65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2941 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2941  hypothetical protein  100 
 
 		 87 aa  179  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0298735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18710  hypothetical protein  85.06 
 
 		 87 aa  155  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00826862  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1688  hypothetical protein  82.76 
 
 		 86 aa  153  6e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.117987  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3790  hypothetical protein  81.61 
 
 		 86 aa  152  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.523446  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24245  hypothetical protein  80.68 
 
 		 87 aa  147  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0220477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2053  hypothetical protein  80.68 
 
 		 87 aa  147  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0180454  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1547  hypothetical protein  79.31 
 
 		 86 aa  147  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.617788 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2015  hypothetical protein  78.16 
 
 		 86 aa  146  9e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3727  hypothetical protein  78.16 
 
 		 86 aa  146  9e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1575  hypothetical protein  78.16 
 
 		 86 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.190485 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2198  hypothetical protein  81.61 
 
 		 86 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1736  phosphoesterase, PA-phosphatase related  57.14 
 
 		 89 aa  77  0.00000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2069  hypothetical protein  45 
 
 		 99 aa  75.5  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0237975  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1310  hypothetical protein  42.47 
 
 		 87 aa  71.2  0.000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2165  hypothetical protein  50.82 
 
 		 93 aa  70.9  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0267267 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1616  hypothetical protein  50 
 
 		 102 aa  70.9  0.000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.222857  hitchhiker  0.0000000071157 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1642  hypothetical protein  48.21 
 
 		 103 aa  69.3  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000459021  hitchhiker  0.000578829 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1464  hypothetical protein  48.21 
 
 		 103 aa  68.9  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000111169  hitchhiker  0.0000228701 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2726  hypothetical protein  51.43 
 
 		 90 aa  62  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00110961  hitchhiker  0.000988908 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2213  protein of unknown function DUF1315  48.53 
 
 		 91 aa  62  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.552489  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2501  hypothetical protein  48.15 
 
 		 90 aa  58.9  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000799763  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01734  hypothetical protein  48.15 
 
 		 90 aa  58.9  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0645838  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1967  hypothetical protein  48.53 
 
 		 92 aa  59.3  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0374298  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1677  hypothetical protein  41.38 
 
 		 91 aa  58.9  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00146964  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01746  hypothetical protein  48.15 
 
 		 90 aa  58.9  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0320399  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1419  general negative regulator of transcription subunit 1  50 
 
 		 92 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.3599 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1386  general negative regulator of transcription subunit 1  50 
 
 		 92 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.192473  normal  0.463318 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1403  general negative regulator of transcription subunit 1  50 
 
 		 92 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.231053  normal  0.0314437 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1883  general negative regulator of transcription subunit 1  50 
 
 		 92 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000481147  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2064  negative transcription regulator subunit 1  50 
 
 		 92 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.576353  hitchhiker  0.00180561 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1971  protein of unknown function DUF1315  47.06 
 
 		 89 aa  58.2  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.78632  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2263  protein of unknown function DUF1315  47.06 
 
 		 92 aa  57.4  0.00000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0336147  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1855  hypothetical protein  46.3 
 
 		 90 aa  57  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.187096  hitchhiker  0.0000143915 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1414  hypothetical protein  46.3 
 
 		 90 aa  57  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.115884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2024  hypothetical protein  46.3 
 
 		 90 aa  57  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000013338  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2001  hypothetical protein  46.3 
 
 		 90 aa  57  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00375571  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1862  hypothetical protein  46.3 
 
 		 90 aa  57  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000189089  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1985  hypothetical protein  54.17 
 
 		 90 aa  55.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000004819  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2349  hypothetical protein  54.17 
 
 		 121 aa  55.5  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000171077  normal  0.0248494 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2094  hypothetical protein  54.17 
 
 		 124 aa  55.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000821619  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1865  protein of unknown function DUF1315  51.11 
 
 		 90 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000580001  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01263  hypothetical protein  42.65 
 
 		 97 aa  53.5  0.0000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.357236  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1852  hypothetical protein  40.38 
 
 		 94 aa  51.2  0.000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03046  hypothetical protein  47.5 
 
 		 94 aa  49.3  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1581  hypothetical protein  38.24 
 
 		 95 aa  48.9  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000477039  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2362  hypothetical protein  42.31 
 
 		 93 aa  48.9  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0180646 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2313  hypothetical protein  37.5 
 
 		 93 aa  47.8  0.00005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000279733  hitchhiker  0.000293063 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1962  hypothetical protein  36.21 
 
 		 93 aa  47.4  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0538923  normal  0.0622717 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002911  putative cytoplasmic protein  39.53 
 
 		 94 aa  47.4  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000075143  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2071  hypothetical protein  36.21 
 
 		 93 aa  47  0.00008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00802989  hitchhiker  0.00141777 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1907  hypothetical protein  36.21 
 
 		 93 aa  47  0.00008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00273156  hitchhiker  0.00000883214 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1644  hypothetical protein  35.38 
 
 		 93 aa  47  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1944  hypothetical protein  34.48 
 
 		 93 aa  45.4  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1721  hypothetical protein  34.48 
 
 		 97 aa  45.8  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00790834  normal  0.0486869 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2422  hypothetical protein  33.93 
 
 		 93 aa  45.4  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2413  hypothetical protein  34.48 
 
 		 93 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.018335  hitchhiker  0.000124304 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2298  hypothetical protein  34.48 
 
 		 93 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000877554  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1939  hypothetical protein  37.5 
 
 		 93 aa  45.4  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.901326  normal  0.0101774 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2049  protein of unknown function DUF1315  34.48 
 
 		 93 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.015237  hitchhiker  0.0000000000394819 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2053  hypothetical protein  34.48 
 
 		 93 aa  44.7  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.302753  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2297  hypothetical protein  34 
 
 		 94 aa  43.5  0.0008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000234512  normal  0.367426 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2147  hypothetical protein  33.9 
 
 		 93 aa  42.7  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.064686  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2255  hypothetical protein  31.03 
 
 		 93 aa  41.2  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000753505  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2565  hypothetical protein  31.48 
 
 		 107 aa  41.6  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131029  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1903  hypothetical protein  37.25 
 
 		 93 aa  40.4  0.009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.192756  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>