97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3989 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3989  hypothetical protein  100 
 
 
95 aa  191  3e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6941  putative transcriptional regulator  58.62 
 
 
99 aa  104  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15575  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0040  addiction module antidote protein  52.17 
 
 
95 aa  100  5e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0420  transcriptional regulator  54.55 
 
 
95 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.461361  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2993  putative transcriptional regulator  55.17 
 
 
92 aa  98.6  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2207  putative transcriptional regulator  54.65 
 
 
102 aa  99.4  2e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0898  putative transcriptional regulator  51.69 
 
 
96 aa  97.4  6e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  3.68951e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1443  putative transcriptional regulator  47.37 
 
 
97 aa  94.4  5e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2537  putative transcriptional regulator  51.72 
 
 
156 aa  94  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.35922 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0500  putative transcriptional regulator  47.83 
 
 
100 aa  94  6e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0606  addiction module antidote protein  47.83 
 
 
96 aa  93.6  9e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3174  putative transcriptional regulator  50.55 
 
 
95 aa  93.2  9e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4037  putative transcriptional regulator  49.44 
 
 
97 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.42157 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2007  transcriptional regulator  51.14 
 
 
102 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2877  addiction module antidote protein  50.52 
 
 
97 aa  92.8  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.36023e-05 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1222  putative transcriptional regulator  51.58 
 
 
98 aa  91.7  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4018  putative transcriptional regulator  52.81 
 
 
106 aa  92  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0456  transcriptional regulator  50 
 
 
95 aa  91.3  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2534  putative transcriptional regulator  51.11 
 
 
98 aa  91.7  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  5.0533e-05 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0569  Cro/CI family transcriptional regulator  51.11 
 
 
117 aa  90.9  5e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0573  putative transcriptional regulator  48.28 
 
 
101 aa  90.9  6e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.278814 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40590  transcriptional regulator protein  47.92 
 
 
102 aa  90.9  6e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0570  putative transcriptional regulator  51.11 
 
 
108 aa  90.5  7e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.266064 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0861  transcriptional regulator  48.35 
 
 
100 aa  90.5  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.11203 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1686  putative transcriptional regulator  44.68 
 
 
98 aa  90.1  8e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0237  putative transcriptional regulator  51.65 
 
 
100 aa  89.7  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2965  putative transcriptional regulator  50 
 
 
97 aa  89.7  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3926  putative transcriptional regulator  50.56 
 
 
105 aa  89.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.511666 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1542  Cro/CI family transcriptional regulator  48.91 
 
 
97 aa  89.7  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.395246  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4548  putative transcriptional regulator  48.35 
 
 
100 aa  89.7  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3672  putative transcriptional regulator  46.07 
 
 
99 aa  88.6  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.932392  normal  0.882377 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6313  addiction module antidote protein  45.05 
 
 
97 aa  89  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0276744  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0856  putative transcriptional regulator  48.86 
 
 
98 aa  88.6  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.18856  normal  0.623315 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1332  putative transcriptional regulator  48.86 
 
 
99 aa  88.6  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.043655 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3155  putative transcriptional regulator  43.96 
 
 
99 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.239561  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4949  putative transcriptional regulator  45.74 
 
 
96 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.554909  normal  0.473555 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0829  hypothetical protein  48.86 
 
 
98 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00761962 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2273  putative transcriptional regulator  48.42 
 
 
104 aa  88.2  4e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.59537  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3743  putative transcriptional regulator  43.75 
 
 
99 aa  87.4  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.643331 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3780  putative transcriptional regulator  43.75 
 
 
99 aa  87.4  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.798445  normal  0.40275 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4952  putative transcriptional regulator  46.07 
 
 
99 aa  87  8e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5507  putative transcriptional regulator  44.94 
 
 
99 aa  87  8e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.366583  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2314  putative transcriptional regulator  46.07 
 
 
99 aa  86.7  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.92599 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1150  hypothetical protein  50.57 
 
 
133 aa  86.3  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05545  hypothetical protein  47.31 
 
 
99 aa  86.3  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1631  hypothetical protein  47.73 
 
 
99 aa  86.3  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.605543  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4583  putative transcriptional regulator  42.71 
 
 
99 aa  85.5  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205891  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1241  hypothetical protein  41.3 
 
 
116 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0372101  normal  0.605279 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1305  transcriptional regulator  49.44 
 
 
98 aa  85.1  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.148881  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0184  putative transcriptional regulator  43.68 
 
 
94 aa  84.3  5e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.57004  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1271  putative transcriptional regulator  41.3 
 
 
116 aa  84  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.666543 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1813  hypothetical protein  47.56 
 
