69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2379 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_2379  DsrH family protein  100 
 
 
99 aa  196  1e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.764227  normal  0.0193551 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3340  DsrH family protein  66.67 
 
 
99 aa  131  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.171608  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3170  DsrH like protein  63.64 
 
 
99 aa  128  2e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.225205  normal  0.258355 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28140  dissimilatory sulfite reductase, DsrH-like protein  65.66 
 
 
98 aa  124  5e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3577  DsrH like protein  62.63 
 
 
97 aa  123  8e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.433178 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2601  hypothetical protein  60.2 
 
 
101 aa  114  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.691095  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30380  hypothetical protein  60.2 
 
 
101 aa  115  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3399  sulfur relay protein TusB/DsrH  59.6 
 
 
98 aa  109  1e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.439562 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3995  hypothetical protein  55.56 
 
 
98 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.19694  hitchhiker  0.00527203 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1838  DsrH family protein  55.56 
 
 
98 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000194131 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3600  sulfur relay protein TusB/DsrH  57.58 
 
 
98 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.349027 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1950  DsrH protein  39.18 
 
 
97 aa  68.6  3e-11  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.101676  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1657  DsrH family protein  42.42 
 
 
99 aa  68.2  4e-11  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1851  sulfur relay protein TusB/DsrH  38.14 
 
 
97 aa  66.6  1e-10  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  5.63388e-05  normal  0.139435 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0701  sulfur relay protein TusB/DsrH  38.14 
 
 
97 aa  65.5  2e-10  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0938457  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0134  DsrH family protein  39.18 
 
 
97 aa  65.1  3e-10  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00043522  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2315  sulfur relay protein TusB/DsrH  35.05 
 
 
97 aa  64.7  4e-10  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.333831  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0035  sulfur relay protein TusB/DsrH  38.14 
 
 
97 aa  63.2  1e-09  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.507038 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2481  DsrH protein  40.82 
 
 
99 aa  61.6  4e-09  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.1965  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2476  sulfur relay protein TusB/DsrH  38.54 
 
 
93 aa  61.2  5e-09  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  6.56489e-05  hitchhiker  9.66631e-05 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2189  sulfur relay protein TusB/DsrH  35.35 
 
 
100 aa  58.5  3e-08  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.62558  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2108  DsrH family protein  38.54 
 
 
93 aa  57.4  6e-08  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000187811  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0315  sulfur relay protein TusB/DsrH  37.11 
 
 
95 aa  56.2  2e-07  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000131562  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0042  DsrH protein  34.02 
 
 
97 aa  55.1  3e-07  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.932533  normal  0.75194 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1706  DsrH family protein  36.08 
 
 
97 aa  54.3  5e-07  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  5.13619e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3812  sulfur transfer complex subunit TusB  39.18 
 
 
95 aa  53.5  1e-06  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  2.71307e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3539  sulfur transfer complex subunit TusB  39.18 
 
 
95 aa  53.5  1e-06  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.07691e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2017  DsrH like protein  36.46 
 
 
93 aa  53.1  1e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  9.31832e-08  hitchhiker  0.000744283 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3717  sulfur transfer complex subunit TusB  39.18 
 
 
95 aa  53.5  1e-06  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  4.4476e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1955  DsrH family protein  34.34 
 
 
99 aa  53.1  1e-06  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.392226  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03145  hypothetical protein  39.18 
 
 
95 aa  53.5  1e-06  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  1.56644e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03194  predicted intracellular sulfur oxidation protein  39.18 
 
 
95 aa  53.5  1e-06  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  1.36461e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4652  sulfur transfer complex subunit TusB  39.18 
 
 
95 aa  53.1  1e-06  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  2.3417e-09  normal  0.021154 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0397  sulfur relay protein TusB/DsrH  37.11 
 
 
95 aa  52.8  2e-06  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  2.47543e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0370  sulfur relay protein TusB/DsrH  39.18 
 
 
95 aa  52.4  2e-06  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  2.94824e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0370  sulfur transfer complex subunit TusB  39.18 
 
