108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0282 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0282  putative transcriptional regulator  100 
 
 
98 aa  197  3.9999999999999996e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1424  putative transcriptional regulator  94.9 
 
 
98 aa  186  9e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.356801  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1734  hypothetical protein  94.9 
 
 
98 aa  186  9e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0456  transcriptional regulator  76.34 
 
 
95 aa  149  1e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8270  putative transcriptional regulator  72.83 
 
 
97 aa  140  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0213067  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4037  putative transcriptional regulator  69.89 
 
 
97 aa  135  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.42157 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2670  putative transcriptional regulator  64.58 
 
 
107 aa  132  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.19306  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0224  putative transcriptional regulator  68.54 
 
 
95 aa  127  4.0000000000000003e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3174  putative transcriptional regulator  53.76 
 
 
95 aa  98.2  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0171  addiction module antidote protein  51.65 
 
 
107 aa  95.9  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.85634  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3155  putative transcriptional regulator  47.31 
 
 
99 aa  94.7  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.239561  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2537  putative transcriptional regulator  52.81 
 
 
156 aa  91.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.35922 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4949  putative transcriptional regulator  46.24 
 
 
96 aa  90.9  6e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.554909  normal  0.473555 
 
 
-
 
NC_003296  RS05545  hypothetical protein  50 
 
 
99 aa  90.5  8e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3082  transcriptional regulator  51.69 
 
 
93 aa  87.8  5e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3881  putative transcriptional regulator  54.05 
 
 
131 aa  85.5  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.26577 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40590  transcriptional regulator protein  47.31 
 
 
102 aa  85.5  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1631  hypothetical protein  47.25 
 
 
99 aa  84.3  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.605543  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3989  hypothetical protein  47.78 
 
 
95 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5507  putative transcriptional regulator  46.59 
 
 
99 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.366583  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0856  putative transcriptional regulator  42.86 
 
 
98 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.18856  normal  0.623315 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4952  putative transcriptional regulator  46.67 
 
 
99 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3672  putative transcriptional regulator  46.59 
 
 
99 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.932392  normal  0.882377 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1332  putative transcriptional regulator  46.15 
 
 
99 aa  82.4  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.043655 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0829  hypothetical protein  42.86 
 
 
98 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00761962 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4018  putative transcriptional regulator  44.9 
 
 
106 aa  81.3  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3780  putative transcriptional regulator  45.45 
 
 
99 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.798445  normal  0.40275 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3743  putative transcriptional regulator  45.45 
 
 
99 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.643331 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0420  transcriptional regulator  45.16 
 
 
95 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.461361  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2314  putative transcriptional regulator  46.32 
 
 
99 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.92599 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0898  putative transcriptional regulator  42.39 
 
 
96 aa  80.1  0.00000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000368951  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4583  putative transcriptional regulator  44.32 
 
 
99 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205891  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6941  putative transcriptional regulator  44.44 
 
 
99 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15575  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2007  transcriptional regulator  39.36 
 
 
102 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0366  putative transcriptional regulator  39.8 
 
 
104 aa  76.3  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0449  hypothetical protein  39.8 
 
 
98 aa  75.9  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.144343  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0141  putative transcriptional regulator  39.36 
 
 
99 aa  75.5  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.389686  hitchhiker  0.00339535 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1295  putative transcriptional regulator  43.01 
 
 
121 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.053916  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6535  putative transcriptional regulator  43.01 
 
 
121 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1150  hypothetical protein  42.22 
 
 
133 aa  72.8  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1303  putative transcriptional regulator  44.71 
 
 
96 aa  73.2  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0569  Cro/CI family transcriptional regulator  42.11 
 
 
117 aa  72.8  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2534  putative transcriptional regulator  44.94 
 
 
98 aa  72.8  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000050533 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2280  transcriptional regulator-like  45.12 
 
 
305 aa  72  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.64094  normal  0.372156 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2877  addiction module antidote protein  43.82 
 
 
97 aa  72  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000236023 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2207  putative transcriptional regulator  40 
 
 
102 aa  72  0.000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0570  putative transcriptional regulator  42.11 
 
 
108 aa  71.6  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.266064 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1725  putative transcriptional regulator  45.98 
 
 
97 aa  71.6  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.149622  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1542  Cro/CI family transcriptional regulator  43.82 
 
 
97 aa  71.2  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.395246  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1686  putative transcriptional regulator  41.11 
 
 
98 aa  71.2  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2965  putative transcriptional regulator  44.32 
 
