47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_R0029 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_R0029  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0027  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 73 bp  129  9.000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.970154  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t05  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0031  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0031  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.032059  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0033  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000528096  normal  0.244498 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0034  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000102634  normal  0.0121281 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t28  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0122448  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0014  tRNA-Arg  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0177881  hitchhiker  0.00685945 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0002  tRNA-Arg  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0022  tRNA-Arg  90 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0027696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0053  tRNA-Arg  90 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0009  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000649352 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0057  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000324557  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t09  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0116209  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6152  tRNA-Ile  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0718757  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60000  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0181661  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60090  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.270982  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60160  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000736838  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60340  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0530046  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5402  tRNA-Ile  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0831781  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4845  tRNA-Ile  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0555625  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0812  tRNA-Ile  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60380  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0553441  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60550  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000429447  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62080  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0500428 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t03  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t15  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.160114  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t42  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158841  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t63  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.07883  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA14  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0900551  normal  0.0100999 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA5  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0174877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA51  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000929539  normal  0.303665 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA73  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00020083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA82  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000191187  normal  0.0192687 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R13  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000158888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R2  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R42  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R59  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000380652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R80  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887019  hitchhiker  0.00768268 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R93  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000022565  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0048  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0016  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000000601684  hitchhiker  0.000695383 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08580  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000150356 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55635  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.269622 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70900  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.335626 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>