93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1904 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_1904  S23 ribosomal protein  100 
 
 		 122 aa  248  2e-65  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2609  S23 ribosomal protein  76.23 
 
 		 122 aa  199  9.999999999999999e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.839204  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1973  S23 ribosomal protein  78.69 
 
 		 122 aa  199  9.999999999999999e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174055 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1960  S23 ribosomal protein  77.87 
 
 		 122 aa  197  3e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.330866 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1940  S23 ribosomal protein  77.05 
 
 		 122 aa  197  6e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0249687  normal  0.793802 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1949  S23 ribosomal protein  77.05 
 
 		 122 aa  197  6e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.512605 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1768  S23 ribosomal protein  71.07 
 
 		 127 aa  186  7e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.392074  normal  0.0791201 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1495  S23 ribosomal protein  57.5 
 
 		 124 aa  142  1e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0834  S23 ribosomal protein  52.68 
 
 		 122 aa  123  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.530691  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4428  glutamine--scyllo-inositol transaminase  48.74 
 
 		 583 aa  122  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586345 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1934  S23 ribosomal protein  71.05 
 
 		 85 aa  110  9e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.285916  normal  0.790704 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0782  S23 ribosomal protein  46.43 
 
 		 142 aa  107  8.000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.118065  normal  0.653003 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1181  S23 ribosomal protein  45.54 
 
 		 122 aa  105  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1770  hypothetical protein  44.14 
 
 		 119 aa  102  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00388506  normal  0.0836423 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0809  S23 ribosomal protein  44.25 
 
 		 134 aa  102  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3212  S23 ribosomal protein  38.94 
 
 		 124 aa  97.1  8e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.69732  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0863  S23 ribosomal protein  46.91 
 
 		 104 aa  92.4  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0797  hypothetical protein  41.07 
 
 		 115 aa  90.5  6e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00171877 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4127  hypothetical protein  39.81 
 
 		 113 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1396  hypothetical protein  41.59 
 
 		 119 aa  90.1  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0925  S23 ribosomal protein  43.1 
 
 		 118 aa  88.2  4e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2269  S23 ribosomal protein  40.68 
 
 		 129 aa  87.8  5e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.243534  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3034  S23 ribosomal protein  41.59 
 
 		 119 aa  84.3  5e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.288093 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2787  hypothetical protein  37.5 
 
 		 118 aa  82.8  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.000000122053  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4923  S23 ribosomal protein  35.19 
 
 		 119 aa  82.4  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2958  hypothetical protein  37.61 
 
 		 117 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2842  hypothetical protein  39.45 
 
 		 125 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.578199  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2569  S23 ribosomal protein  44.76 
 
 		 115 aa  80.9  0.000000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1383  hypothetical protein  38.53 
 
 		 117 aa  80.5  0.000000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1316  hypothetical protein  38.53 
 
 		 117 aa  80.5  0.000000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0254819 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2263  hypothetical protein  38.53 
 
 		 128 aa  80.1  0.000000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00175463  decreased coverage  0.000429969 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0653  hypothetical protein  33.04 
 
 		 128 aa  80.1  0.000000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.922606 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0716  hypothetical protein  39.56 
 
 		 120 aa  79.7  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1652  hypothetical protein  36.7 
 
 		 125 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.193408  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3192  hypothetical protein  37.61 
 
 		 117 aa  79.3  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2821  hypothetical protein  38.53 
 
 		 127 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0769  hypothetical protein  39.56 
 
 		 120 aa  79.7  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2670  hypothetical protein  36.28 
 
 		 131 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1908  S23 ribosomal protein  42.06 
 
 		 143 aa  79  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0472505 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4365  S23 ribosomal  38.1 
 
 		 127 aa  78.2  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.981218  normal  0.704063 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0667  S23 ribosomal protein  40.37 
 
 		 119 aa  78.2  0.00000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2542  hypothetical protein  37.61 
 
 		 117 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0743  S23 ribosomal protein  33.04 
 
 		 121 aa  76.3  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2230  hypothetical protein  35.04 
 
 		 128 aa  75.9  0.0000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  7.8637e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2639  S23 ribosomal protein  40.19 
 
 		 117 aa  74.3  0.0000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2018  S23 ribosomal protein  37.17 
 
 		 116 aa  73.9  0.0000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.575414  normal  0.264087 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3816  hypothetical protein  39.66 
 
