127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_2146 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007204  Psyc_2146  ribonuclease P protein component  100 
 
 
123 aa  246  6e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  1.64935e-11  unclonable  1.1472e-06 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0001  ribonuclease P protein component  86.18 
 
 
123 aa  217  4e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0001269  unclonable  4.73513e-05 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2390  ribonuclease P protein component  52.78 
 
 
130 aa  116  9e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.02633e-08  hitchhiker  7.53131e-08 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4622  ribonuclease P  38.18 
 
 
134 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52470  ribonuclease P  35.45 
 
 
130 aa  85.5  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0001  ribonuclease P  35.45 
 
 
134 aa  84  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5745  ribonuclease P  35.45 
 
 
133 aa  83.2  1e-15  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00936025  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5614  ribonuclease P protein component  35.45 
 
 
133 aa  81.6  3e-15  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6370  ribonuclease P  37.04 
 
 
135 aa  81.6  3e-15  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5136  ribonuclease P  35.45 
 
 
133 aa  81.6  3e-15  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0008  ribonuclease P  34.55 
 
 
134 aa  81.3  4e-15  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  2.55186e-05 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5311  ribonuclease P  34.55 
 
 
134 aa  81.3  4e-15  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0346243 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73420  ribonuclease P  37.04 
 
 
135 aa  80.9  5e-15  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0472215  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2513  ribonuclease P  38.18 
 
 
118 aa  79  2e-14  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.77039e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3609  ribonuclease P protein component  37.72 
 
 
118 aa  79  2e-14  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0011  ribonuclease P  36.94 
 
 
118 aa  78.6  3e-14  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  6.76804e-10  hitchhiker  0.000546181 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0004  ribonuclease P  37.17 
 
 
117 aa  77.8  4e-14  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00123584  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3317  ribonuclease P  33.64 
 
 
128 aa  77  7e-14  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4259  ribonuclease P  36.04 
 
 
120 aa  76.6  1e-13  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  7.42435e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0006  ribonuclease P  35.14 
 
 
118 aa  75.5  2e-13  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00437  ribonuclease P  38.18 
 
 
118 aa  75.5  2e-13  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3942  ribonuclease P  34.23 
 
 
118 aa  74.3  5e-13  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.39461e-09  unclonable  2.08872e-11 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4034  ribonuclease P  34.23 
 
 
118 aa  74.3  5e-13  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  3.19179e-06  hitchhiker  0.000155322 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0008  ribonuclease P  34.23 
 
 
118 aa  74.3  5e-13  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  4.50646e-09  unclonable  3.97397e-11 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4931  ribonuclease P  36.04 
 
 
119 aa  74.3  5e-13  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  5.9586e-09  unclonable  7.49508e-09 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4004  ribonuclease P  34.23 
 
 
118 aa  73.9  6e-13  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.19749e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5052  ribonuclease P protein component  36.13 
 
 
128 aa  74.3  6e-13  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.107995  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4381  ribonuclease P  34.23 
 
 
118 aa  73.2  1e-12  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.90839e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4065  ribonuclease P  34.23 
 
 
118 aa  73.6  1e-12  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  1.40717e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4327  ribonuclease P  34.23 
 
 
118 aa  73.2  1e-12  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  7.94478e-11  unclonable  1.88803e-12 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4382  ribonuclease P  34.23 
 
 
118 aa  73.2  1e-12  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  3.48711e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4523  ribonuclease P  34.23 
 
 
118 aa  73.2  1e-12  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  2.1378e-08  hitchhiker  0.000108776 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4314  ribonuclease P protein component  38.74 
 
 
120 aa  71.2  4e-12  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00101008  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3868  ribonuclease P  33.33 
 
 
120 aa  71.2  4e-12  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.77263e-09  unclonable  2.45558e-06 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3777  ribonuclease P  34.23 
 
 
118 aa  71.6  4e-12  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  5.56747e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0004  ribonuclease P  34.23 
 
 
120 aa  70.1  9e-12  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  9.36038e-09  unclonable  6.97895e-11 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3759  ribonuclease P protein component  35.83 
 
 
130 aa  68.9  2e-11  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002014  ribonuclease P protein component  35.58 
 
 
107 aa  68.2  4e-11  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.92203e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4266  ribonuclease P  36.45 
 
 
119 aa  66.6  1e-10  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000515429  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4155  ribonuclease P  34.58 
 
 
119 aa  66.6  1e-10  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.58759e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3897  ribonuclease P protein component  29.73 
 
 
132 aa  66.2  1e-10  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0590207  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5134  ribonuclease P  34.58 
 
 
119 aa  65.9  2e-10  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00130238  normal  0.0222111 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4221  ribonuclease P  34.58 
 
 
119 aa  65.9  2e-10  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03531  hypothetical protein  34.58 
 
 
119 aa  65.9  2e-10  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.118507  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4071  ribonuclease P  34.58 
 
 
119 aa  65.9  2e-10  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00679811  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4214  ribonuclease P  34.58 
 
 
119 aa  65.9  2e-10  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.96678e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3917  ribonuclease P  34.58 
 
 
119 aa  65.9  2e-10  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.73614e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03587  ribonuclease P  34.58 
 
 
119 aa  65.9  2e-10  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.201936  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2198  ribonuclease P protein component  34.55 
 