 
118 aa  84  7e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0146  addiction module antidote protein  47.56 
 
 
118 aa  84  7e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1725  putative transcriptional regulator  52.17 
 
 
97 aa  83.2  1e-15  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.149622  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8270  putative transcriptional regulator  46.24 
 
 
97 aa  83.2  1e-15  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0213067  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1295  putative transcriptional regulator  46.51 
 
 
121 aa  83.2  1e-15  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.053916  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6535  putative transcriptional regulator  46.51 
 
 
121 aa  83.2  1e-15  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1303  putative transcriptional regulator  47.13 
 
 
96 aa  82.4  2e-15  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2670  putative transcriptional regulator  49.43 
 
 
107 aa  81.6  4e-15  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.19306  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0449  hypothetical protein  46.24 
 
 
98 aa  79.3  1e-14  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.144343  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3881  putative transcriptional regulator  50 
 
 
131 aa  79.7  1e-14  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.26577 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3082  transcriptional regulator  43.96 
 
 
93 aa  80.1  1e-14  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1734  hypothetical protein  48.28 
 
 
98 aa  78.2  3e-14  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1424  putative transcriptional regulator  48.28 
 
 
98 aa  78.2  3e-14  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.356801  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0366  putative transcriptional regulator  44.68 
 
 
104 aa  78.2  3e-14  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1254  putative transcriptional regulator  41.76 
 
 
101 aa  77.4  5e-14  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0174  putative addiction module antidote protein  38.04 
 
 
95 aa  75.5  2e-13  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1488  putative transcriptional regulator  42.11 
 
 
87 aa  75.9  2e-13  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.3464  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0141  putative transcriptional regulator  41.86 
 
 
99 aa  75.1  3e-13  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.389686  hitchhiker  0.00339535 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0224  putative transcriptional regulator  44.32 
 
 
95 aa  75.1  3e-13  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0171  addiction module antidote protein  45.24 
 
 
107 aa  73.9  6e-13  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.85634  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1155  putative transcriptional regulator  51.52 
 
 
275 aa  73.6  8e-13  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  1.63993e-09  unclonable  1.64707e-07 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0282  putative transcriptional regulator  47.78 
 
 
98 aa  71.2  5e-12  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3744  putative transcriptional regulator  30 
 
 
94 aa  69.7  1e-11  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.255899  hitchhiker  0.00180241 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2824  addiction module antidote protein  39.78 
 
 
101 aa  69.7  1e-11  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.96791  normal  0.589789 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3267  addiction module antidote protein  50.77 
 
 
99 aa  70.1  1e-11  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9109  hypothetical protein  47.3 
 
 
286 aa  68.6  3e-11  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.689253  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0051  putative transcriptional regulator  37.93 
 
 
92 aa  67.8  4e-11  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2280  transcriptional regulator-like  41.89 
 
 
305 aa  66.2  2e-10  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.64094  normal  0.372156 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1983  putative transcriptional regulator  36.36 
 
 
94 aa  65.9  2e-10  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.164326  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1201  addiction module antidote protein  34.12 
 
 
92 aa  65.1  4e-10  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  2.59095e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1426  addiction module antidote protein  34.12 
 
 
92 aa  65.1  4e-10  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00137891  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4149  putative transcriptional regulator  71.11 
 
 
81 aa  64.3  5e-10  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.238683  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2242  putative transcriptional regulator  43.04 
 
 
99 aa  60.1  9e-09  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3123  putative transcriptional regulator  37.23 
 
 
103 aa  59.3  2e-08  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2621  putative transcriptional regulator  36.71 
 
 
150 aa  55.5  3e-07  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2079  putative transcriptional regulator  31.96 
 
 
100 aa  53.5  1e-06  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3350  putative transcriptional regulator  34.15 
 
 
103 aa  51.2  4e-06  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000971437  normal  0.44522 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5375  hypothetical protein  39.53 
 
 
114 aa  48.9  3e-05  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00339875  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4220  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 
104 aa  46.2  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3502  putative transcriptional regulator  40.74 
 
 
109 aa  45.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.387037  hitchhiker  0.00960025 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5333  putative transcriptional regulator  40.74 
 
 
109 aa  45.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.865145  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3598  putative transcriptional regulator  40.74 
 
 
109 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.166769  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3922  putative transcriptional regulator  40.74 
 
 
109 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.120301  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2517  putative transcriptional regulator  40.74 
 
 
109 aa  44.3  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.463921 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0368  addiction module antidote protein  40.68 
 
 
100 aa  42.7  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.235004 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0276  putative addiction module antidote protein  29.76 
 
 
100 aa  40.4  0.007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>