More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1823 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1823  GTP cyclohydrolase I  100 
 
 
190 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00310183  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3888  GTP cyclohydrolase I  100 
 
 
181 aa  374  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.299741 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1401  GTP cyclohydrolase I  99.45 
 
 
181 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154537  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1431  GTP cyclohydrolase I  95.58 
 
 
181 aa  360  6e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.33903  normal  0.426591 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1715  GTP cyclohydrolase I  91.16 
 
 
181 aa  349  1e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1845  GTP cyclohydrolase I  89.5 
 
 
181 aa  344  5e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.350099 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2035  GTP cyclohydrolase I  89.5 
 
 
181 aa  344  6e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.31903  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3598  GTP cyclohydrolase I  87.85 
 
 
181 aa  342  2e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.812952  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42850  GTP cyclohydrolase I  87.29 
 
 
181 aa  341  4e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23690  GTP cyclohydrolase I  85.64 
 
 
181 aa  334  6e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0310829  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2744  GTP cyclohydrolase I  85.64 
 
 
181 aa  332  2e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0752455  normal  0.719118 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19630  GTP cyclohydrolase I  79.89 
 
 
186 aa  304  5e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1690  GTP cyclohydrolase I  79.33 
 
 
186 aa  302  2e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1020  GTP cyclohydrolase I  75.69 
 
 
187 aa  298  3e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2021  GTP cyclohydrolase I  77.35 
 
 
186 aa  298  3e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.780834  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1182  GTP cyclohydrolase I  75.14 
 
 
187 aa  297  6e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3207  GTP cyclohydrolase I  77.35 
 
 
186 aa  295  3e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.574177  normal  0.0542023 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0891  GTP cyclohydrolase I  75.98 
 
 
186 aa  294  7e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2512  GTP cyclohydrolase I  76.8 
 
 
186 aa  293  7e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3289  GTP cyclohydrolase  75.14 
 
 
186 aa  290  7e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2469  GTP cyclohydrolase I  69.61 
 
 
181 aa  282  2e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2930  GTP cyclohydrolase I  68.51 
 
 
182 aa  281  3e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.128546  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1299  GTP cyclohydrolase  71.43 
 
 
185 aa  280  1e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2093  GTP cyclohydrolase  69.27 
 
 
179 aa  279  2e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.101734  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2294  GTP cyclohydrolase I  71.91 
 
 
184 aa  277  5e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1799  GTP cyclohydrolase I  70.27 
 
 
198 aa  275  3e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.982751  hitchhiker  6.26036e-06 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3782  GTP cyclohydrolase I  71.51 
 
 
189 aa  273  1e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0548  GTP cyclohydrolase I  67.4 
 
 
184 aa  270  1e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2814  GTP cyclohydrolase I  65.92 
 
 
179 aa  265  2e-70  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2683  GTP cyclohydrolase I  65.92 
 
 
179 aa  264  5e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1670  GTP cyclohydrolase I  66.29 
 
 
185 aa  263  1e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2678  GTP cyclohydrolase I  67.6 
 
 
180 aa  260  7e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.508198  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1393  GTP cyclohydrolase I  66.49 
 
 
200 aa  255  3e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.367158  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3350  GTP cyclohydrolase I  63.95 
 
 
247 aa  245  3e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0955  GTP cyclohydrolase I  63.43 
 
 
201 aa  244  4e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  9.98174e-12  hitchhiker  0.00336193 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1153  GTP cyclohydrolase I  61.54 
 
 
184 aa  244  4e-64  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0863  GTP cyclohydrolase I  61.54 
 
 
188 aa  244  5e-64  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2117  GTP cyclohydrolase I  61.54 
 
 
203 aa  236  1e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0912  GTP cyclohydrolase I  62.21 
 
 
239 aa  234  6e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0939  GTP cyclohydrolase I  62.21 
 
 
239 aa  234  6e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4616  GTP cyclohydrolase I  62.15 
 
 
212 aa  234  8e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0762321  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0402  GTP cyclohydrolase I  63.95 
 
 
235 aa  233  1e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.160762  normal  0.817545 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0859  GTP cyclohydrolase I  59.22 
 
 
226 aa  232  2e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.323599 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2537  GTP cyclohydrolase I  62.21 
 
 
235 aa  232  2e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1044  GTP cyclohydrolase  59.66 
 
 
203 aa  232  3e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.663333 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1425  GTP cyclohydrolase I  60.23 
 
 
203 aa  232  3e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.899017  normal  0.42931 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1390  GTP cyclohydrolase I  56.98 
 
 
213 aa  231  7e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3367  GTP cyclohydrolase I  61.63 
 
 
235 aa  230  8e-60  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.501269  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0859  GTP cyclohydrolase I  59.77 
 
 
219 aa  230  9e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.765891  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0206  GTP cyclohydrolase I  57.8 
 
 
202 aa  228  5e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1597  GTP cyclohydrolase I  59.88 
 
