104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3672 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3672  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 99 aa  203  6e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.932392  normal  0.882377 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5507  putative transcriptional regulator  98.99 
 
 		 99 aa  201  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.366583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4952  putative transcriptional regulator  94.95 
 
 		 99 aa  194  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3780  putative transcriptional regulator  95.96 
 
 		 99 aa  194  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.798445  normal  0.40275 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3743  putative transcriptional regulator  95.96 
 
 		 99 aa  194  3e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.643331 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4583  putative transcriptional regulator  94.95 
 
 		 99 aa  193  6e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205891  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2314  putative transcriptional regulator  92.93 
 
 		 99 aa  191  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.92599 
 
 
-
 
NC_003296  RS05545  hypothetical protein  72.22 
 
 		 99 aa  150  8e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0420  transcriptional regulator  77.01 
 
 		 95 aa  146  8e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.461361  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40590  transcriptional regulator protein  73.12 
 
 		 102 aa  145  3e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1332  putative transcriptional regulator  61.22 
 
 		 99 aa  130  5e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.043655 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1631  hypothetical protein  61.22 
 
 		 99 aa  129  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.605543  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0569  Cro/CI family transcriptional regulator  67.74 
 
 		 117 aa  128  2.0000000000000002e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0570  putative transcriptional regulator  66.33 
 
 		 108 aa  126  8.000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.266064 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0898  putative transcriptional regulator  58.95 
 
 		 96 aa  122  1e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000368951  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0449  hypothetical protein  66.67 
 
 		 98 aa  122  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.144343  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2965  putative transcriptional regulator  66.67 
 
 		 97 aa  121  3e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2877  addiction module antidote protein  64.89 
 
 		 97 aa  121  3e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000236023 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1222  putative transcriptional regulator  62.24 
 
 		 98 aa  121  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2824  addiction module antidote protein  59.55 
 
 		 101 aa  120  6e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.96791  normal  0.589789 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2534  putative transcriptional regulator  62.24 
 
 		 98 aa  120  7e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000050533 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1254  putative transcriptional regulator  65.12 
 
 		 101 aa  120  8e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1542  Cro/CI family transcriptional regulator  64.89 
 
 		 97 aa  119  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.395246  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2273  putative transcriptional regulator  60.2 
 
 		 104 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.59537  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4018  putative transcriptional regulator  58.7 
 
 		 106 aa  117  7e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1725  putative transcriptional regulator  62.37 
 
 		 97 aa  115  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.149622  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0237  putative transcriptional regulator  56.84 
 
 		 100 aa  112  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3155  putative transcriptional regulator  56.18 
 
 		 99 aa  107  5e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.239561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4949  putative transcriptional regulator  55.06 
 
 		 96 aa  105  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.554909  normal  0.473555 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6313  addiction module antidote protein  53.54 
 
 		 97 aa  104  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0276744  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6941  putative transcriptional regulator  57.3 
 
 		 99 aa  101  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15575  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1686  putative transcriptional regulator  52.58 
 
 		 98 aa  100  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3174  putative transcriptional regulator  55.29 
 
 		 95 aa  98.2  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2537  putative transcriptional regulator  50.56 
 
 		 156 aa  95.5  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.35922 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0184  putative transcriptional regulator  54.76 
 
 		 94 aa  94.7  3e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.57004  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3267  addiction module antidote protein  70.49 
 
 		 99 aa  93.6  8e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2207  putative transcriptional regulator  50 
 
 		 102 aa  93.6  8e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0456  transcriptional regulator  49.41 
 
 		 95 aa  93.2  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0171  addiction module antidote protein  48.31 
 
 		 107 aa  90.1  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.85634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3989  hypothetical protein  46.07 
 
 		 95 aa  88.6  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0366  putative transcriptional regulator  50.59 
 
 		 104 aa  88.2  4e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0174  putative addiction module antidote protein  44.79 
 
 		 95 aa  87  8e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3082  transcriptional regulator  49.44 
 
 		 93 aa  86.7  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3926  putative transcriptional regulator  43.43 
 
 		 105 aa  85.5  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.511666 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0141  putative transcriptional regulator  53.57 
 
 		 99 aa  85.1  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.389686  hitchhiker  0.00339535 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2993  putative transcriptional regulator  46.67 
 
 		 92 aa  85.1  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3881  putative transcriptional regulator  53.42 
 
 		 131 aa  84.7  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.26577 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1150  hypothetical protein  45.45 
 
 		 133 aa  83.2  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0051  putative transcriptional regulator  46.67 
 
