41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0607 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_000293  anaerobic C4-dicarboxylate transporter DcuC  85.49 
 
 		 455 aa  786    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.296544  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0607  C4-dicarboxylate transporter DcuC  100 
 
 		 459 aa  904    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06095  C4-dicarboxylate transporter DcuC  86.59 
 
 		 455 aa  793    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0857  C4-dicarboxylate transporter DcuC  85.46 
 
 		 455 aa  797    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.510054  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1152  C4-dicarboxylate transporter DcuC  61.89 
 
 		 457 aa  485  1e-136  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.822234 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1292  C4-dicarboxylate transporter DcuC  60.4 
 
 		 450 aa  481  1e-134  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3039  C4-dicarboxylate transporter DcuC  59.96 
 
 		 450 aa  475  1e-133  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1579  C4-dicarboxylate transporter DcuC  61.23 
 
 		 452 aa  469  1.0000000000000001e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.704309  normal  0.946993 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0742  C4-dicarboxylate transporter DcuC  61.93 
 
 		 476 aa  467  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.178111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0682  C4-dicarboxylate transporter DcuC  61.93 
 
 		 476 aa  467  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0786  C4-dicarboxylate transporter DcuC  61.93 
 
 		 476 aa  468  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.026448  normal  0.816494 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0668  C4-dicarboxylate transporter DcuC  61.93 
 
 		 461 aa  467  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0313164  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0728  C4-dicarboxylate transporter DcuC  61.7 
 
 		 476 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0644  C4-dicarboxylate transporter DcuC  62.39 
 
 		 461 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0173361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0640  C4-dicarboxylate transporter DcuC  62.61 
 
 		 461 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.907894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3023  C4-dicarboxylate transporter DcuC  62.39 
 
 		 461 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.780031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0709  C4-dicarboxylate transporter DcuC  62.39 
 
 		 461 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00726308  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00580  hypothetical protein  62.39 
 
 		 461 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3004  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, DcuC family  62.39 
 
 		 461 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00591  anaerobic C4-dicarboxylate transport  62.39 
 
 		 461 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0536  C4-dicarboxylate transporter DcuC  62.16 
 
 		 461 aa  438  1e-121  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1194  anaerobic C4-dicarboxylate transporter DcuC  45.9 
 
 		 454 aa  325  9e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1114  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  41.46 
 
 		 453 aa  322  9.999999999999999e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03087  predicted transporter  37.67 
 
 		 455 aa  302  7.000000000000001e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0562634  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03038  hypothetical protein  37.67 
 
 		 455 aa  302  7.000000000000001e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0593549  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0479  putative cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD  37.67 
 
 		 455 aa  302  7.000000000000001e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00235153  normal  0.454228 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0479  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, DcuC family  37.67 
 
 		 455 aa  302  7.000000000000001e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000747268  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3522  putative cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD  37.44 
 
 		 455 aa  300  4e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00146557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3709  putative cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD  35.9 
 
 		 440 aa  276  4e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000109992  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1816  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter  38.36 
 
 		 451 aa  224  3e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000187232  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1207  putative cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD  32.41 
 
 		 458 aa  218  2e-55  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1391  cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD, authentic frameshift  31.19 
 
 		 479 aa  214  1.9999999999999998e-54  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00000000902807  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1820  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter  35.08 
 
 		 471 aa  209  8e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0278  anaerobic C4-dicarboxylate transporter, putative  30.23 
 
 		 479 aa  204  4e-51  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0051  putative C4-dicarboxylate transporter  33.77 
 
 		 457 aa  199  1.0000000000000001e-49  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.211631  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0673  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, DcuC family  30.63 
 
 		 447 aa  180  4.999999999999999e-44  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2073  orotate phosphoribosyltransferase (oprt) (oprtase)  25.11 
 
 		 435 aa  102  1e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1244  C4-dicarboxylate ABC transporter permease  25.69 
 
 		 430 aa  93.2  9e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0747  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, DcuC family  26.3 
 
 		 422 aa  77.4  0.0000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1378  putative C4-dicarboxylate transporter  25.97 
 
 		 430 aa  72.8  0.00000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2039  transport protein  24.79 
 
 		 455 aa  44.7  0.004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>