 
97 aa  70.5  0.000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1222  putative transcriptional regulator  43.82 
 
 
98 aa  70.1  0.000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1254  putative transcriptional regulator  37.89 
 
 
101 aa  69.7  0.00000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1241  hypothetical protein  40 
 
 
116 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0372101  normal  0.605279 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3926  putative transcriptional regulator  40 
 
 
105 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.511666 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1983  putative transcriptional regulator  40.24 
 
 
94 aa  68.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.164326  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0184  putative transcriptional regulator  40 
 
 
94 aa  68.9  0.00000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.57004  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0237  putative transcriptional regulator  42.22 
 
 
100 aa  68.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1813  hypothetical protein  41.38 
 
 
118 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0146  addiction module antidote protein  41.38 
 
 
118 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6313  addiction module antidote protein  40 
 
 
97 aa  67.8  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0276744  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1271  putative transcriptional regulator  40 
 
 
116 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.666543 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0573  putative transcriptional regulator  34.69 
 
 
101 aa  66.6  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.278814 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2273  putative transcriptional regulator  41.38 
 
 
104 aa  66.6  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.59537  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0040  addiction module antidote protein  36.67 
 
 
95 aa  65.9  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4548  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 
100 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0500  putative transcriptional regulator  38.3 
 
 
100 aa  64.7  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1443  putative transcriptional regulator  36.67 
 
 
97 aa  64.7  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0861  transcriptional regulator  34.44 
 
 
100 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.11203 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2824  addiction module antidote protein  35.79 
 
 
101 aa  63.5  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.96791  normal  0.589789 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0051  putative transcriptional regulator  37.08 
 
 
92 aa  63.2  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9109  hypothetical protein  50 
 
 
286 aa  62.4  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.689253  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3351  putative transcriptional regulator  45.21 
 
 
239 aa  60.5  0.000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00224637  normal  0.467937 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0174  putative addiction module antidote protein  33.33 
 
 
95 aa  60.5  0.000000007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2517  putative transcriptional regulator  46.84 
 
 
109 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.463921 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3598  putative transcriptional regulator  46.84 
 
 
109 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.166769  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3922  putative transcriptional regulator  46.84 
 
 
109 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.120301  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1305  transcriptional regulator  33.67 
 
 
98 aa  60.1  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.148881  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1155  putative transcriptional regulator  43.75 
 
 
275 aa  60.1  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00000000163993  unclonable  0.000000164707 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5333  putative transcriptional regulator  53.57 
 
 
109 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.865145  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2993  putative transcriptional regulator  36.59 
 
 
92 aa  58.9  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3502  putative transcriptional regulator  53.57 
 
 
109 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.387037  hitchhiker  0.00960025 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3123  putative transcriptional regulator  35.16 
 
 
103 aa  58.2  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3267  addiction module antidote protein  40.32 
 
 
99 aa  58.2  0.00000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0606  addiction module antidote protein  30.77 
 
 
96 aa  57.8  0.00000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3744  putative transcriptional regulator  27.47 
 
 
94 aa  55.5  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.255899  hitchhiker  0.00180241 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4811  putative transcriptional regulator  51.61 
 
 
68 aa  54.7  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0622579  hitchhiker  0.00296923 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15560  hypothetical protein  55.77 
 
 
102 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000160918  unclonable  2.1203199999999998e-22 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1201  addiction module antidote protein  26.67 
 
 
92 aa  53.5  0.0000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.0000259095  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1426  addiction module antidote protein  26.67 
 
 
92 aa  53.5  0.0000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00137891  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1488  putative transcriptional regulator  34.44 
 
 
87 aa  53.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.3464  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2242  putative transcriptional regulator  34.83 
 
 
99 aa  53.1  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3350  putative transcriptional regulator  37.65 
 
 
103 aa  52  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000971437  normal  0.44522 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4220  putative transcriptional regulator  37.5 
 
 
104 aa  51.6  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0276  putative addiction module antidote protein  34.12 
 
 
100 aa  51.2  0.000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3002  addiction module antidote protein  40.3 
 
 
112 aa  51.2  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0368  addiction module antidote protein  42.86 
 
 
100 aa  47.4  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.235004 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2621  putative transcriptional regulator  36.14 
 
 
150 aa  46.6  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5844  putative transcriptional regulator  30.11 
 
 
68 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.330193  normal  0.621071 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36100  transcriptional regulator  34.12 
 
 
106 aa  45.8  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>