101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0898 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0898  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 96 aa  187  2.9999999999999997e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000368951  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05545  hypothetical protein  66.67 
 
 		 99 aa  126  9.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3672  putative transcriptional regulator  58.95 
 
 		 99 aa  122  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.932392  normal  0.882377 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40590  transcriptional regulator protein  63.74 
 
 		 102 aa  122  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5507  putative transcriptional regulator  57.89 
 
 		 99 aa  121  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.366583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3780  putative transcriptional regulator  57.89 
 
 		 99 aa  120  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.798445  normal  0.40275 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4952  putative transcriptional regulator  57.89 
 
 		 99 aa  120  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3743  putative transcriptional regulator  57.89 
 
 		 99 aa  120  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.643331 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2314  putative transcriptional regulator  56.84 
 
 		 99 aa  120  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.92599 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4583  putative transcriptional regulator  56.84 
 
 		 99 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205891  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0569  Cro/CI family transcriptional regulator  65.59 
 
 		 117 aa  117  7e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0420  transcriptional regulator  61.36 
 
 		 95 aa  117  7e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.461361  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4949  putative transcriptional regulator  57.89 
 
 		 96 aa  113  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.554909  normal  0.473555 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0570  putative transcriptional regulator  62.11 
 
 		 108 aa  113  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.266064 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2877  addiction module antidote protein  61.29 
 
 		 97 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000236023 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2534  putative transcriptional regulator  60 
 
 		 98 aa  111  4.0000000000000004e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000050533 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1222  putative transcriptional regulator  60 
 
 		 98 aa  111  4.0000000000000004e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1542  Cro/CI family transcriptional regulator  61.29 
 
 		 97 aa  110  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.395246  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6941  putative transcriptional regulator  58.43 
 
 		 99 aa  110  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15575  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0237  putative transcriptional regulator  56.84 
 
 		 100 aa  110  7.000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2965  putative transcriptional regulator  61.29 
 
 		 97 aa  110  8.000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2273  putative transcriptional regulator  57.89 
 
 		 104 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.59537  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1332  putative transcriptional regulator  54.84 
 
 		 99 aa  108  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.043655 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2207  putative transcriptional regulator  61.18 
 
 		 102 aa  107  6e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0184  putative transcriptional regulator  55.32 
 
 		 94 aa  107  7.000000000000001e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.57004  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1631  hypothetical protein  53.76 
 
 		 99 aa  106  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.605543  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3155  putative transcriptional regulator  52.81 
 
 		 99 aa  105  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.239561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1254  putative transcriptional regulator  52.69 
 
 		 101 aa  103  7e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3174  putative transcriptional regulator  57.3 
 
 		 95 aa  103  9e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0141  putative transcriptional regulator  52.22 
 
 		 99 aa  102  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.389686  hitchhiker  0.00339535 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0449  hypothetical protein  54.95 
 
 		 98 aa  101  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.144343  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0861  transcriptional regulator  54.44 
 
 		 100 aa  99.8  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.11203 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2993  putative transcriptional regulator  53.93 
 
 		 92 aa  99.8  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1725  putative transcriptional regulator  56.84 
 
 		 97 aa  99.8  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.149622  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1443  putative transcriptional regulator  52.22 
 
 		 97 aa  99  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4018  putative transcriptional regulator  51.61 
 
 		 106 aa  98.6  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6313  addiction module antidote protein  52.69 
 
 		 97 aa  99  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0276744  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0040  addiction module antidote protein  51.14 
 
 		 95 aa  98.6  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0500  putative transcriptional regulator  51.65 
 
 		 100 aa  97.8  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1686  putative transcriptional regulator  56.98 
 
 		 98 aa  98.2  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4548  putative transcriptional regulator  50.56 
 
 		 100 aa  98.2  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0573  putative transcriptional regulator  49.44 
 
 		 101 aa  97.8  4e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.278814 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3989  hypothetical protein  51.69 
 
 		 95 aa  97.4  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2537  putative transcriptional regulator  52.75 
 
 		 156 aa  97.1  7e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.35922 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1813  hypothetical protein  54.88 
 
 		 118 aa  97.1  8e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0146  addiction module antidote protein  54.88 
 
 		 118 aa  97.1  8e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0174  putative addiction module antidote protein  52.27 
 
 		 95 aa  95.5  2e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0829  hypothetical protein  51.69 
 
 		 98 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00761962 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1295  putative transcriptional regulator  52.44 
 
 		 121 aa  94.4  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.053916  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6535  putative transcriptional regulator  52.44 
 
 		 121 aa  94.4  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0856  putative transcriptional regulator  51.69 
 
