31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1852 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_1852  biopolymer transport exbD protein  100 
 
 
136 aa  270  6e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.142679  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0439  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.51 
 
 
132 aa  65.9  2e-10  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.29268  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0453  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.54 
 
 
134 aa  63.5  1e-09  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00775346  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4166  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.8 
 
 
156 aa  57  8e-08  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4372  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.03 
 
 
156 aa  57  8e-08  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4238  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.8 
 
 
156 aa  57  9e-08  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1847  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.86 
 
 
130 aa  56.2  1e-07  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.730316  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.92 
 
 
141 aa  53.1  1e-06  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4088  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.4 
 
 
140 aa  50.4  7e-06  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.091049  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0185  ferric siderophore transport system,innermembrane protein E  33.88 
 
 
131 aa  50.4  9e-06  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.224438  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  68.75 
 
 
135 aa  49.3  2e-05  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140985 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  27.41 
 
 
154 aa  48.1  4e-05  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.77 
 
 
137 aa  47.4  7e-05  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.33 
 
 
140 aa  45.4  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.78 
 
 
145 aa  45.4  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  27.78 
 
 
145 aa  45.4  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.27 
 
 
140 aa  44.7  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.24 
 
 
140 aa  44.3  0.0006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.31 
 
 
137 aa  43.9  0.0007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.6 
 
 
141 aa  43.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0550  hypothetical protein  24.32 
 
 
177 aa  42.7  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.91 
 
 
132 aa  42.4  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2016  hypothetical protein  25.56 
 
 
175 aa  41.6  0.004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.1 
 
 
140 aa  41.6  0.004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.54 
 
 
138 aa  40.8  0.006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.67 
 
 
140 aa  40.4  0.007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  24.24 
 
 
134 aa  40.4  0.008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.24 
 
 
134 aa  40.4  0.008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0915  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.09 
 
 
140 aa  40.4  0.009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.574244  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0634  hypothetical protein  24.56 
 
 
177 aa  40.4  0.009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.56 
 
 
136 aa  40.4  0.009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>