59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0752 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0752  hypothetical protein  100 
 
 
315 aa  600  1.0000000000000001e-171  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0183997  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2621  hypothetical protein  42.11 
 
 
401 aa  112  8.000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.335901 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0140  hypothetical protein  63.77 
 
 
144 aa  100  4e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.699616  normal  0.0783474 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1016  hypothetical protein  59.09 
 
 
143 aa  86.7  5e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.595754  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0071  hypothetical protein  41.91 
 
 
244 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.878621  normal  0.643653 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0988  hypothetical protein  58.9 
 
 
373 aa  84.7  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.4586  normal  0.292703 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3953  hypothetical protein  41.67 
 
 
294 aa  81.3  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.129497  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1798  hypothetical protein  47.25 
 
 
261 aa  81.3  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.184582  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1865  hypothetical protein  48.15 
 
 
252 aa  79.3  0.00000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1038  hypothetical protein  55.56 
 
 
263 aa  78.6  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0341013  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0648  hypothetical protein  52.86 
 
 
250 aa  77  0.0000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.381753  normal  0.239777 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0991  ribonuclease  73.77 
 
 
1059 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19075  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2500  hypothetical protein  57.41 
 
 
219 aa  76.6  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.121247 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1749  hypothetical protein  41.8 
 
 
248 aa  76.3  0.0000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.116456  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0247  hypothetical protein  49.12 
 
 
216 aa  75.1  0.000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1731  hypothetical protein  47.22 
 
 
203 aa  74.3  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0545738  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2997  hypothetical protein  45.57 
 
 
275 aa  74.3  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.247811  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4223  ribonuclease E  73.77 
 
 
1053 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187486  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3522  hypothetical protein  55.77 
 
 
244 aa  72.8  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00855265  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3814  hypothetical protein  55.77 
 
 
252 aa  72.4  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.180597  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1808  hypothetical protein  46.15 
 
 
224 aa  72.4  0.000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.292683 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4750  hypothetical protein  47.46 
 
 
347 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.139905  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1115  hypothetical protein  57.41 
 
 
249 aa  71.6  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0428943 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0114  hypothetical protein  49.15 
 
 
311 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0375  hypothetical protein  52.38 
 
 
231 aa  71.2  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.579408  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1908  hypothetical protein  45.95 
 
 
345 aa  70.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.344277 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6078  hypothetical protein  57.41 
 
 
275 aa  71.6  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0943  hypothetical protein  54.55 
 
 
236 aa  71.6  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0095  hypothetical protein  53.7 
 
 
241 aa  70.5  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.201224 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0612  hypothetical protein  53.7 
 
 
231 aa  70.1  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0968098  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0824  hypothetical protein  49.28 
 
 
345 aa  69.7  0.00000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.926799 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0468  hypothetical protein  50.79 
 
 
240 aa  69.3  0.00000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22456  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0896  hypothetical protein  53.7 
 
 
262 aa  67.4  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.0019435  normal  0.509637 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0892  hypothetical protein  45.45 
 
 
425 aa  66.2  0.0000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.70017  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0953  hypothetical protein  44.16 
 
 
437 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0203333  normal  0.0141438 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0916  hypothetical protein  46.3 
 
 
431 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.608864  normal  0.647337 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2176  restriction endonuclease  38.74 
 
 
669 aa  63.2  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2528  hypothetical protein  47.67 
 
 
269 aa  62.8  0.000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887044  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0139  hypothetical protein  47.17 
 
 
350 aa  62.8  0.000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0903001  normal  0.118863 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0286  hypothetical protein  39.17 
 
 
340 aa  60.1  0.00000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1814  ribonuclease E  55 
 
 
1087 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0112079  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2863  ribonuclease E  55 
 
 
1088 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.829315  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2791  ribonuclease E  55 
 
 
1087 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000882056  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2491  ribonuclease E  55 
 
 
1090 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000172006  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0520  ribonuclease E  55 
 
 
1090 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000787566  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2918  ribonuclease E  55 
 
 
1085 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000100731  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7607  hypothetical protein  31.21 
 
 
284 aa  56.2  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00689527  normal  0.216662 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2802  ribonuclease E  64.81 
 
 
1088 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000361809  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2712  hypothetical protein  51.02 
 
 
273 aa  54.7  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2357  translation initiation factor IF-2  60.87 
 
 
1101 aa  50.4  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7125  WD-40 repeat-containing protein  43.42 
 
 
1401 aa  49.3  0.00009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1663  hypothetical protein  19.88 
 
 
2449 aa  47.8  0.0003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0502  hypothetical protein  27.05 
 
 
1441 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  68.29 
 
 
1096 aa  44.3  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.00000580995  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2922  ribonuclease, Rne/Rng family  61.7 
 
 
1097 aa  43.5  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000705961  normal  0.54344 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1722  RNA chaperone Hfq  58.54 
 
 
243 aa  43.5  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.057332  hitchhiker  0.00002496 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0523  hypothetical protein  24.32 
 
 
1446 aa  43.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  59.57 
 
 
1082 aa  43.1  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  53.62 
 
 
1014 aa  43.1  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>