194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2834 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_04106  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.72 
 
 		 712 aa  1189    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3756  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  78.72 
 
 		 712 aa  1189    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2183  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  51.59 
 
 		 616 aa  646    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2086  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  51.41 
 
 		 723 aa  733    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2834  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  100 
 
 		 705 aa  1476    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0360  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  79.4 
 
 		 712 aa  1193    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000107  ribonucleotide reductase of class III (anaerobic) large subunit  76.85 
 
 		 706 aa  1172    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.185061  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4853  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.44 
 
 		 712 aa  1190    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.241457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21480  ribonucleoside-triphosphate reductase class III catalytic subunit  50.21 
 
 		 754 aa  726    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3580  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  79.97 
 
 		 712 aa  1189    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1419  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  80 
 
 		 704 aa  1214    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4703  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.3 
 
 		 712 aa  1188    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.854638 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4718  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.58 
 
 		 712 aa  1187    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4832  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.44 
 
 		 712 aa  1190    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1468  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  72.87 
 
 		 708 aa  1103    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.897136  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2441  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  97.45 
 
 		 705 aa  1446    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000573147 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2511  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  97.45 
 
 		 705 aa  1447    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00222 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2443  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  82.13 
 
 		 705 aa  1247    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0791  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  76.35 
 
 		 706 aa  1147    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0417  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.98 
 
 		 712 aa  1180    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0277  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  49.22 
 
 		 747 aa  717    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1116  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  48.65 
 
 		 733 aa  690    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.287436  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0138  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  47.53 
 
 		 738 aa  680    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.450422 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1539  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  49.7 
 
 		 736 aa  657    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.854468  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1942  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  51.12 
 
 		 734 aa  732    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4035  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  80.09 
 
 		 712 aa  1214    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2603  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  97.59 
 
 		 705 aa  1446    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000597359 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4846  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.44 
 
 		 712 aa  1186    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.758929  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1275  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  84.96 
 
 		 705 aa  1257    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00198508 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3748  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  79.83 
 
 		 712 aa  1212    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0740  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  70.55 
 
 		 704 aa  1080    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2693  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  94.61 
 
 		 705 aa  1420    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.837695  hitchhiker  0.000803625 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4798  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.44 
 
 		 712 aa  1191    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1687  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  94.75 
 
 		 705 aa  1422    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.673685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1665  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  95.04 
 
 		 705 aa  1424    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3773  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.72 
 
 		 712 aa  1189    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2449  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  87.38 
 
 		 705 aa  1300    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0437  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.58 
 
 		 712 aa  1187    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1540  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  95.74 
 
 		 705 aa  1432    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4734  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.44 
 
 		 712 aa  1191    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.715295  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0445  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  76.42 
 
 		 706 aa  1162    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5758  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.87 
 
 		 712 aa  1189    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2640  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  51.97 
 
 		 616 aa  656    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1317  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  48.3 
 
 		 744 aa  691    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3691  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  80.09 
 
 		 712 aa  1214    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.693089  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2694  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  51.97 
 
 		 616 aa  656    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04070  hypothetical protein  78.72 
 
 		 712 aa  1189    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1650  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  94.75 
 
 		 705 aa  1421    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3556  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  80.09 
 
 		 712 aa  1214    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3049  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  87.38 
 
 		 705 aa  1298    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0131887  normal  0.0662102 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05713  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  76.14 
 
 		 706 aa  1162    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4492  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.72 
 
 		 712 aa  1189    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4809  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.58 
 
 		 712 aa  1187    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1600  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  88.23 
 
 		 705 aa  1313    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0525  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  80.54 
 
 		 712 aa  1217    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2619  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  87.38 
 
 		 705 aa  1315    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1125  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  43.74 
 
 		 805 aa  622  1e-177  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2300  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  44.91 
 
 		 765 aa  620  1e-176  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1929  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  43.83 
 
 		 802 aa  612  9.999999999999999e-175  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3050  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  38.06 
 
 		 708 aa  472  1.0000000000000001e-131  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1001  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  36.81 
 
 		 706 aa  462  1e-129  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1233  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  37.85 
 
 		 704 aa  465  1e-129  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04760  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  36.53 
 
 		 737 aa  407  1.0000000000000001e-112  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.496041  normal  0.437074 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1124  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  35.24 
 
 		 740 aa  403  1e-111  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02440  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  35.46 
 
 		 740 aa  399  1e-109  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.187193  normal  0.336585 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1548  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  33.24 
 
 		 670 aa  351  3e-95  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00598152  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0693  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  32.4 
 
 		 676 aa  345  1e-93  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0127  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  31.9 
 
 		 736 aa  343  7e-93  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0048  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.1 
 
 		 759 aa  332  1e-89  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1054  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  30.83 
 
 		 746 aa  319  1e-85  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0702  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  30.19 
 
 		 769 aa  311  2.9999999999999997e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000299094  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2830  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  30.47 
 
 		 705 aa  310  5e-83  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2516  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  30.47 
 
 		 705 aa  308  2.0000000000000002e-82  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2571  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  28.81 
 
 		 775 aa  295  2e-78  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3398  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  32.25 
 
 		 618 aa  288  2.9999999999999996e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118743  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3310  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  32.08 
 
 		 618 aa  288  2.9999999999999996e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3663  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  32.25 
 
 		 618 aa  288  2.9999999999999996e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0424871  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3614  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  32.08 
 
 		 618 aa  287  5e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.58287e-17 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3360  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  32.08 
 
 		 618 aa  287  5e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000577057  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3622  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.92 
 
 		 619 aa  286  7e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00561072  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3629  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.76 
 
 		 618 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000113907  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3290  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  32.18 
 
 		 618 aa  283  6.000000000000001e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00717804  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2252  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  32.34 
 
 		 618 aa  283  6.000000000000001e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00612019  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1604  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.43 
 
 		 618 aa  283  8.000000000000001e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000379053  hitchhiker  0.000000212198 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3711  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.43 
 
 		 619 aa  281  4e-74  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0130664  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1260  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  27.03 
 
 		 798 aa  256  9e-67  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0351  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  34.76 
 
 		 789 aa  249  1e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.478958  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1071  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  35.01 
 
 		 1197 aa  231  3e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00208711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3590  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  27.04 
 
 		 720 aa  214  4.9999999999999996e-54  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0548  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  24.73 
 
 		 695 aa  159  2e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1449  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  24.93 
 
 		 705 aa  156  1e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.437594 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1190  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  24.51 
 
 		 690 aa  154  4e-36  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.629609 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1227  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  23.75 
 
 		 791 aa  154  5e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.25361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0728  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  23.75 
 
 		 791 aa  154  7e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1471  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  23.61 
 
 		 791 aa  153  1e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0823956  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1241  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  24.48 
 
 		 768 aa  150  6e-35  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3397  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  24.39 
 
 		 686 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0892  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  26.09 
 
 		 695 aa  146  1e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0982994  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1144  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  23.12 
 
 		 692 aa  145  3e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0333221  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0421  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  24.15 
 
 		 689 aa  145  3e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>