38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS01730 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS01730  putative signal peptide protein  100 
 
 		 457 aa  939    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1559  phosphate-selective porin O and P  89.08 
 
 		 458 aa  798    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.186929 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1888  phosphate-selective porin O and P  89.08 
 
 		 458 aa  798    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00748844  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0589  phosphate-selective porin O and P  31.33 
 
 		 391 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000499281  unclonable  0.0000111386 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4035  phosphate-selective porin O and P  30.95 
 
 		 391 aa  177  3e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0638  phosphate-selective porin O and P  29.53 
 
 		 393 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000222961  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0706  putative signal peptide protein  30.8 
 
 		 407 aa  173  5.999999999999999e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.278446  normal  0.126589 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1315  putative signal peptide protein  31.67 
 
 		 372 aa  172  1e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000348515  n/a   
 
 
 
NC_009092  Shew_3120  phosphate-selective porin O and P  29 
 
 		 390 aa  171  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000046634  unclonable  0.00000572585 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3788  phosphate-selective porin O and P  28.98 
 
 		 395 aa  171  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000264942  decreased coverage  0.00000068158 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3889  phosphate-selective porin O and P  29.31 
 
 		 395 aa  169  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000019269  decreased coverage  0.000370882 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2973  hypothetical protein  30.53 
 
 		 490 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000455039  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2014  phosphate-selective porin O and P  30.17 
 
 		 393 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.637056  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1567  hypothetical protein  34.93 
 
 		 447 aa  161  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0712  phosphate-selective porin O and P  27.53 
 
 		 392 aa  160  3e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000988796  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2296  hypothetical protein  34.08 
 
 		 448 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.744575  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2384  hypothetical protein  34.08 
 
 		 450 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.537039  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4602  hypothetical protein  29.77 
 
 		 392 aa  159  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2437  hypothetical protein  26.58 
 
 		 398 aa  148  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000306411  normal  0.0118778 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1905  hypothetical protein  30.39 
 
 		 505 aa  147  3e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2247  hypothetical protein  29.47 
 
 		 431 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.310158 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0905  hypothetical protein  27.67 
 
 		 451 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1184  hypothetical protein  26.38 
 
 		 410 aa  128  3e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2608  hypothetical protein  26.97 
 
 		 567 aa  98.6  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0447  hypothetical protein  25.65 
 
 		 413 aa  94  5e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0675  hypothetical protein  23.56 
 
 		 481 aa  92.8  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0234348 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0930  hypothetical protein  24.3 
 
 		 419 aa  90.5  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000108303  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0425  hypothetical protein  25.12 
 
 		 413 aa  89.4  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000166547  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0790  hypothetical protein  22.22 
 
 		 461 aa  84  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0670  hypothetical protein  21.71 
 
 		 469 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2944  hypothetical protein  23.35 
 
 		 420 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140156  hitchhiker  0.0032138 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0936  hypothetical protein  22.78 
 
 		 468 aa  80.1  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000104038  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0970  hypothetical protein  22.88 
 
 		 468 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000021772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0810  hypothetical protein  23.24 
 
 		 467 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.682214  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0721  hypothetical protein  20.9 
 
 		 491 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000460382  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3793  hypothetical protein  21.87 
 
 		 465 aa  70.1  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000178587  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0693  hypothetical protein  22.02 
 
 		 454 aa  67  0.0000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0153  hypothetical protein  24.39 
 
 		 446 aa  53.1  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>