41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0071 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0071  hypothetical protein  100 
 
 
244 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.878621  normal  0.643653 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0095  hypothetical protein  88.68 
 
 
241 aa  296  2e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.201224 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0612  hypothetical protein  79.89 
 
 
231 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0968098  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0510  hypothetical protein  65 
 
 
272 aa  219  4e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.471576  normal  0.0447134 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0468  hypothetical protein  65.18 
 
 
240 aa  203  2e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22456  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0375  hypothetical protein  62.05 
 
 
231 aa  193  2e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.579408  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7607  hypothetical protein  73.21 
 
 
284 aa  170  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00689527  normal  0.216662 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1908  hypothetical protein  67.82 
 
 
345 aa  118  7e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.344277 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4750  hypothetical protein  72.46 
 
 
347 aa  114  1e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.139905  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0953  hypothetical protein  62.35 
 
 
437 aa  113  2e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0203333  normal  0.0141438 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0824  hypothetical protein  66.28 
 
 
345 aa  114  2e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.926799 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0114  hypothetical protein  72.46 
 
 
311 aa  112  4e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2621  hypothetical protein  63.44 
 
 
401 aa  112  4e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.335901 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0892  hypothetical protein  61.18 
 
 
425 aa  112  5e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.70017  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0916  hypothetical protein  73.85 
 
 
431 aa  112  5e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.608864  normal  0.647337 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3953  hypothetical protein  44.57 
 
 
294 aa  111  1e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.129497  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2997  hypothetical protein  63.95 
 
 
275 aa  105  6e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.247811  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1798  hypothetical protein  52.73 
 
 
261 aa  102  7e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.184582  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3814  hypothetical protein  69.23 
 
 
252 aa  101  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.180597  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3522  hypothetical protein  69.23 
 
 
244 aa  101  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00855265  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0139  hypothetical protein  40.56 
 
 
350 aa  100  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0903001  normal  0.118863 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2500  hypothetical protein  70.31 
 
 
219 aa  101  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.121247 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0140  hypothetical protein  53.12 
 
 
144 aa  98.2  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.699616  normal  0.0783474 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1038  hypothetical protein  66.67 
 
 
263 aa  96.3  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0341013  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1749  hypothetical protein  55.68 
 
 
248 aa  95.9  5e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.116456  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1865  hypothetical protein  52.38 
 
 
252 aa  95.9  6e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0247  hypothetical protein  43.7 
 
 
216 aa  89.7  4e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0988  hypothetical protein  51.65 
 
 
373 aa  85.1  1e-15  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.4586  normal  0.292703 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0648  hypothetical protein  59.65 
 
 
250 aa  81.6  9e-15  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.381753  normal  0.239777 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1731  hypothetical protein  48.72 
 
 
203 aa  81.6  1e-14  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0545738  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0896  hypothetical protein  44.57 
 
 
262 aa  80.5  2e-14  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.0019435  normal  0.509637 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1550  hypothetical protein  54.41 
 
 
275 aa  79.7  3e-14  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0360168  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6078  hypothetical protein  54.41 
 
 
275 aa  79.7  3e-14  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1016  hypothetical protein  53.25 
 
 
143 aa  79.7  4e-14  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.595754  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1115  hypothetical protein  54.41 
 
 
249 aa  79.3  5e-14  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0428943 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1808  hypothetical protein  45.54 
 
 
224 aa  78.2  1e-13  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.292683 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0752  hypothetical protein  36.81 
 
 
315 aa  77  2e-13  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0183997  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0943  hypothetical protein  31.82 
 
 
236 aa  70.9  2e-11  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0286  hypothetical protein  38.1 
 
 
340 aa  60.5  2e-08  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2528  hypothetical protein  38.1 
 
 
269 aa  57.8  1e-07  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887044  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2712  hypothetical protein  41.18 
 
 
273 aa  56.2  4e-07  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>