 		 122 aa  84  7e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.839204  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1181  S23 ribosomal protein  39.18 
 
 		 122 aa  81.3  0.000000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0797  hypothetical protein  35.64 
 
 		 115 aa  80.5  0.000000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00171877 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1770  hypothetical protein  37.63 
 
 		 119 aa  78.2  0.00000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00388506  normal  0.0836423 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1396  hypothetical protein  39.22 
 
 		 119 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2263  hypothetical protein  37.86 
 
 		 128 aa  77.4  0.00000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00175463  decreased coverage  0.000429969 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4428  glutamine--scyllo-inositol transaminase  41.18 
 
 		 583 aa  76.3  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586345 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0809  S23 ribosomal protein  42.35 
 
 		 134 aa  75.1  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3034  S23 ribosomal protein  34.34 
 
 		 119 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.288093 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1652  hypothetical protein  44.16 
 
 		 125 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.193408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2144  hypothetical protein  36.73 
 
 		 121 aa  74.3  0.0000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2821  hypothetical protein  35.87 
 
 		 127 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2670  hypothetical protein  36.36 
 
 		 131 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2842  hypothetical protein  34.78 
 
 		 125 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.578199  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1383  hypothetical protein  32.67 
 
 		 117 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2269  S23 ribosomal protein  55.56 
 
 		 129 aa  68.9  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.243534  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3035  S23 ribosomal  36.96 
 
 		 109 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.964559  hitchhiker  0.00587494 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1133  S23 ribosomal protein  37.25 
 
 		 125 aa  68.2  0.00000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.625795 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1864  S23 ribosomal protein  33.33 
 
 		 123 aa  66.2  0.0000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.508556  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2542  hypothetical protein  30.43 
 
 		 117 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3192  hypothetical protein  29.35 
 
 		 117 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2891  hypothetical protein  38.2 
 
 		 121 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0159035 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2787  hypothetical protein  32.22 
 
 		 118 aa  65.9  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.000000122053  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1316  hypothetical protein  30.43 
 
 		 117 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0254819 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0782  S23 ribosomal protein  36.36 
 
 		 142 aa  63.9  0.0000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.118065  normal  0.653003 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4127  hypothetical protein  32.22 
 
 		 113 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0352  hypothetical protein  31.43 
 
 		 133 aa  62  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.50367  normal  0.137183 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3995  hypothetical protein  54.9 
 
 		 107 aa  62  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.761743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0743  S23 ribosomal protein  34.31 
 
 		 121 aa  60.8  0.000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2569  S23 ribosomal protein  38.55 
 
 		 115 aa  60.8  0.000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3829  S23 ribosomal protein  37.08 
 
 		 123 aa  60.1  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0815906  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1934  S23 ribosomal protein  40.3 
 
 		 85 aa  59.7  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.285916  normal  0.790704 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3674  S23 ribosomal protein  35.29 
 
 		 119 aa  58.9  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.141742 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1774  S23 ribosomal protein  34.34 
 
 		 118 aa  58.9  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.113241  normal  0.0178351 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4923  S23 ribosomal protein  29.7 
 
 		 119 aa  58.5  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1776  S23 ribosomal protein  34.48 
 
 		 118 aa  58.2  0.00000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353039  normal  0.0187612 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4365  S23 ribosomal  31.82 
 
 		 127 aa  57.4  0.00000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.981218  normal  0.704063 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0925  S23 ribosomal protein  38.1 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1908  S23 ribosomal protein  35.29 
 
 		 143 aa  56.6  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0472505 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0033  hypothetical protein  34.12 
 
 		 116 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1843  S23 ribosomal protein  37.21 
 
 		 116 aa  55.5  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.561977  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0510  S23 ribosomal protein  33.33 
 
 		 119 aa  54.7  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.426974  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3816  hypothetical protein  30.39 
 
 		 123 aa  54.7  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0119683  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0984  S23 ribosomal  30.39 
 
 		 128 aa  53.9  0.0000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.302642  normal  0.219777 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3825  hypothetical protein  30.77 
 
 		 118 aa  53.5  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.169171  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2403  hypothetical protein  33.33 
 
 		 108 aa  53.5  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.589367  hitchhiker  0.00347564 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0716  hypothetical protein  31.46 
 
 		 120 aa  53.1  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0653  hypothetical protein  28.24 
 
 		 128 aa  53.1  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.922606 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0702  hypothetical protein  32.1 
 
 		 130 aa  53.5  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000000425706  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0769  hypothetical protein  31.46 
 
 		 120 aa  53.1  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0667  S23 ribosomal protein  36.47 
 
 		 119 aa  51.6  0.000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1780  hypothetical protein  36.9 
 
 		 119 aa  51.2  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2639  S23 ribosomal protein  33.33 
 
 		 117 aa  50.8  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3082  hypothetical protein  35.48 
 
 		 119 aa  48.9  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1903  S23 ribosomal protein  33.33 
 
 		 117 aa  48.5  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.452499  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0596  S23 ribosomal protein  28.89 
 
 		 122 aa  47  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0419728  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0610  S23 ribosomal protein  32.99 
 
 		 124 aa  46.6  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.28865e-18 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0266  hypothetical protein  24.21 
 
 		 115 aa  46.2  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2230  hypothetical protein  29.63 
 
 		 128 aa  45.8  0.0002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  7.8637e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1773  hypothetical protein  28.43 
 
 		 122 aa  45.1  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0046265  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0042  hypothetical protein  28.43 
 
 		 122 aa  45.1  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.97869  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0903  hypothetical protein  28.43 
 
 		 122 aa  45.1  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000118462  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1809  hypothetical protein  28.43 
 
 		 122 aa  45.1  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.324507  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1793  hypothetical protein  31.48 
 
 		 127 aa  44.3  0.0006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4754  S23 ribosomal protein  30.93 
 
 		 117 aa  43.9  0.0007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.32042  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03005  hypothetical protein  41.3 
 
 		 135 aa  43.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4875  S23 ribosomal protein  32.99 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0405  hypothetical protein  35.29 
 
 		 117 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.743042  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>