40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_1378 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012039  Cla_1378  putative C4-dicarboxylate transporter  100 
 
 		 430 aa  844    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2073  orotate phosphoribosyltransferase (oprt) (oprtase)  61.89 
 
 		 435 aa  521  1e-147  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1244  C4-dicarboxylate ABC transporter permease  54.93 
 
 		 430 aa  425  1e-118  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0747  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, DcuC family  43.85 
 
 		 422 aa  329  7e-89  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1114  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  25.4 
 
 		 453 aa  106  8e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1391  cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD, authentic frameshift  27.51 
 
 		 479 aa  102  1e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00000000902807  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1207  putative cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD  27.96 
 
 		 458 aa  102  1e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03087  predicted transporter  23.97 
 
 		 455 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0562634  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0479  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, DcuC family  23.97 
 
 		 455 aa  100  4e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000747268  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03038  hypothetical protein  23.97 
 
 		 455 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0593549  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0479  putative cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD  23.97 
 
 		 455 aa  100  4e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00235153  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3522  putative cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD  25.32 
 
 		 455 aa  99  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00146557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1816  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter  25.32 
 
 		 451 aa  97.4  4e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000187232  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000293  anaerobic C4-dicarboxylate transporter DcuC  26.16 
 
 		 455 aa  92  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.296544  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06095  C4-dicarboxylate transporter DcuC  26.16 
 
 		 455 aa  91.7  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0278  anaerobic C4-dicarboxylate transporter, putative  25.38 
 
 		 479 aa  91.3  3e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1820  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter  25.79 
 
 		 471 aa  90.5  5e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3039  C4-dicarboxylate transporter DcuC  25.61 
 
 		 450 aa  87  6e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1292  C4-dicarboxylate transporter DcuC  25.95 
 
 		 450 aa  84  0.000000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0673  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, DcuC family  24.89 
 
 		 447 aa  82  0.00000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0857  C4-dicarboxylate transporter DcuC  25.65 
 
 		 455 aa  82  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.510054  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0607  C4-dicarboxylate transporter DcuC  25.97 
 
 		 459 aa  79.7  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1579  C4-dicarboxylate transporter DcuC  26.3 
 
 		 452 aa  79  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.704309  normal  0.946993 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3709  putative cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD  24.03 
 
 		 440 aa  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000109992  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0051  putative C4-dicarboxylate transporter  25 
 
 		 457 aa  72.4  0.00000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.211631  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0668  C4-dicarboxylate transporter DcuC  25.46 
 
 		 461 aa  70.9  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0313164  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0742  C4-dicarboxylate transporter DcuC  25.46 
 
 		 476 aa  70.5  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.178111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0682  C4-dicarboxylate transporter DcuC  25.46 
 
 		 476 aa  70.5  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0786  C4-dicarboxylate transporter DcuC  25.46 
 
 		 476 aa  70.1  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.026448  normal  0.816494 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1152  C4-dicarboxylate transporter DcuC  24.73 
 
 		 457 aa  69.7  0.00000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.822234 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0728  C4-dicarboxylate transporter DcuC  25.2 
 
 		 476 aa  69.3  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0640  C4-dicarboxylate transporter DcuC  25 
 
 		 461 aa  67  0.0000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.907894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0709  C4-dicarboxylate transporter DcuC  25 
 
 		 461 aa  67  0.0000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00726308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0536  C4-dicarboxylate transporter DcuC  25 
 
 		 461 aa  67  0.0000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00591  anaerobic C4-dicarboxylate transport  25 
 
 		 461 aa  67  0.0000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00580  hypothetical protein  25 
 
 		 461 aa  67  0.0000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0644  C4-dicarboxylate transporter DcuC  25 
 
 		 461 aa  67  0.0000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0173361  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3004  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, DcuC family  25 
 
 		 461 aa  67  0.0000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3023  C4-dicarboxylate transporter DcuC  25 
 
 		 461 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.780031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1194  anaerobic C4-dicarboxylate transporter DcuC  24.28 
 
 		 454 aa  63.9  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>