18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2182 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2182  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 264 aa  546  1e-154  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.293373  normal  0.188357 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4501  helix-turn-helix domain protein  62.75 
 
 		 261 aa  346  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0769508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0390  hypothetical protein  39.27 
 
 		 266 aa  152  5e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0788  transcriptional regulator  34.2 
 
 		 270 aa  143  4e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0540  Cro/CI family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 269 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.781184  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0552  Cro/CI family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 269 aa  128  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.213682 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0531  Cro/CI family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 269 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.532711  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0497  Cro/CI family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 269 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2650  transcriptional regulator  31.84 
 
 		 271 aa  124  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00061055  normal  0.037615 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2990  hypothetical protein  34.05 
 
 		 272 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0134  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 272 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35470  hypothetical protein  32.9 
 
 		 272 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.030822  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6303  hypothetical protein  26.92 
 
 		 322 aa  92.4  7e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.519477 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1526  hypothetical protein  26.92 
 
 		 322 aa  92.4  7e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.818031  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6961  XRE family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 275 aa  90.1  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.512084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1093  XRE family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 280 aa  81.6  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0872  XRE family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 266 aa  58.2  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.336664 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1223  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  30.88 
 
 		 197 aa  43.5  0.003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.995499 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>