41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E0536 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_1579  C4-dicarboxylate transporter DcuC  82.59 
 
 		 452 aa  664    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.704309  normal  0.946993 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0668  C4-dicarboxylate transporter DcuC  92.59 
 
 		 461 aa  753    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0313164  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0786  C4-dicarboxylate transporter DcuC  92.61 
 
 		 476 aa  755    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.026448  normal  0.816494 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0742  C4-dicarboxylate transporter DcuC  92.61 
 
 		 476 aa  755    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.178111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0682  C4-dicarboxylate transporter DcuC  92.61 
 
 		 476 aa  755    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0536  C4-dicarboxylate transporter DcuC  100 
 
 		 461 aa  908    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0640  C4-dicarboxylate transporter DcuC  99.35 
 
 		 461 aa  904    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.907894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3023  C4-dicarboxylate transporter DcuC  99.35 
 
 		 461 aa  901    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.780031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0728  C4-dicarboxylate transporter DcuC  92.39 
 
 		 476 aa  753    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0709  C4-dicarboxylate transporter DcuC  99.35 
 
 		 461 aa  903    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00726308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0644  C4-dicarboxylate transporter DcuC  99.57 
 
 		 461 aa  904    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0173361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00580  hypothetical protein  99.57 
 
 		 461 aa  904    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1152  C4-dicarboxylate transporter DcuC  92.11 
 
 		 457 aa  774    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.822234 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1292  C4-dicarboxylate transporter DcuC  81.47 
 
 		 450 aa  674    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3039  C4-dicarboxylate transporter DcuC  81.03 
 
 		 450 aa  675    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3004  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, DcuC family  99.57 
 
 		 461 aa  904    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00591  anaerobic C4-dicarboxylate transport  99.57 
 
 		 461 aa  904    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06095  C4-dicarboxylate transporter DcuC  61.67 
 
 		 455 aa  541  1e-153  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000293  anaerobic C4-dicarboxylate transporter DcuC  61.67 
 
 		 455 aa  541  1e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.296544  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0857  C4-dicarboxylate transporter DcuC  61.42 
 
 		 455 aa  537  1e-151  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.510054  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0607  C4-dicarboxylate transporter DcuC  61.86 
 
 		 459 aa  525  1e-148  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1114  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.69 
 
 		 453 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1194  anaerobic C4-dicarboxylate transporter DcuC  46.62 
 
 		 454 aa  332  7.000000000000001e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3522  putative cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD  36.02 
 
 		 455 aa  286  8e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00146557  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03087  predicted transporter  35.79 
 
 		 455 aa  283  6.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0562634  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03038  hypothetical protein  35.79 
 
 		 455 aa  283  6.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0593549  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0479  putative cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD  35.79 
 
 		 455 aa  283  6.000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00235153  normal  0.454228 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0479  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, DcuC family  35.79 
 
 		 455 aa  283  6.000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000747268  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3709  putative cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD  33.78 
 
 		 440 aa  257  2e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000109992  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1816  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter  37.73 
 
 		 451 aa  240  5e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000187232  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1207  putative cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD  32.14 
 
 		 458 aa  224  2e-57  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1391  cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD, authentic frameshift  29.57 
 
 		 479 aa  207  2e-52  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00000000902807  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1820  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter  34.15 
 
 		 471 aa  204  3e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0278  anaerobic C4-dicarboxylate transporter, putative  30.57 
 
 		 479 aa  200  3.9999999999999996e-50  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0673  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, DcuC family  31.86 
 
 		 447 aa  192  1e-47  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0051  putative C4-dicarboxylate transporter  31.15 
 
 		 457 aa  177  4e-43  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.211631  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2073  orotate phosphoribosyltransferase (oprt) (oprtase)  23.44 
 
 		 435 aa  86.3  0.000000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1244  C4-dicarboxylate ABC transporter permease  27.45 
 
 		 430 aa  85.9  0.000000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1378  putative C4-dicarboxylate transporter  24.87 
 
 		 430 aa  84  0.000000000000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0747  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, DcuC family  27.58 
 
 		 422 aa  81.3  0.00000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1523  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  26.57 
 
 		 429 aa  47  0.0008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.112561  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>