More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0690 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0690  glutamate--tRNA ligase  100 
 
 
300 aa  585  1e-166  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.858834 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2900  glutamate--tRNA ligase  68.49 
 
 
302 aa  370  1e-101  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0201877  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1782  Glutamate--tRNA ligase  60.51 
 
 
323 aa  340  2e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2904  glutamate--tRNA ligase  58.75 
 
 
338 aa  337  1e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.437681  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1982  glutamate--tRNA ligase  59.55 
 
 
323 aa  334  1e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.926165 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1905  glutamate--tRNA ligase  58.73 
 
 
309 aa  330  1e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0217385  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2934  glutamate--tRNA ligase  58.57 
 
 
327 aa  330  2e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0900886  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3126  Glutamate--tRNA ligase  60.13 
 
 
307 aa  323  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216069  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4049  glutamate--tRNA ligase  60.2 
 
 
312 aa  323  2e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.963278  normal  0.0953958 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3294  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  58.46 
 
 
296 aa  300  1e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3032  glutamate--tRNA ligase  57.59 
 
 
335 aa  297  1e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.490403  normal  0.333291 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0962  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  61.57 
 
 
298 aa  297  2e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.294785  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2315  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  61.18 
 
 
298 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1703  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  61.18 
 
 
298 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2338  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  61.18 
 
 
298 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0246272 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2234  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  57.82 
 
 
294 aa  295  6e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1251  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  57.2 
 
 
296 aa  295  7e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.540986  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2081  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  55.71 
 
 
294 aa  291  6e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178855  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5657  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  59.84 
 
 
297 aa  286  3e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2581  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  54.61 
 
 
310 aa  284  1e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0900  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  55.4 
 
 
301 aa  283  3e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2014  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  55.11 
 
 
311 aa  281  1e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1915  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  60.98 
 
 
297 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00194048  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1353  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  60.98 
 
 
297 aa  280  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1203  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  60.98 
 
 
297 aa  280  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.603954  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0827  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  60.98 
 
 
297 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1195  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  60.98 
 
 
297 aa  280  2e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0519068  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1041  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  60.98 
 
 
297 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.512398  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0324  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  60.98 
 
 
297 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2354  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  57.82 
 
 
297 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0532352  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2408  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  54.74 
 
 
314 aa  278  9e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0982  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  60.57 
 
 
297 aa  278  9e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2210  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  55.31 
 
 
315 aa  271  8e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.895513  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0605  glutamate--tRNA ligase  51.57 
 
 
316 aa  266  4e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1031  glutamate--tRNA ligase  55.93 
 
 
283 aa  253  3e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3061  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  52.56 
 
 
291 aa  252  4e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.293014  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1882  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  53.36 
 
 
295 aa  248  1e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4720  glutamate--tRNA ligase  50.34 
 
 
292 aa  245  7e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.943988  normal  0.90531 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3769  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  53.77 
 
 
301 aa  243  4e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0219396 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2709  glutamyl-tRNA synthetase  56.45 
 
 
301 aa  238  1e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.63084  normal  0.578011 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00405  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  53.68 
 
 
299 aa  236  3e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1109  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  53.2 
 
 
299 aa  234  9e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2698  glutamyl- and glutaminyl- tRNA synthetase  50 
 
 
311 aa  234  2e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.86478e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1329  tRNA synthetase class I domain-containing protein  51.78 
 
 
314 aa  233  3e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2749  Glutamate--tRNA ligase  52.83 
 
 
306 aa  232  7e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.242915  normal  0.441865 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0797  glutamate--tRNA ligase  46.18 
 
 
303 aa  231  1e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  3.76322e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1780  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  49.41 
 
 
314 aa  223  2e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.234416 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3639  Glutamate--tRNA ligase  53.77 
 
 
318 aa  223  3e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.917927  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2226  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  46.72 
 
 
311 aa  222  5e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  1.78146e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4558  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  49.2 
 
 
300 aa  220  2e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  5.48174e-06 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4694  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  46.05 
 
 
300 aa  220  2e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  hitchhiker  0.000909372 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3586  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  48.65 
 
