77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3035 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3035  S23 ribosomal  100 
 
 		 109 aa  221  3e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.964559  hitchhiker  0.00587494 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2263  hypothetical protein  65.38 
 
 		 128 aa  134  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00175463  decreased coverage  0.000429969 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2670  hypothetical protein  65.66 
 
 		 131 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1396  hypothetical protein  67.42 
 
 		 119 aa  123  7e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1652  hypothetical protein  55.88 
 
 		 125 aa  114  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.193408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2842  hypothetical protein  55.45 
 
 		 125 aa  114  5e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.578199  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1383  hypothetical protein  61.63 
 
 		 117 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3192  hypothetical protein  62.79 
 
 		 117 aa  111  3e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1316  hypothetical protein  61.63 
 
 		 117 aa  110  5e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0254819 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2821  hypothetical protein  55.68 
 
 		 127 aa  110  9e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2542  hypothetical protein  60.47 
 
 		 117 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0266  hypothetical protein  51.65 
 
 		 115 aa  98.6  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4127  hypothetical protein  56.1 
 
 		 113 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2958  hypothetical protein  50 
 
 		 117 aa  87.4  5e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3034  S23 ribosomal protein  51.72 
 
 		 119 aa  87.8  5e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.288093 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2787  hypothetical protein  46.24 
 
 		 118 aa  84.7  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.000000122053  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2144  hypothetical protein  50.57 
 
 		 121 aa  84  6e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1770  hypothetical protein  50 
 
 		 119 aa  83.6  8e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00388506  normal  0.0836423 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0797  hypothetical protein  44.58 
 
 		 115 aa  82.4  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00171877 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1495  S23 ribosomal protein  42.86 
 
 		 124 aa  77  0.00000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1768  S23 ribosomal protein  43.9 
 
 		 127 aa  72.4  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.392074  normal  0.0791201 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0809  S23 ribosomal protein  46.43 
 
 		 134 aa  72.4  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1181  S23 ribosomal protein  43.37 
 
 		 122 aa  71.2  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1864  S23 ribosomal protein  38.2 
 
 		 123 aa  70.5  0.000000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.508556  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0863  S23 ribosomal protein  36.96 
 
 		 104 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1960  S23 ribosomal protein  39.29 
 
 		 122 aa  66.6  0.00000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.330866 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1949  S23 ribosomal protein  39.29 
 
 		 122 aa  67  0.00000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.512605 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1940  S23 ribosomal protein  39.29 
 
 		 122 aa  67  0.00000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0249687  normal  0.793802 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1973  S23 ribosomal protein  36.9 
 
 		 122 aa  65.1  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174055 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1904  S23 ribosomal protein  35.37 
 
 		 122 aa  65.5  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0925  S23 ribosomal protein  38.64 
 
 		 118 aa  63.5  0.0000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0702  hypothetical protein  39.47 
 
 		 130 aa  63.5  0.0000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000000425706  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3212  S23 ribosomal protein  33.33 
 
 		 124 aa  63.2  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.69732  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0667  S23 ribosomal protein  40.24 
 
 		 119 aa  63.2  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1780  hypothetical protein  45 
 
 		 119 aa  60.8  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2609  S23 ribosomal protein  33.33 
 
 		 122 aa  60.1  0.000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.839204  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4754  S23 ribosomal protein  40.7 
 
 		 117 aa  60.1  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.32042  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2891  hypothetical protein  43.9 
 
 		 121 aa  59.7  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0159035 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0653  hypothetical protein  36.47 
 
 		 128 aa  59.3  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.922606 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1903  S23 ribosomal protein  41.25 
 
 		 117 aa  57.8  0.00000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.452499  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3829  S23 ribosomal protein  41.38 
 
 		 123 aa  56.2  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0815906  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1776  S23 ribosomal protein  39.51 
 
 		 118 aa  55.8  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353039  normal  0.0187612 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3825  hypothetical protein  37.35 
 
 		 118 aa  55.5  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.169171  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3995  hypothetical protein  62 
 
 		 107 aa  55.8  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.761743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3816  hypothetical protein  36.59 
 
 		 123 aa  56.2  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0119683  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4923  S23 ribosomal protein  36.25 
 
 		 119 aa  56.2  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0033  hypothetical protein  36.26 
 
 		 116 aa  55.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2569  S23 ribosomal protein  37.04 
 
 		 115 aa  54.3  0.0000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1774  S23 ribosomal protein  41.38 
 
 		 118 aa  53.5  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.113241  normal  0.0178351 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0743  S23 ribosomal protein  42.67 
 
 		 121 aa  52.8  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0834  S23 ribosomal protein  34.83 
 
 		 122 aa  51.6  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.530691  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0984  S23 ribosomal  38.75 
 
 		 128 aa  52  0.000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.302642  normal  0.219777 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0769  hypothetical protein  44.26 
 
 		 120 aa  51.2  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0716  hypothetical protein  44.26 
 
 		 120 aa  51.2  0.000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1133  S23 ribosomal protein  34.48 
 
 		 125 aa  50.4  0.000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.625795 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0510  S23 ribosomal protein  31.76 
 
 		 119 aa  48.9  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.426974  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03005  hypothetical protein  41.25 
 
 		 135 aa  49.3  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2269  S23 ribosomal protein  39.68 
 
 		 129 aa  48.9  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.243534  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2018  S23 ribosomal protein  40.51 
 
 		 116 aa  48.1  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.575414  normal  0.264087 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4428  glutamine--scyllo-inositol transaminase  36.9 
 
 		 583 aa  47.8  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586345 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1809  hypothetical protein  37.66 
 
 		 122 aa  47.8  0.00005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.324507  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1773  hypothetical protein  37.66 
 
 		 122 aa  47.8  0.00005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0046265  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0903  hypothetical protein  37.66 
 
 		 122 aa  47.8  0.00005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000118462  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0042  hypothetical protein  37.66 
 
 		 122 aa  47.8  0.00005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.97869  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2639  S23 ribosomal protein  44.07 
 
 		 117 aa  47  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0782  S23 ribosomal protein  38.1 
 
 		 142 aa  46.6  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.118065  normal  0.653003 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0596  S23 ribosomal protein  35.62 
 
 		 122 aa  45.8  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0419728  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4365  S23 ribosomal  32.97 
 
 		 127 aa  45.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.981218  normal  0.704063 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4875  S23 ribosomal protein  36.36 
 
 		 119 aa  44.7  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3082  hypothetical protein  32.53 
 
 		 119 aa  44.3  0.0005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2403  hypothetical protein  32.5 
 
 		 108 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.589367  hitchhiker  0.00347564 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1934  S23 ribosomal protein  34.21 
 
 		 85 aa  42  0.003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.285916  normal  0.790704 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3674  S23 ribosomal protein  32.5 
 
 		 119 aa  41.6  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.141742 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1908  S23 ribosomal protein  30 
 
 		 143 aa  41.6  0.004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0472505 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0610  S23 ribosomal protein  36.21 
 
 		 124 aa  41.2  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.28865e-18 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0352  hypothetical protein  39.39 
 
 		 133 aa  41.2  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.50367  normal  0.137183 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1843  S23 ribosomal protein  30.77 
 
 		 116 aa  40  0.01  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.561977  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>