65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2104 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2104  restart primosome assembly protein PriB  100 
 
 		 96 aa  188  2.9999999999999997e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.474757  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1327  single-strand binding protein/primosomal replication protein n  37.89 
 
 		 99 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.572179  normal  0.882233 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1978  restart primosome assembly protein PriB  36.17 
 
 		 99 aa  68.2  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.874334  normal  0.100205 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1950  primosomal replication protein N  41.94 
 
 		 98 aa  66.2  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.696945  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0912  putative primosomal replication protein N, PriB  32.63 
 
 		 99 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768377  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2180  primosomal replication protein n  36.36 
 
 		 99 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1894  primosomal replication protein n  35.23 
 
 		 99 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1896  primosomal replication protein N-like protein  35.23 
 
 		 99 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00667107  hitchhiker  0.0000000544917 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0003  primosomal replication protein n  35.23 
 
 		 99 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.19061  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2251  primosomal replication protein n  35.23 
 
 		 99 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.128853  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2415  primosomal replication protein n  35.23 
 
 		 99 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.409053  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1403  primosomal replication protein n  35.23 
 
 		 99 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.263355  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2290  primosomal replication protein n  35.23 
 
 		 99 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0526729  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1167  primosomal replication protein n  35.23 
 
 		 99 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.246726  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5173  primosomal replication protein N-like  35.23 
 
 		 99 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6206  primosomal replication protein N-like  35.23 
 
 		 99 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.622394  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1873  primosomal replication protein N-like protein  35.23 
 
 		 99 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2455  putative primosomal replication protein N, PriB  34.09 
 
 		 99 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0486378  normal  0.104416 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1810  primosomal replication protein N-like protein  35.23 
 
 		 99 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.179262  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1787  putative primosomal replication protein N, PriB  34.09 
 
 		 99 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.729051  normal  0.111545 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1782  primosomal replication protein N-like protein  35.23 
 
 		 99 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2005  restart primosome assembly protein PriB  38.2 
 
 		 99 aa  60.5  0.000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.57989  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3668  primosomal replication protein N  38.3 
 
 		 104 aa  57.8  0.00000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0691309  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1217  primosomal replication protein N  40.51 
 
 		 94 aa  57.4  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.399216 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1401  primosomal replication protein N-like protein  34.09 
 
 		 99 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.816346  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1244  hypothetical protein  37.08 
 
 		 108 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0190139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1183  hypothetical protein  37.08 
 
 		 108 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00555976  normal  0.213986 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0583  restart primosome assembly protein PriB  37.5 
 
 		 113 aa  54.7  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.468421  hitchhiker  0.00000000000001016 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3036  putative primosomal replication protein  33.33 
 
 		 99 aa  53.5  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000300771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3215  putative primosomal replication protein  34.67 
 
 		 96 aa  51.6  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2568  putative primosomal replication protein  34.67 
 
 		 96 aa  51.6  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2829  primosomal replication protein N  34.18 
 
 		 102 aa  50.8  0.000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2394  putative primosomal replication protein  32.14 
 
 		 105 aa  49.7  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1308  hypothetical protein  35.96 
 
 		 108 aa  49.7  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5228  putative primosomal replication protein  36 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3638  primosomal replication protein N  31.63 
 
 		 105 aa  50.1  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3591  primosomal replication protein N  35.44 
 
 		 106 aa  48.9  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.338412  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2194  putative primosomal replication protein  36 
 
 		 99 aa  49.7  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0257375  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0982  single-strand binding protein/primosomal replication protein n  33.33 
 
 		 96 aa  48.5  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.61218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2461  single-strand binding protein/primosomal replication protein n  31.65 
 
 		 130 aa  48.1  0.00004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174518 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3434  primosomal replication protein N  34.18 
 
 		 106 aa  47.4  0.00006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0112782  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0795  primosomal replication protein N  30.61 
 
 		 106 aa  46.6  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00210867  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0447  primosomal replication protein N  40.74 
 
 		 105 aa  45.4  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00438662 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3420  single-strand binding protein/primosomal replication protein n  36.11 
 
 		 96 aa  44.3  0.0005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.171501 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2765  primosomal replication protein N  37.04 
 
 		 100 aa  43.5  0.0009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.941899  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4762  primosomal replication protein N  38.89 
 
 		 104 aa  43.5  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04068  primosomal replication protein N  38.89 
 
 		 104 aa  43.5  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04030  hypothetical protein  38.89 
 
 		 104 aa  43.5  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3792  single-strand binding protein/Primosomal replication protein n  38.89 
 
 		 104 aa  43.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00701576  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1819  putative primosomal replication protein  27.17 
 
 		 91 aa  43.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.177686  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4734  primosomal replication protein N  38.89 
 
 		 104 aa  43.5  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.207424  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3812  primosomal replication protein N  38.89 
 
 		 104 aa  43.5  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0549783 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0372  primosomal replication protein N  38.89 
 
 		 104 aa  43.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0387347  normal  0.0311517 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4445  primosomal replication protein N  38.89 
 
 		 104 aa  43.5  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4752  primosomal replication protein N  38.89 
 
 		 104 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.289181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4810  primosomal replication protein N  38.89 
 
 		 104 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0747628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4660  primosomal replication protein N  38.89 
 
 		 104 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.514563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4670  primosomal replication protein N  38.89 
 
 		 104 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0146499  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4788  primosomal replication protein N  38.89 
 
 		 104 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0989089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1229  putative primosomal replication protein  28.42 
 
 		 98 aa  42.7  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0250419 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0775  primosomal replication protein N  29.49 
 
 		 106 aa  42.4  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000117168  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0421  putative primosomal replication protein N, PriB  20.21 
 
 		 97 aa  42  0.003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494605  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1527  restart primosome assembly protein PriB  28.4 
 
 		 84 aa  41.6  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.026156  normal  0.128663 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0573  primosomal replication protein N  28.95 
 
 		 117 aa  40.8  0.006  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.380411  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0416  primosomal replication protein N  30.77 
 
 		 104 aa  40.8  0.007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0656187  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>