 
95 aa  51.6  3e-06  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  1.50284e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3679  sulfur transfer complex subunit TusB  36.08 
 
 
95 aa  51.6  3e-06  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  3.4763e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3922  sulfur transfer complex subunit TusB  36.08 
 
 
95 aa  51.6  3e-06  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.20645e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3754  sulfur transfer complex subunit TusB  40.21 
 
 
95 aa  52  3e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0063363  normal  0.0472273 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3646  sulfur transfer complex subunit TusB  40.21 
 
 
95 aa  51.6  3e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.08756e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3645  sulfur transfer complex subunit TusB  40.21 
 
 
95 aa  51.6  3e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  5.89995e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3719  sulfur transfer complex subunit TusB  40.21 
 
 
95 aa  52  3e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  4.0872e-06  normal  0.0520484 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3760  sulfur transfer complex subunit TusB  37.11 
 
 
95 aa  52  3e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  8.01826e-07  hitchhiker  0.00352252 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3624  sulfur transfer complex subunit TusB  38.14 
 
 
95 aa  51.2  4e-06  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  3.15434e-09  hitchhiker  0.000889218 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3817  sulfur transfer complex subunit TusB  40.21 
 
 
95 aa  51.2  5e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  7.02731e-05  normal  0.989859 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1801  hypothetical protein  36.19 
 
 
102 aa  50.4  7e-06  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.13849  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0274  sulfur transfer complex subunit TusB  36.08 
 
 
95 aa  50.4  7e-06  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000269868  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4552  sulfur transfer complex subunit TusB  37.11 
 
 
95 aa  50.1  9e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  1.46848e-08  normal  0.147371 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3441  intracellular sulfur oxidation protein of DsrH family protein  33.68 
 
 
96 aa  50.1  9e-06  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000121818  hitchhiker  0.000104159 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1970  DsrH family protein  37.5 
 
 
93 aa  49.7  1e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  2.81262e-05  normal  0.848273 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2006  DsrH family protein  37.5 
 
 
93 aa  49.7  1e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.039715  hitchhiker  0.000293405 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2057  DsrH family protein  37.5 
 
 
93 aa  49.7  1e-05  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0276019  hitchhiker  0.000313289 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1806  DsrH like protein  33.66 
 
 
98 aa  48.1  3e-05  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000305366  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2198  sulfur relay protein TusB/DsrH  36.46 
 
 
93 aa  48.1  3e-05  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  2.67344e-08  normal  0.0843026 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1333  intracellular sulfur oxidation protein DsrH  32.67 
 
 
102 aa  48.5  3e-05  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2316  DsrH family protein  36.46 
 
 
93 aa  48.1  3e-05  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.9534e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2208  DsrH family protein  36.46 
 
 
93 aa  48.1  3e-05  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000178516  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2163  DsrH family protein  36.46 
 
 
93 aa  48.1  3e-05  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  8.86637e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2378  hypothetical protein  36.46 
 
 
93 aa  47.4  7e-05  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2004  DsrH family protein  35.42 
 
 
93 aa  46.6  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  3.77209e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0965  DsrH family protein  31.91 
 
 
95 aa  46.2  0.0001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.588711  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1923  hypothetical protein  33.67 
 
 
96 aa  46.6  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.597175  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1521  hypothetical protein  35 
 
 
95 aa  43.9  0.0007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.389974  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2454  DsrH family protein  26.21 
 
 
104 aa  43.5  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  3.10745e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2347  putative sulfur oxidation protein DsrH  23.47 
 
 
98 aa  43.5  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377346  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1779  hypothetical protein  36.63 
 
 
97 aa  42.4  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.2752  normal  0.0452389 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0491  sulfur transfer complex subunit TusB  28.87 
 
 
95 aa  42.4  0.002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.870236  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4011  sulfur relay protein TusB/DsrH  34.02 
 
 
95 aa  42  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000192762  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00058  hypothetical protein  30.93 
 
 
91 aa  40.4  0.009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>