 
213 aa  227  6e-59  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.473501 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0969  GTP cyclohydrolase  58.72 
 
 
243 aa  226  1e-58  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0257975  normal  0.517316 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1949  GTP cyclohydrolase I  54.84 
 
 
216 aa  226  1e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.414952 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1858  GTP cyclohydrolase I  60.47 
 
 
218 aa  227  1e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0976  GTP cyclohydrolase I  59.65 
 
 
219 aa  227  1e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.49412  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1496  GTP cyclohydrolase I  59.78 
 
 
190 aa  226  2e-58  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1778  GTP cyclohydrolase I  59.22 
 
 
190 aa  225  2e-58  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2208  GTP cyclohydrolase  56.04 
 
 
199 aa  226  2e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0579312  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0372  GTP cyclohydrolase I  57.22 
 
 
223 aa  225  3e-58  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.884596  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3847  GTP cyclohydrolase I  58.76 
 
 
218 aa  225  3e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1694  GTP cyclohydrolase I  55.91 
 
 
195 aa  224  4e-58  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0754  GTP cyclohydrolase I  56.67 
 
 
216 aa  224  5e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1588  GTP cyclohydrolase I  60.22 
 
 
223 aa  224  7e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2932  GTP cyclohydrolase I  57.69 
 
 
201 aa  222  2e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0900198 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0890  GTP cyclohydrolase I  56.98 
 
 
214 aa  223  2e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.273347  normal  0.916518 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0864  GTP cyclohydrolase I  56.98 
 
 
214 aa  223  2e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4149  GTP cyclohydrolase I  53.23 
 
 
210 aa  221  4e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0266568 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0193  GTP cyclohydrolase I  55.38 
 
 
220 aa  221  4e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_34960  GTP cyclohydrolase I (GTP-CH-I)  56.73 
 
 
270 aa  220  8e-57  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1481  GTP cyclohydrolase I  56.74 
 
 
190 aa  219  2e-56  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0187  GTP cyclohydrolase I  57.89 
 
 
190 aa  218  4e-56  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0225  GTP cyclohydrolase I  57.89 
 
 
190 aa  217  9e-56  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08636  GTP cyclohydrolase I  53.93 
 
 
199 aa  215  2e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2156  GTP cyclohydrolase I  56.04 
 
 
193 aa  216  2e-55  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6956  GTP cyclohydrolase I  55.31 
 
 
195 aa  216  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.837765  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0204  GTP cyclohydrolase I  57.31 
 
 
190 aa  216  2e-55  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_21868  predicted protein  55.81 
 
 
186 aa  215  3e-55  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.213311  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2086  GTP cyclohydrolase I  57.14 
 
 
179 aa  214  6e-55  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0625  GTP cyclohydrolase I  55.06 
 
 
193 aa  213  2e-54  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.497078 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0041  GTP cyclohydrolase I  54.44 
 
 
194 aa  212  3e-54  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB04920  GTP cyclohydrolase I, putative  54.65 
 
 
435 aa  208  3e-53  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0131  GTP cyclohydrolase I  54.19 
 
 
206 aa  202  2e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0705  GTP cyclohydrolase I  53.89 
 
 
226 aa  202  3e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08188  hypothetical protein similar to GTP cyclohydrolase I (Broad)  52.05 
 
 
329 aa  197  6e-50  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0301  GTP cyclohydrolase I  52.78 
 
 
225 aa  196  1e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000150261  normal  0.11188 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1041  GTP cyclohydrolase I  51.45 
 
 
213 aa  194  7e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.25698  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1075  GTP cyclohydrolase I  51.45 
 
 
213 aa  193  2e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.76008  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4504  GTP cyclohydrolase I  52.78 
 
 
210 aa  192  2e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0017  GTP cyclohydrolase I  51.4 
 
 
224 aa  192  3e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2980  GTP cyclohydrolase I  54.1 
 
 
185 aa  190  9e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  2.39263e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3446  GTP cyclohydrolase I  53.89 
 
 
194 aa  189  2e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0793851  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2660  GTP cyclohydrolase I  51.45 
 
 
212 aa  186  3e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00979899  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1233  GTP cyclohydrolase I  51.11 
 
 
186 aa  185  3e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.520451  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9174  GTP cyclohydrolase I  50.82 
 
 
193 aa  185  3e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5183  GTP cyclohydrolase I  50.57 
 
 
232 aa  185  4e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.58549  normal  0.532793 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3114  GTP cyclohydrolase I  49.16 
 
 
234 aa  184  7e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.942606  normal  0.532138 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4006  GTP cyclohydrolase I  50.56 
 
 
203 aa  184  7e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.580102  normal  0.063729 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0553  GTP cyclohydrolase I  52.6 
 
 
188 aa  182  2e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0811  GTP cyclohydrolase I  48.89 
 
 
188 aa  182  2e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  6.76289e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2207  GTP cyclohydrolase I  51.45 
 
 
201 aa  183  2e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.137028  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>