 
162 aa  65.9  2e-10  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000952989  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0135  ribonuclease P  34.58 
 
 
119 aa  66.2  2e-10  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  1.66605e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4175  ribonuclease P  34.58 
 
 
119 aa  65.1  3e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.936833  normal  0.955569 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4053  ribonuclease P  34.58 
 
 
119 aa  65.1  3e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000316737  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4068  ribonuclease P  34.58 
 
 
119 aa  65.1  3e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  5.99062e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4232  ribonuclease P  34.58 
 
 
119 aa  65.1  3e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000722418  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4125  ribonuclease P  34.58 
 
 
119 aa  65.1  3e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00333224  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0030  ribonuclease P  34.58 
 
 
119 aa  65.1  3e-10  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00687472  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4037  ribonuclease P  36.45 
 
 
119 aa  64.7  4e-10  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.438672  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4486  ribonuclease P protein component  28.83 
 
 
132 aa  64.3  5e-10  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  1.75876e-05  hitchhiker  1.29187e-09 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2883  ribonuclease P protein component  29.63 
 
 
123 aa  63.9  7e-10  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0117467  normal  0.419637 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3088  ribonuclease P protein  36.08 
 
 
119 aa  62.4  2e-09  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1229  ribonuclease P protein component  30.91 
 
 
122 aa  62  2e-09  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0151351  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3320  ribonuclease P protein component  31.19 
 
 
120 aa  61.6  4e-09  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4016  ribonuclease P protein component  33.04 
 
 
135 aa  61.2  4e-09  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0116419  normal  0.164418 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4151  ribonuclease P protein component  33.66 
 
 
108 aa  60.5  9e-09  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  7.47963e-08  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4248  ribonuclease P  32.67 
 
 
108 aa  60.1  1e-08  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  1.57593e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4291  ribonuclease P  33.66 
 
 
108 aa  60.1  1e-08  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000762  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3035  ribonuclease P protein component  36.05 
 
 
128 aa  58.9  2e-08  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.216945  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4262  ribonuclease P protein component  32.67 
 
 
108 aa  59.3  2e-08  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.117782  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2413  ribonuclease P protein component  31.53 
 
 
123 aa  58.9  2e-08  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0343106  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3615  ribonuclease P protein component  32.97 
 
 
385 aa  58.9  2e-08  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2602  ribonuclease P protein component  29.09 
 
 
116 aa  58.9  2e-08  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.201057  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0134  ribonuclease P protein component  36.73 
 
 
115 aa  57  9e-08  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0423414  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3100  ribonuclease P protein component  32.06 
 
 
169 aa  56.2  1e-07  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  4.56921e-05 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0002  ribonuclease P protein component  47.27 
 
 
131 aa  56.2  1e-07  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.699533  normal  0.546638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0034  ribonuclease P protein component  30.56 
 
 
116 aa  55.1  3e-07  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0035  ribonuclease P protein component  30.56 
 
 
116 aa  55.1  3e-07  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.816345  normal  0.309207 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0100  ribonuclease P protein component  36.11 
 
 
121 aa  54.7  4e-07  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0604  ribonuclease P protein component  34.21 
 
 
118 aa  53.1  1e-06  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00426381  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6522  ribonuclease P protein  36.26 
 
 
153 aa  52.8  1e-06  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2120  ribonuclease P protein component  33.33 
 
 
121 aa  52.4  2e-06  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3988  ribonuclease P protein component  29.77 
 
 
161 aa  52  3e-06  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3460  ribonuclease P protein component  39.76 
 
 
140 aa  51.6  3e-06  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4060  ribonuclease P  30.7 
 
 
116 aa  52  3e-06  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  1.75953e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3644  ribonuclease P protein component  31.53 
 
 
123 aa  51.6  4e-06  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00220014  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0203  ribonuclease P protein component  32.43 
 
 
122 aa  51.2  5e-06  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3165  ribonuclease P protein component  35.16 
 
 
153 aa  50.8  6e-06  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.46639  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4151  ribonuclease P  30.7 
 
 
116 aa  50.8  6e-06  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2551  ribonuclease P protein component  35.16 
 
 
153 aa  50.8  6e-06  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3183  ribonuclease P protein component  35.16 
 
 
153 aa  50.8  7e-06  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.204926 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3462  ribonuclease P protein component  30.21 
 
 
166 aa  50.4  9e-06  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0165621  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3237  ribonuclease P protein component  32.98 
 
 
155 aa  49.7  1e-05  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.254569  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3759  ribonuclease P protein component  38.55 
 
 
140 aa  48.9  2e-05  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0302  ribonuclease P protein component  32.98 
 
 
155 aa  48.9  2e-05  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3156  ribonuclease P protein component  35.16 
 
 
153 aa  49.3  2e-05  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  1.28302e-05 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3076  hypothetical protein  29.63 
 
 
114 aa  48.5  3e-05  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2225  ribonuclease P  29.29 
 
 
121 aa  48.9  3e-05  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.294731  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2932  hypothetical protein  29.63 
 
 
114 aa  48.1  4e-05  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3217  ribonuclease P protein component  32.97 
 
 
153 aa  47.8  5e-05  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.626846  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4464  ribonuclease P  29.84 
 
 
139 aa  47.8  5e-05  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0853749 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1790  ribonuclease P  28.85 
 
 
111 aa  46.6  0.0001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  2.76815e-08  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>