21 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1062 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1062  hypothetical protein  100 
 
 		 130 aa  261  3e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.948035  normal  0.248925 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0927  putative transmembrane protein  71.54 
 
 		 122 aa  182  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.57023  normal  0.136228 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0992  hypothetical protein  69.92 
 
 		 122 aa  163  8e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0225533  normal  0.0698577 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2253  transmembrane protein  52.21 
 
 		 129 aa  127  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2419  hypothetical protein  44.64 
 
 		 130 aa  108  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.442896  normal  0.26857 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3636  putative transmembrane protein  42.73 
 
 		 113 aa  81.6  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0384359  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1401  putative transmembrane protein  37.6 
 
 		 122 aa  76.6  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.766656  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0649  hypothetical protein  36.7 
 
 		 129 aa  75.9  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0324025  normal  0.241466 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0599  hypothetical protein  38.46 
 
 		 123 aa  73.9  0.0000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000903433 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5262  putative transmembrane protein  40.78 
 
 		 120 aa  72.8  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.307467  normal  0.795438 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3239  putative transmembrane protein  37.5 
 
 		 118 aa  71.2  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.531773  normal  0.0295359 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1742  putative transmembrane protein  38.39 
 
 		 116 aa  65.9  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0167409  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2621  putative transmembrane protein  37.5 
 
 		 125 aa  65.9  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1195  putative transmembrane protein  39.25 
 
 		 133 aa  65.5  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.433545  decreased coverage  0.00478766 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3268  putative transmembrane protein  38.18 
 
 		 125 aa  65.9  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.499549  normal  0.0361072 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3062  putative transmembrane protein  38.39 
 
 		 113 aa  65.1  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.283564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1006  putative transmembrane protein  26.96 
 
 		 121 aa  56.6  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0490941 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2313  hypothetical protein  29.46 
 
 		 120 aa  56.6  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.303792  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0862  putative transmembrane protein  26.96 
 
 		 121 aa  56.6  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0133398 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2028  transmembrane protein  32.46 
 
 		 116 aa  53.5  0.0000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.269363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2087  transmembrane protein  25.89 
 
 		 131 aa  48.9  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>