22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2042 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2042  cytochrome c oxidase subunit  100 
 
 		 55 aa  113  6.9999999999999995e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0208839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2039  cytochrome C oxidase subunit  79.25 
 
 		 54 aa  86.3  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0319707  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0455  hypothetical protein  69.05 
 
 		 61 aa  67.4  0.00000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1361  hypothetical protein  66.67 
 
 		 55 aa  63.5  0.0000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.281945 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1278  putative signal peptide protein  62.22 
 
 		 60 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.687203 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1199  putative signal peptide protein  62.22 
 
 		 60 aa  61.2  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.329097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1106  conserved hypothetical signal peptide protein  62.22 
 
 		 60 aa  61.2  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0675956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02056  cytochrome c oxidase, subunit CcoQ  42.31 
 
 		 53 aa  46.6  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00535448  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1786  Cbb3-type cytochrome oxidase component  41.67 
 
 		 61 aa  46.6  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.569607  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003469  cytochrome c oxidase subunit CcoQ  48.98 
 
 		 57 aa  44.7  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.274679  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44390  putative cytochrome c oxidase subunit  47.37 
 
 		 64 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3779  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoQ  47.37 
 
 		 61 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1987  Cbb3-type cytochrome oxidase component  38 
 
 		 55 aa  43.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00177371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1051  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  38.89 
 
 		 54 aa  43.5  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.203141  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0715  Cbb3-type cytochrome oxidase component  34.62 
 
 		 58 aa  43.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000461704  normal  0.185395 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1525  Cbb3-type cytochrome oxidase component  41.18 
 
 		 59 aa  42.7  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.558646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4303  Cbb3-type cytochrome oxidase component  50 
 
 		 45 aa  42.4  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0280822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3775  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoQ  42.11 
 
 		 61 aa  42  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2606  Cbb3-type cytochrome oxidase component  35.19 
 
 		 64 aa  41.6  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000308016  normal  0.790893 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0641  cytochrome c oxidase, subunit CcoQ  37.21 
 
 		 54 aa  40.8  0.006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000266851  normal  0.653768 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1793  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  41.67 
 
 		 57 aa  40.8  0.007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0445991  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2420  hypothetical protein  34.69 
 
 		 75 aa  40.8  0.007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.437372  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>