45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1292 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011149  SeAg_B0668  C4-dicarboxylate transporter DcuC  82.49 
 
 		 461 aa  667    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0313164  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1579  C4-dicarboxylate transporter DcuC  84.86 
 
 		 452 aa  687    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.704309  normal  0.946993 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3039  C4-dicarboxylate transporter DcuC  97.78 
 
 		 450 aa  796    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1292  C4-dicarboxylate transporter DcuC  100 
 
 		 450 aa  883    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0728  C4-dicarboxylate transporter DcuC  82.26 
 
 		 476 aa  666    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0786  C4-dicarboxylate transporter DcuC  82.49 
 
 		 476 aa  668    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.026448  normal  0.816494 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0742  C4-dicarboxylate transporter DcuC  82.49 
 
 		 476 aa  668    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.178111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0682  C4-dicarboxylate transporter DcuC  82.49 
 
 		 476 aa  668    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1152  C4-dicarboxylate transporter DcuC  82.18 
 
 		 457 aa  686    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.822234 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0709  C4-dicarboxylate transporter DcuC  82.49 
 
 		 461 aa  633  1e-180  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00726308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0644  C4-dicarboxylate transporter DcuC  82.72 
 
 		 461 aa  634  1e-180  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0173361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00580  hypothetical protein  82.72 
 
 		 461 aa  634  1e-180  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3004  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, DcuC family  82.72 
 
 		 461 aa  634  1e-180  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0640  C4-dicarboxylate transporter DcuC  82.72 
 
 		 461 aa  634  1e-180  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.907894  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00591  anaerobic C4-dicarboxylate transport  82.72 
 
 		 461 aa  634  1e-180  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0536  C4-dicarboxylate transporter DcuC  82.26 
 
 		 461 aa  629  1e-179  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3023  C4-dicarboxylate transporter DcuC  82.49 
 
 		 461 aa  629  1e-179  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.780031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06095  C4-dicarboxylate transporter DcuC  63.05 
 
 		 455 aa  551  1e-156  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000293  anaerobic C4-dicarboxylate transporter DcuC  63.27 
 
 		 455 aa  553  1e-156  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.296544  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0857  C4-dicarboxylate transporter DcuC  61.06 
 
 		 455 aa  544  1e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.510054  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0607  C4-dicarboxylate transporter DcuC  60.4 
 
 		 459 aa  526  1e-148  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1114  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.12 
 
 		 453 aa  349  7e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1194  anaerobic C4-dicarboxylate transporter DcuC  46.15 
 
 		 454 aa  328  9e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03038  hypothetical protein  36.44 
 
 		 455 aa  293  4e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0593549  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03087  predicted transporter  36.44 
 
 		 455 aa  293  4e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0562634  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0479  putative cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD  36.44 
 
 		 455 aa  293  4e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00235153  normal  0.454228 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0479  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, DcuC family  36.44 
 
 		 455 aa  293  4e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000747268  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3522  putative cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD  36.44 
 
 		 455 aa  292  6e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00146557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3709  putative cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD  34.89 
 
 		 440 aa  269  7e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000109992  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1816  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter  36.91 
 
 		 451 aa  231  3e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000187232  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1207  putative cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD  32.27 
 
 		 458 aa  218  1e-55  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1391  cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD, authentic frameshift  31.1 
 
 		 479 aa  213  5.999999999999999e-54  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00000000902807  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1820  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter  33.94 
 
 		 471 aa  206  6e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0278  anaerobic C4-dicarboxylate transporter, putative  30.86 
 
 		 479 aa  196  7e-49  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0673  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, DcuC family  30.87 
 
 		 447 aa  186  8e-46  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0051  putative C4-dicarboxylate transporter  33.74 
 
 		 457 aa  179  8e-44  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.211631  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2073  orotate phosphoribosyltransferase (oprt) (oprtase)  25.25 
 
 		 435 aa  94  4e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1378  putative C4-dicarboxylate transporter  25.45 
 
 		 430 aa  90.9  4e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1244  C4-dicarboxylate ABC transporter permease  25.4 
 
 		 430 aa  84.7  0.000000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0747  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, DcuC family  25.94 
 
 		 422 aa  78.6  0.0000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0340  Na+/H+ antiporter NhaC  25.33 
 
 		 467 aa  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.307313  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0605  Na+/H+ antiporter NhaC  25 
 
 		 466 aa  45.8  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0697  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  25.23 
 
 		 474 aa  44.3  0.005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0772  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  25.23 
 
 		 474 aa  43.9  0.006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2580  Na+/H+ antiporter family protein  25 
 
 		 473 aa  43.1  0.01  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.263044  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>