39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3788 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_3788  phosphate-selective porin O and P  100 
 
 
395 aa  810    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000264942  decreased coverage  0.00000068158 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0712  phosphate-selective porin O and P  86.87 
 
 
392 aa  712    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000988796  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3889  phosphate-selective porin O and P  90.13 
 
 
395 aa  747    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000019269  decreased coverage  0.000370882 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3120  phosphate-selective porin O and P  81.22 
 
 
390 aa  671    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000046634  unclonable  0.00000572585 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2014  phosphate-selective porin O and P  81.68 
 
 
393 aa  650    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.637056  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0638  phosphate-selective porin O and P  76.96 
 
 
393 aa  632  1e-180  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000222961  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4035  phosphate-selective porin O and P  76.08 
 
 
391 aa  625  1e-178  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0589  phosphate-selective porin O and P  75.19 
 
 
391 aa  620  1e-176  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000499281  unclonable  0.0000111386 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4602  hypothetical protein  63.09 
 
 
392 aa  520  1e-146  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1315  putative signal peptide protein  52.5 
 
 
372 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000348515  n/a   
 
 
 
NC_007404  Tbd_0706  putative signal peptide protein  52.75 
 
 
407 aa  394  1e-108  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.278446  normal  0.126589 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2437  hypothetical protein  50.74 
 
 
398 aa  380  1e-104  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000306411  normal  0.0118778 
 
 
-
 
NC_003296  RS01730  putative signal peptide protein  30.1 
 
 
457 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2973  hypothetical protein  33.33 
 
 
490 aa  166  5e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000455039  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1905  hypothetical protein  32.11 
 
 
505 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1888  phosphate-selective porin O and P  31.07 
 
 
458 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00748844  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1559  phosphate-selective porin O and P  31.07 
 
 
458 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.186929 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1184  hypothetical protein  30.77 
 
 
410 aa  154  4e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0905  hypothetical protein  28.29 
 
 
451 aa  146  6e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2944  hypothetical protein  30.9 
 
 
420 aa  138  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140156  hitchhiker  0.0032138 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2247  hypothetical protein  32.95 
 
 
431 aa  129  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.310158 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0930  hypothetical protein  28.31 
 
 
419 aa  124  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000108303  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0425  hypothetical protein  26.81 
 
 
413 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000166547  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1567  hypothetical protein  29.81 
 
 
447 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2384  hypothetical protein  29.21 
 
 
450 aa  110  5e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.537039  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2296  hypothetical protein  29.21 
 
 
448 aa  110  6e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.744575  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0447  hypothetical protein  26.51 
 
 
413 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0693  hypothetical protein  26.36 
 
 
454 aa  90.5  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0790  hypothetical protein  25.38 
 
 
461 aa  87  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2608  hypothetical protein  25.54 
 
 
567 aa  85.1  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0810  hypothetical protein  24.89 
 
 
467 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.682214  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0936  hypothetical protein  24.41 
 
 
468 aa  82.8  0.000000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000104038  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0675  hypothetical protein  25.41 
 
 
481 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0234348 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3793  hypothetical protein  25.32 
 
 
465 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000178587  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0970  hypothetical protein  24.19 
 
 
468 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000021772  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0670  hypothetical protein  32.28 
 
 
469 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0721  hypothetical protein  26.49 
 
 
491 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000460382  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1834  hypothetical protein  26.25 
 
 
471 aa  50.4  0.00006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.563481  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3098  hypothetical protein  41.1 
 
 
304 aa  48.5  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.234071  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>