264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0448 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_0448  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  100 
 
 
317 aa  659  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0509  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  96.14 
 
 
322 aa  621  1e-177  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00315441  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0402  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  86.29 
 
 
328 aa  575  1e-163  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.41334 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0417  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  86.29 
 
 
328 aa  575  1e-163  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0526  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  87.62 
 
 
325 aa  569  1e-161  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0481325 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2351  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  83.12 
 
 
392 aa  541  1e-153  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0882  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  83.12 
 
 
390 aa  541  1e-153  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.295229  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0406  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  82.86 
 
 
335 aa  543  1e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.995928  normal  0.36561 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0219  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  82.86 
 
 
335 aa  540  1e-152  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0717  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  82.86 
 
 
335 aa  540  1e-152  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2431  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  82.86 
 
 
335 aa  540  1e-152  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.213076  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0598  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  81.59 
 
 
334 aa  538  1e-152  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2727  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  82.86 
 
 
335 aa  540  1e-152  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4012  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  81.59 
 
 
335 aa  537  1e-152  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0984004  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0585  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  82.48 
 
 
390 aa  539  1e-152  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0702  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  82.86 
 
 
335 aa  540  1e-152  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2753  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  80.95 
 
 
334 aa  535  1e-151  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.467526  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2701  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  80.95 
 
 
334 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0131635  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2089  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  80.95 
 
 
334 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.544992  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2618  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  80.95 
 
 
334 aa  535  1e-151  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2728  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  80.95 
 
 
334 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0687  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  81.27 
 
 
335 aa  536  1e-151  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0398662  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6028  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  80.95 
 
 
334 aa  535  1e-151  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.042164  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1863  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  79.18 
 
 
294 aa  520  1e-146  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1567  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  78.55 
 
 
296 aa  515  1e-145  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.344409  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0543  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  79.74 
 
 
317 aa  511  1e-144  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0527  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  79.74 
 
 
317 aa  511  1e-144  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0240153 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4203  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  78.03 
 
 
301 aa  508  1e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4744  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  77.39 
 
 
301 aa  504  1e-142  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3534  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  77.56 
 
 
327 aa  504  1e-142  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0200192 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4178  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  78.14 
 
 
314 aa  506  1e-142  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.436375 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1288  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  76.85 
 
 
312 aa  499  1e-140  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.652722 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0443  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  77.07 
 
 
308 aa  498  1e-140  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0692449  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0216  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  78.14 
 
 
317 aa  496  1e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0389393 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0645  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  77.17 
 
 
312 aa  493  1e-138  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2162  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  75.88 
 
 
328 aa  491  1e-138  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676955  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3696  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  75.16 
 
 
325 aa  489  1e-137  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0870  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  75.87 
 
 
308 aa  488  1e-137  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3381  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  76.11 
 
 
318 aa  489  1e-137  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.899304 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2348  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  75.4 
 
 
312 aa  482  1e-135  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.900103 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0551  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  73.25 
 
 
301 aa  478  1e-134  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4131  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  69.35 
 
 
304 aa  451  1e-126  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0022  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  69.35 
 
 
304 aa  451  1e-126  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.535702  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0010  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.1 
 
 
301 aa  451  1e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00552655 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3256  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  70.55 
 
 
306 aa  451  1e-126  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3783  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  69.35 
 
 
304 aa  451  1e-126  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4168  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  69.23 
 
 
304 aa  451  1e-126  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4450  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  69.9 
 
 
309 aa  451  1e-126  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0007  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.74 
 
 
301 aa  447  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4038  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.95 
 
 
303 aa  447  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.300559 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3869  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.95 
 
 
303 aa  447  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.73 
 
 
301 aa  450  1e-125  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0026  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  68.39 
 
 
301 aa  450  1e-125  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0127788 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3850  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  68.27 
 
 
303 aa  448  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3762  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  68.27 
 
 
303 aa  449  1e-125  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4055  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  68.27 
 
 
303 aa  449  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3932  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.95 
 
 
303 aa  447  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3978  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.95 
 
 
303 aa  447  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.805  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0069  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  69.68 
 
 
304 aa  448  1e-125  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.055597  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0042  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  69.26 
 
 
304 aa  448  1e-125  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.772956  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4935  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  68.27 
 
 
303 aa  449  1e-125  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.167741 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0155  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  68.27 
 
 
303 aa  449  1e-125  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03362  hypothetical protein  68.27 
 
 
303 aa  449  1e-125  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3965  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  68.27 
 
 
303 aa  449  1e-125  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0060  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  69.26 
 
 
304 aa  448  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3882  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  68.27 
 
 
303 aa  449  1e-125  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.943552  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0162  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  69.03 
 
 
303 aa  449  1e-125  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03411  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  68.27 
 
 
303 aa  449  1e-125  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0151  glycyl-tRNA synthetase, alpha subunit  68.27 
 
 
303 aa  449  1e-125  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.42 
 
 
301 aa  446  1e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.42 
 
 
301 aa  446  1e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  2.39617e-06 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0015  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.42 
 
 
301 aa  445  1e-124  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0017  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.42 
 
 
301 aa  445  1e-124  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.87933e-08 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0007  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.42 
 
 
301 aa  445  1e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.42 
 
 
301 aa  446  1e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.42 
 
 
301 aa  445  1e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.42 
 
 
301 aa  445  1e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  7.85129e-06 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  66.77 
 
 
301 aa  446  1e-124  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0111842  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.42 
 
 
301 aa  446  1e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0098701 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0007  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  66.78 
 
 
287 aa  441  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.11 
 
 
287 aa  441  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000247076 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2575  glycyl-tRNA synthetase, alpha subunit  66.67 
 
 
314 aa  441  1e-123  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000932417 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0354  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  66.45 
 
 
308 aa  442  1e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3727  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  66.24 
 
 
302 aa  439  1e-122  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2498  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  68.39 
 
 
330 aa  439  1e-122  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.83 
 
 
315 aa  439  1e-122  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00100  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.83 
 
 
315 aa  438  1e-122  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1232  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  68.39 
 
 
303 aa  439  1e-122  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.09 
 
 
301 aa  440  1e-122  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.424313  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2049  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.31 
 
 
309 aa  436  1e-121  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0080  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.52 
 
 
315 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.352778  decreased coverage  8.95825e-12 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0039  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  66.56 
 
 
364 aa  434  1e-121  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0061  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.83 
 
 
315 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  3.78016e-07 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2211  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  64.87 
 
 
317 aa  434  1e-121  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0077  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.83 
 
 
315 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000417626  normal  0.0864281 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2050  glycyl-tRNA synthetase, alpha subunit  66.98 
 
 
308 aa  437  1e-121  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.19493  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0077  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.2 
 
 
315 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  hitchhiker  1.12208e-10 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.52 
 
 
315 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1220  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.31 
 
 
304 aa  431  1e-120  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00450  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  67.63 
 
 
305 aa  433  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>