41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0051 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0051  putative C4-dicarboxylate transporter  100 
 
 
457 aa  890  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.211631  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1207  putative cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD  35.56 
 
 
458 aa  233  7e-60  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0479  putative cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD  30.24 
 
 
455 aa  210  5e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00235153  normal  0.454228 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03087  predicted transporter  30.24 
 
 
455 aa  210  5e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0562634  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0479  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, DcuC family  30.24 
 
 
455 aa  210  5e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  7.47268e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03038  hypothetical protein  30.24 
 
 
455 aa  210  5e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0593549  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3522  putative cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD  30.02 
 
 
455 aa  208  2e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00146557  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1114  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  31.17 
 
 
453 aa  207  3e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0607  C4-dicarboxylate transporter DcuC  33.77 
 
 
459 aa  206  6e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1391  cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD, authentic frameshift  30.64 
 
 
479 aa  206  9e-52  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  9.02807e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06095  C4-dicarboxylate transporter DcuC  34.36 
 
 
455 aa  205  1e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000293  anaerobic C4-dicarboxylate transporter DcuC  34.36 
 
 
455 aa  204  4e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.296544  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0857  C4-dicarboxylate transporter DcuC  32.72 
 
 
455 aa  197  4e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.510054  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1194  anaerobic C4-dicarboxylate transporter DcuC  31.6 
 
 
454 aa  193  6e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3709  putative cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD  29.71 
 
 
440 aa  192  8e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000109992  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0278  anaerobic C4-dicarboxylate transporter, putative  31.34 
 
 
479 aa  186  6e-46  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1152  C4-dicarboxylate transporter DcuC  31.99 
 
 
457 aa  174  3e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.822234 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1292  C4-dicarboxylate transporter DcuC  32.81 
 
 
450 aa  164  4e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3039  C4-dicarboxylate transporter DcuC  33.33 
 
 
450 aa  163  7e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0786  C4-dicarboxylate transporter DcuC  31.44 
 
 
476 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.026448  normal  0.816494 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0742  C4-dicarboxylate transporter DcuC  31.44 
 
 
476 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.178111  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0682  C4-dicarboxylate transporter DcuC  31.44 
 
 
476 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0668  C4-dicarboxylate transporter DcuC  31.44 
 
 
461 aa  161  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0313164  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0728  C4-dicarboxylate transporter DcuC  31.21 
 
 
476 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1579  C4-dicarboxylate transporter DcuC  31.59 
 
 
452 aa  158  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.704309  normal  0.946993 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0640  C4-dicarboxylate transporter DcuC  31.69 
 
 
461 aa  154  3e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.907894  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3023  C4-dicarboxylate transporter DcuC  31.69 
 
 
461 aa  154  3e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.780031  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0709  C4-dicarboxylate transporter DcuC  31.69 
 
 
461 aa  154  4e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00726308  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00580  hypothetical protein  31.69 
 
 
461 aa  153  6e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00591  anaerobic C4-dicarboxylate transport  31.69 
 
 
461 aa  153  6e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0644  C4-dicarboxylate transporter DcuC  31.69 
 
 
461 aa  153  6e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0173361  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3004  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, DcuC family  31.69 
 
 
461 aa  153  6e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0536  C4-dicarboxylate transporter DcuC  31.46 
 
 
461 aa  152  1e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1816  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter  28.41 
 
 
451 aa  151  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  1.87232e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0673  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, DcuC family  26.65 
 
 
447 aa  134  3e-30  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1820  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter  27.47 
 
 
471 aa  132  1e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1244  C4-dicarboxylate ABC transporter permease  26.03 
 
 
430 aa  75.1  2e-12  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2073  orotate phosphoribosyltransferase (oprt) (oprtase)  25.49 
 
 
435 aa  73.9  5e-12  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1378  putative C4-dicarboxylate transporter  25 
 
 
430 aa  59.3  2e-07  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0747  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, DcuC family  22.48 
 
 
422 aa  58.9  2e-07  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2204  Na+/H+ antiporter family protein  20.83 
 
 
433 aa  45.1  0.003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  1.24721e-07  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>