 		 123 aa  73.6  0.0000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0119683  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4754  S23 ribosomal protein  35.04 
 
 		 117 aa  72.8  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.32042  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0033  hypothetical protein  38.89 
 
 		 116 aa  71.6  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3825  hypothetical protein  41.07 
 
 		 118 aa  70.9  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.169171  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1864  S23 ribosomal protein  35.34 
 
 		 123 aa  70.5  0.000000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.508556  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3829  S23 ribosomal protein  39.33 
 
 		 123 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0815906  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1843  S23 ribosomal protein  44.94 
 
 		 116 aa  67.8  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.561977  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3082  hypothetical protein  33 
 
 		 119 aa  67.4  0.00000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2144  hypothetical protein  33.63 
 
 		 121 aa  67.4  0.00000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1774  S23 ribosomal protein  35.65 
 
 		 118 aa  67  0.00000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.113241  normal  0.0178351 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2891  hypothetical protein  37.84 
 
 		 121 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0159035 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0510  S23 ribosomal protein  36.11 
 
 		 119 aa  65.9  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.426974  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3035  S23 ribosomal  35.37 
 
 		 109 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.964559  hitchhiker  0.00587494 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0266  hypothetical protein  32.41 
 
 		 115 aa  65.1  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0039  S23 ribosomal  39.29 
 
 		 121 aa  63.9  0.0000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.746441 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4875  S23 ribosomal protein  30.33 
 
 		 119 aa  63.9  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0596  S23 ribosomal protein  32.74 
 
 		 122 aa  62.8  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0419728  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1133  S23 ribosomal protein  36.36 
 
 		 125 aa  61.2  0.000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.625795 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1780  hypothetical protein  31.4 
 
 		 119 aa  61.2  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1776  S23 ribosomal protein  35.71 
 
 		 118 aa  60.8  0.000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353039  normal  0.0187612 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1903  S23 ribosomal protein  32.41 
 
 		 117 aa  60.8  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.452499  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3674  S23 ribosomal protein  30.93 
 
 		 119 aa  60.5  0.000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.141742 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3995  hypothetical protein  37.89 
 
 		 107 aa  57.8  0.00000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.761743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03005  hypothetical protein  39.24 
 
 		 135 aa  57.8  0.00000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0610  S23 ribosomal protein  30.09 
 
 		 124 aa  57.4  0.00000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.28865e-18 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1809  hypothetical protein  31.63 
 
 		 122 aa  57.4  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.324507  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1773  hypothetical protein  31.63 
 
 		 122 aa  57.4  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0046265  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0903  hypothetical protein  31.63 
 
 		 122 aa  57.4  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000118462  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0042  hypothetical protein  31.63 
 
 		 122 aa  57.4  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.97869  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0984  S23 ribosomal  38.36 
 
 		 128 aa  55.8  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.302642  normal  0.219777 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0352  hypothetical protein  30.84 
 
 		 133 aa  55.5  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.50367  normal  0.137183 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0008  hypothetical protein  34.44 
 
 		 117 aa  52.8  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1793  hypothetical protein  30.33 
 
 		 127 aa  53.1  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0405  hypothetical protein  34.44 
 
 		 117 aa  53.1  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.743042  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2947  hypothetical protein  34.44 
 
 		 124 aa  52.8  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2528  hypothetical protein  34.44 
 
 		 117 aa  52.8  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2021  hypothetical protein  34.44 
 
 		 124 aa  52.8  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.933908  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1266  hypothetical protein  34.44 
 
 		 124 aa  52.8  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1260  hypothetical protein  34.44 
 
 		 124 aa  52.8  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0176  hypothetical protein  34.44 
 
 		 124 aa  52.8  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.713236  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3459  S23 ribosomal protein  35.63 
 
 		 127 aa  51.2  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0702  hypothetical protein  31.82 
 
 		 130 aa  50.4  0.000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000000425706  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2403  hypothetical protein  34.69 
 
 		 108 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.589367  hitchhiker  0.00347564 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3761  S23 ribosomal protein  30.7 
 
 		 127 aa  48.9  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1160  S23 ribosomal protein  30.36 
 
 		 138 aa  47.8  0.00006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1554  S23 ribosomal protein  26.36 
 
 		 136 aa  45.1  0.0004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1137  hypothetical protein  26.97 
 
 		 124 aa  43.9  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>