 
294 aa  220  2e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5440  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  46.53 
 
 
293 aa  219  4e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4692  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  46.39 
 
 
295 aa  219  4e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  6.87127e-06 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0922  glutamate--tRNA ligase  44.77 
 
 
300 aa  219  4e-56  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62510  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  47.14 
 
 
293 aa  219  6e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.632499  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42650  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  45.51 
 
 
298 aa  218  1e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.404894  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3339  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  46.82 
 
 
321 aa  217  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  6.26145e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3469  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  46.99 
 
 
394 aa  216  3e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  1.16518e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0155  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  44.83 
 
 
308 aa  216  5e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  3.30797e-07  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3115  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  46.99 
 
 
352 aa  214  1e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000632224  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1006  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  46.99 
 
 
384 aa  214  1e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  3.29322e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0740  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  48.4 
 
 
295 aa  213  2e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  6.57167e-09 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0779  glutamyl-tRNA synthetase domain-containing protein  45.27 
 
 
290 aa  214  2e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00289158  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1188  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  48.22 
 
 
310 aa  213  2e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0787184 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0148  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  45.05 
 
 
308 aa  213  3e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  1.29858e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0967  glutamyl-tRNA synthetase-related protein  45.45 
 
 
295 aa  213  3e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4805  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  48.24 
 
 
298 aa  213  3e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0167775  hitchhiker  0.00700115 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3458  Glutamate--tRNA ligase  45.05 
 
 
308 aa  212  6e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  2.33336e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0147  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  45.05 
 
 
308 aa  212  6e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.35998e-15  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00143  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  44.71 
 
 
308 aa  211  9e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  9.65107e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00142  hypothetical protein  44.71 
 
 
308 aa  211  9e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  7.3692e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3515  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  44.71 
 
 
308 aa  211  9e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000809743  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0153  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  44.71 
 
 
308 aa  211  9e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  2.16792e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0848  glutamate--tRNA ligase  44.18 
 
 
304 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  1.66391e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0684  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  44.52 
 
 
296 aa  211  2e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000131697  normal  0.627164 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0135  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  44.86 
 
 
308 aa  210  2e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  9.52983e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0834  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  44.04 
 
 
295 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00133315 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1163  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  46.24 
 
 
322 aa  210  3e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0216761  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0676  glutamate--tRNA ligase  48.44 
 
 
310 aa  209  4e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0947  Glutamate--tRNA ligase  47.83 
 
 
313 aa  209  6e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.507725  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3373  glutamate--tRNA ligase  45.14 
 
 
298 aa  209  6e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0303473 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0871  Glutamate--tRNA ligase  43.69 
 
 
304 aa  208  9e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  3.93825e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3491  glutamate--tRNA ligase  43.15 
 
 
304 aa  208  1e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  5.45607e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3073  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  47.04 
 
 
310 aa  207  2e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0873  glutamyl-tRNA synthetase domain-containing protein  42.81 
 
 
299 aa  206  3e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0583  glutamate--tRNA ligase  42.7 
 
 
308 aa  206  3e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0883  glutamate--tRNA ligase  43.34 
 
 
304 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  3.49981e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0201  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  43.99 
 
 
313 aa  203  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000353889  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0851  Glutamate--tRNA ligase  48.24 
 
 
313 aa  204  2e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.31695  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0202  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  44.67 
 
 
313 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0366994  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1031  Glutamate--tRNA ligase  45.59 
 
 
302 aa  203  3e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.011538  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0213  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  43.99 
 
 
313 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0227861  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0729  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  42.66 
 
 
299 aa  203  3e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  2.94668e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3129  glutamate--tRNA ligase  40.74 
 
 
299 aa  203  3e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  9.21619e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3405  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  42.66 
 
 
299 aa  203  4e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  3.37292e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3293  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  42.66 
 
 
299 aa  202  4e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.89418e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0217  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  43.99 
 
 
313 aa  202  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.127053  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0219  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  43.99 
 
 
313 aa  202  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  4.98005e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3986  glutamate--tRNA ligase  46.07 
 
 
303 aa  201  1e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000239485  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>