 		 92 aa  82.8  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1424  putative transcriptional regulator  46.15 
 
 		 98 aa  82.4  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.356801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1734  hypothetical protein  46.15 
 
 		 98 aa  82.4  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0040  addiction module antidote protein  42.71 
 
 		 95 aa  82  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4037  putative transcriptional regulator  44.05 
 
 		 97 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.42157 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0224  putative transcriptional regulator  48.81 
 
 		 95 aa  80.9  0.000000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4548  putative transcriptional regulator  44.09 
 
 		 100 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1295  putative transcriptional regulator  50 
 
 		 121 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.053916  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6535  putative transcriptional regulator  50 
 
 		 121 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2670  putative transcriptional regulator  44.44 
 
 		 107 aa  79  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.19306  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1813  hypothetical protein  44.05 
 
 		 118 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0146  addiction module antidote protein  44.05 
 
 		 118 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0500  putative transcriptional regulator  44.57 
 
 		 100 aa  78.6  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0829  hypothetical protein  46.59 
 
 		 98 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00761962 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0856  putative transcriptional regulator  46.59 
 
 		 98 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.18856  normal  0.623315 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0861  transcriptional regulator  43.01 
 
 		 100 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.11203 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1303  putative transcriptional regulator  40.22 
 
 		 96 aa  77  0.00000000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8270  putative transcriptional regulator  44.44 
 
 		 97 aa  77  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0213067  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1443  putative transcriptional regulator  43.02 
 
 		 97 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0282  putative transcriptional regulator  46.15 
 
 		 98 aa  75.5  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0606  addiction module antidote protein  36.73 
 
 		 96 aa  75.5  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2007  transcriptional regulator  42.22 
 
 		 102 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1983  putative transcriptional regulator  43.82 
 
 		 94 aa  74.7  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.164326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0573  putative transcriptional regulator  46.43 
 
 		 101 aa  74.3  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.278814 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1155  putative transcriptional regulator  55.93 
 
 		 275 aa  72.4  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00000000163993  unclonable  0.000000164707 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2280  transcriptional regulator-like  49.33 
 
 		 305 aa  71.2  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.64094  normal  0.372156 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1305  transcriptional regulator  41.11 
 
 		 98 aa  68.6  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.148881  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9109  hypothetical protein  54.69 
 
 		 286 aa  68.6  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.689253  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3744  putative transcriptional regulator  32.58 
 
 		 94 aa  66.6  0.00000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.255899  hitchhiker  0.00180241 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1241  hypothetical protein  34.78 
 
 		 116 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0372101  normal  0.605279 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1271  putative transcriptional regulator  34.78 
 
 		 116 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.666543 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1488  putative transcriptional regulator  44 
 
 		 87 aa  63.2  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.3464  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1201  addiction module antidote protein  35.71 
 
 		 92 aa  59.3  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.0000259095  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1426  addiction module antidote protein  35.71 
 
 		 92 aa  59.3  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00137891  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2242  putative transcriptional regulator  39.73 
 
 		 99 aa  57.4  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3123  putative transcriptional regulator  44.05 
 
 		 103 aa  57  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5333  putative transcriptional regulator  41.46 
 
 		 109 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.865145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3502  putative transcriptional regulator  41.46 
 
 		 109 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.387037  hitchhiker  0.00960025 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2517  putative transcriptional regulator  41.46 
 
 		 109 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.463921 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3598  putative transcriptional regulator  41.46 
 
 		 109 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.166769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3922  putative transcriptional regulator  41.46 
 
 		 109 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.120301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0017  hypothetical protein  33.71 
 
 		 116 aa  53.9  0.0000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.447593  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3002  addiction module antidote protein  34.94 
 
 		 112 aa  52  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5375  hypothetical protein  33 
 
 		 114 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00339875  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2621  putative transcriptional regulator  37.04 
 
 		 150 aa  50.8  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3934  putative transcriptional regulator  37.63 
 
 		 89 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.148874 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3350  putative transcriptional regulator  37.63 
 
 		 103 aa  48.1  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000971437  normal  0.44522 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2079  putative transcriptional regulator  31.87 
 
 		 100 aa  45.8  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1358  putative DNA-binding prophage protein  50 
 
 		 46 aa  45.8  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.190658  hitchhiker  0.000534909 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0368  addiction module antidote protein  43.55 
 
 		 100 aa  45.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.235004 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4220  putative transcriptional regulator  36.56 
 
 		 104 aa  45.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0276  putative addiction module antidote protein  32.61 
 
 		 100 aa  43.9  0.0008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>