20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2194 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_2194  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 393 aa  736    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0444  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  62.44 
 
 		 201 aa  206  5e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0734207  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0614  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.2 
 
 		 256 aa  102  1e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4672  sigma-70 region 2 domain-containing protein  42.14 
 
 		 203 aa  100  6e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1584  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.95 
 
 		 199 aa  97.4  3e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3591  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.26 
 
 		 945 aa  94.4  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5299  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.9 
 
 		 194 aa  81.3  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3039  sigma-70 region 2 domain-containing protein  38.1 
 
 		 198 aa  80.9  0.00000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.956019  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2967  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.15 
 
 		 245 aa  79  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0309554  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2377  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  35.26 
 
 		 180 aa  76.3  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0764696 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.36 
 
 		 182 aa  75.9  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000122057  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3265  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.9 
 
 		 187 aa  73.9  0.000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.145946  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5320  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.33 
 
 		 194 aa  68.9  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7061  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.28 
 
 		 190 aa  65.1  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1410  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.28 
 
 		 192 aa  65.1  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.15 
 
 		 219 aa  64.7  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2406  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.32 
 
 		 194 aa  59.3  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.822053  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1223  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.9 
 
 		 196 aa  53.5  0.000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0782  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.99 
 
 		 219 aa  45.4  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3293  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.51 
 
 		 246 aa  44.7  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>