15 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0012 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0012  ABC-type transport system ipermease component  100 
 
 		 249 aa  485  1e-136  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000582511 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1789  ABC-type transport system ipermease component  57.66 
 
 		 267 aa  265  4e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.047158 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2917  ABC-type transport system ipermease component  58.37 
 
 		 267 aa  264  1e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68083  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2592  ABC-type transport system ipermease component  55.2 
 
 		 269 aa  259  3e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.338315  normal  0.186973 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1216  protein of unknown function DUF140  55.2 
 
 		 269 aa  259  3e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0554  ABC-type transport system ipermease component  57.43 
 
 		 287 aa  259  4e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.423145 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1817  ABC-type transport system ipermease component  55.87 
 
 		 266 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.677101  normal  0.663369 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2659  ABC-type transport system ipermease component  61.29 
 
 		 267 aa  249  2e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0263164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1224  ABC-type transport system ipermease component  51.85 
 
 		 266 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0980  ABC-type transport system ipermease component  34.2 
 
 		 264 aa  102  7e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0674411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0012  hypothetical protein  23.88 
 
 		 312 aa  45.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.261504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3703  hypothetical protein  27.64 
 
 		 264 aa  43.9  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0760  protein of unknown function DUF140  28.05 
 
 		 266 aa  43.5  0.003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1886  protein of unknown function DUF140  25.42 
 
 		 328 aa  42.4  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0092  MTA/SAH nucleosidase  28.32 
 
 		 368 aa  42  0.01  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0905172  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>