 		 98 aa  94  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.18856  normal  0.623315 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2824  addiction module antidote protein  47.87 
 
 		 101 aa  91.7  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.96791  normal  0.589789 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0606  addiction module antidote protein  44.57 
 
 		 96 aa  92  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0366  putative transcriptional regulator  48.89 
 
 		 104 aa  91.3  4e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3926  putative transcriptional regulator  50 
 
 		 105 aa  90.9  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.511666 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1150  hypothetical protein  50 
 
 		 133 aa  90.1  9e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1303  putative transcriptional regulator  44.32 
 
 		 96 aa  90.1  9e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3881  putative transcriptional regulator  56 
 
 		 131 aa  89  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.26577 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8270  putative transcriptional regulator  45.65 
 
 		 97 aa  89  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0213067  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0171  addiction module antidote protein  51.19 
 
 		 107 aa  88.2  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.85634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2007  transcriptional regulator  44.57 
 
 		 102 aa  88.2  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2670  putative transcriptional regulator  46.15 
 
 		 107 aa  88.2  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.19306  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1305  transcriptional regulator  46.15 
 
 		 98 aa  87  8e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.148881  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4037  putative transcriptional regulator  46.43 
 
 		 97 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.42157 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0051  putative transcriptional regulator  43.82 
 
 		 92 aa  84.7  4e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0224  putative transcriptional regulator  43.48 
 
 		 95 aa  84.3  5e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1488  putative transcriptional regulator  48.89 
 
 		 87 aa  84  6e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.3464  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1983  putative transcriptional regulator  43.68 
 
 		 94 aa  84  6e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.164326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0456  transcriptional regulator  43.9 
 
 		 95 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9109  hypothetical protein  51.25 
 
 		 286 aa  81.6  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.689253  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3082  transcriptional regulator  45.45 
 
 		 93 aa  81.3  0.000000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3744  putative transcriptional regulator  36.17 
 
 		 94 aa  80.9  0.000000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.255899  hitchhiker  0.00180241 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3267  addiction module antidote protein  57.14 
 
 		 99 aa  80.9  0.000000000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1424  putative transcriptional regulator  41.3 
 
 		 98 aa  78.2  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.356801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1734  hypothetical protein  41.3 
 
 		 98 aa  78.2  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1155  putative transcriptional regulator  50.7 
 
 		 275 aa  76.6  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00000000163993  unclonable  0.000000164707 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2280  transcriptional regulator-like  45.33 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.64094  normal  0.372156 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2242  putative transcriptional regulator  43.59 
 
 		 99 aa  72.8  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1271  putative transcriptional regulator  39.08 
 
 		 116 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.666543 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1241  hypothetical protein  37.93 
 
 		 116 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0372101  normal  0.605279 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0282  putative transcriptional regulator  42.39 
 
 		 98 aa  69.3  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3123  putative transcriptional regulator  43.16 
 
 		 103 aa  68.6  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1201  addiction module antidote protein  34.83 
 
 		 92 aa  66.6  0.0000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.0000259095  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1426  addiction module antidote protein  34.83 
 
 		 92 aa  66.6  0.0000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00137891  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2621  putative transcriptional regulator  43.04 
 
 		 150 aa  64.7  0.0000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3350  putative transcriptional regulator  44.44 
 
 		 103 aa  63.9  0.0000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000971437  normal  0.44522 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5375  hypothetical protein  39.58 
 
 		 114 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00339875  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4220  putative transcriptional regulator  41.24 
 
 		 104 aa  62  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2079  putative transcriptional regulator  33.7 
 
 		 100 aa  59.3  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3934  putative transcriptional regulator  40.23 
 
 		 89 aa  57  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.148874 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5333  putative transcriptional regulator  39.58 
 
 		 109 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.865145  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3002  addiction module antidote protein  42.11 
 
 		 112 aa  54.3  0.0000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3502  putative transcriptional regulator  39.58 
 
 		 109 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.387037  hitchhiker  0.00960025 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2517  putative transcriptional regulator  39.58 
 
 		 109 aa  52.8  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.463921 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3598  putative transcriptional regulator  39.58 
 
 		 109 aa  52.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.166769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3922  putative transcriptional regulator  39.58 
 
 		 109 aa  52.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.120301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0276  putative addiction module antidote protein  36.67 
 
 		 100 aa  50.4  0.000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0368  addiction module antidote protein  40.32 
 
 		 100 aa  48.1  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.235004 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0017  hypothetical protein  38.55 
 
 		 116 aa  47.8  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.447593  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36100  transcriptional regulator  29.67 
 
 		 106 aa  43.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>