54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2452 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2452  SurA domain-containing protein  100 
 
 		 213 aa  421  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.276883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2286  SurA domain-containing protein  91.55 
 
 		 213 aa  391  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.266195  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3485  hypothetical protein  90.61 
 
 		 213 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.129605  normal  0.615031 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2461  hypothetical protein  81.22 
 
 		 213 aa  328  4e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.224867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1980  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  47.53 
 
 		 317 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3888  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  34.36 
 
 		 336 aa  76.6  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0815  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  30.2 
 
 		 339 aa  68.6  0.00000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000256558  decreased coverage  0.00000000715296 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0112  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  27.97 
 
 		 344 aa  65.5  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000942479  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3100  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  33.8 
 
 		 341 aa  60.5  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1512  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  21.08 
 
 		 355 aa  58.9  0.00000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00064667  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1416  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  28.42 
 
 		 352 aa  52.4  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.146032  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1078  hypothetical protein  25.34 
 
 		 340 aa  52.4  0.000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000182867  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0215  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  29.61 
 
 		 327 aa  52  0.000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.750083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1367  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  31.11 
 
 		 523 aa  52  0.000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2908  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  27.06 
 
 		 341 aa  51.6  0.000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000327787  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0157  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  27.86 
 
 		 317 aa  48.9  0.00005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.194598  hitchhiker  0.00636853 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3260  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  33.59 
 
 		 627 aa  48.5  0.00007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1052  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  34.35 
 
 		 626 aa  47.4  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0908  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  28.67 
 
 		 624 aa  47.4  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.44905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0595  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  28.3 
 
 		 297 aa  47  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.880292  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1087  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase D  29.69 
 
 		 618 aa  47  0.0002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0366769  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1079  hypothetical protein  22.3 
 
 		 460 aa  46.2  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.616698  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2872  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  34.68 
 
 		 626 aa  46.6  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3115  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  28.47 
 
 		 323 aa  45.8  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0989  SurA domain protein  29.31 
 
 		 305 aa  45.8  0.0005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.47061  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1508  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase D  30.89 
 
 		 619 aa  45.1  0.0007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000293924  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0882  hypothetical protein  27.93 
 
 		 436 aa  45.1  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0492  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  27.4 
 
 		 623 aa  44.3  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.182771  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2429  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain-containing protein  25.17 
 
 		 351 aa  44.7  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00328792  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0511  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  27.4 
 
 		 623 aa  44.3  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.362206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0555  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  27.4 
 
 		 623 aa  44.3  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2740  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  24.66 
 
 		 335 aa  44.7  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000934934  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2867  hypothetical protein  29.5 
 
 		 525 aa  44.3  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000295724  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1099  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  30.71 
 
 		 627 aa  44.7  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.228771  hitchhiker  0.00000489088 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0501  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  27.4 
 
 		 623 aa  44.3  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0861899 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2518  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  30.88 
 
 		 351 aa  43.9  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000631207  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2592  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  30.92 
 
 		 625 aa  43.5  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00114434  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00393  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  28.38 
 
 		 623 aa  43.5  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0484  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  28.38 
 
 		 623 aa  43.1  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00718349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22470  SurA-like protein  25.96 
 
 		 269 aa  43.5  0.003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0518  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  29.63 
 
 		 623 aa  43.1  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000386934  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3168  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  28.38 
 
 		 623 aa  43.1  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00695728  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0477  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  28.38 
 
 		 623 aa  43.1  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00264231  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00397  hypothetical protein  28.38 
 
 		 623 aa  43.5  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.955616  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0364  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  28.38 
 
 		 623 aa  43.5  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0524486  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0527  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  28.38 
 
 		 623 aa  43.5  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00679494  normal  0.63338 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3191  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  28.38 
 
 		 623 aa  43.1  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.102497  normal  0.0107866 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1701  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  30.15 
 
 		 355 aa  42.7  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000674315 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0108  basic membrane protein  23.3 
 
 		 336 aa  42.7  0.004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0823  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase D  26.4 
 
 		 618 aa  42.7  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0677153  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2605  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  26.09 
 
 		 326 aa  42.4  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11600  parvulin-like peptidyl-prolyl isomerase  26.67 
 
 		 404 aa  42.4  0.006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.129184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0659  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  23.3 
 
 		 324 aa  41.6  0.009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0494  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase D)  26.71 
 
 		 623 aa  41.6  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>