64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2659 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2659  penicillin-insensitive murein endopeptidase  100 
 
 		 290 aa  592  1e-168  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.578281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2663  penicillin-insensitive murein endopeptidase  58.49 
 
 		 307 aa  299  3e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3338  penicillin-insensitive murein endopeptidase  52 
 
 		 296 aa  291  9e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0021  penicillin-insensitive murein endopeptidase  50.87 
 
 		 293 aa  290  1e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0031  penicillin-insensitive murein endopeptidase  49.83 
 
 		 294 aa  279  4e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1363  penicillin-insensitive murein endopeptidase  49.83 
 
 		 294 aa  279  4e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0344  penicillin-insensitive murein endopeptidase  51.92 
 
 		 300 aa  261  8e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3596  penicillin-insensitive murein endopeptidase  47.41 
 
 		 345 aa  248  1e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0450  penicillin-insensitive murein endopeptidase  52.59 
 
 		 318 aa  244  9.999999999999999e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.100196  normal  0.0724042 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0341  penicillin-insensitive murein endopeptidase  51.07 
 
 		 350 aa  242  5e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.453841 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5739  penicillin-insensitive murein endopeptidase  51.46 
 
 		 324 aa  242  5e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3367  penicillin-insensitive murein endopeptidase  46.95 
 
 		 355 aa  242  6e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0437  penicillin-insensitive murein endopeptidase  49.79 
 
 		 320 aa  241  1e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.374633  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0394  penicillin-insensitive murein endopeptidase  46.4 
 
 		 320 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3098  penicillin-insensitive murein endopeptidase  47.6 
 
 		 309 aa  238  8e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3296  penicillin-insensitive murein endopeptidase  50 
 
 		 307 aa  236  3e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00347762 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1139  penicillin-insensitive murein endopeptidase  48.76 
 
 		 307 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0305084  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4516  penicillin-insensitive murein endopeptidase  47.92 
 
 		 306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2176  penicillin-insensitive murein endopeptidase  48.76 
 
 		 311 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.543543 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3484  penicillin-insensitive murein endopeptidase  49.36 
 
 		 309 aa  230  2e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.395907 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1047  penicillin-insensitive murein endopeptidase  43.94 
 
 		 340 aa  228  7e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.203239  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0985  penicillin-insensitive murein endopeptidase  43.94 
 
 		 340 aa  228  1e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0581  penicillin-insensitive murein endopeptidase  49.57 
 
 		 312 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.29607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0051  penicillin-insensitive murein endopeptidase  44.6 
 
 		 318 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0241  penicillin-insensitive murein endopeptidase  43.75 
 
 		 336 aa  223  2e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.264656  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3607  penicillin-insensitive murein endopeptidase  47.23 
 
 		 309 aa  224  2e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1334  penicillin-insensitive murein endopeptidase  47.29 
 
 		 310 aa  224  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0158  penicillin-insensitive murein endopeptidase  47.11 
 
 		 317 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3284  penicillin-insensitive murein endopeptidase  44.04 
 
 		 309 aa  222  6e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4131  penicillin-insensitive murein endopeptidase  44.06 
 
 		 358 aa  219  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0461915  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4445  penicillin-insensitive murein endopeptidase  44.06 
 
 		 358 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.710373 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7377  penicillin-insensitive murein endopeptidase  44.62 
 
 		 313 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1690  penicillin-insensitive murein endopeptidase  43.89 
 
 		 279 aa  192  5e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0560  penicillin-insensitive murein endopeptidase  43.75 
 
 		 278 aa  192  6e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1204  penicillin-insensitive murein endopeptidase  39.64 
 
 		 279 aa  189  2.9999999999999997e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.107398  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2592  penicillin-insensitive murein endopeptidase  41.3 
 
 		 276 aa  181  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3373  penicillin-insensitive murein endopeptidase  43.1 
 
 		 275 aa  181  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.903399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004390  murein endopeptidase  41.22 
 
 		 278 aa  179  5.999999999999999e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2572  penicillin-insensitive murein endopeptidase  40.15 
 
 		 274 aa  176  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2612  penicillin-insensitive murein endopeptidase  40.15 
 
 		 274 aa  176  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.728479 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2523  penicillin-insensitive murein endopeptidase  40.15 
 
 		 274 aa  176  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2736  penicillin-insensitive murein endopeptidase  40.15 
 
 		 274 aa  176  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2810  penicillin-insensitive murein endopeptidase  38.93 
 
 		 281 aa  175  9e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.206601  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2625  penicillin-insensitive murein endopeptidase  40.15 
 
 		 274 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.644795  hitchhiker  0.000000497544 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2876  penicillin-insensitive murein endopeptidase  42.86 
 
 		 274 aa  173  2.9999999999999996e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0818548  normal  0.124229 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6120  penicillin-insensitive murein endopeptidase  40.38 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.408922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3469  penicillin-insensitive murein endopeptidase  39.44 
 
 		 274 aa  172  5e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01020  penicillin-insensitive murein endopeptidase  41.2 
 
 		 282 aa  172  5.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2623  penicillin-insensitive murein endopeptidase  39.68 
 
 		 274 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1454  penicillin-insensitive murein endopeptidase  38.55 
 
 		 281 aa  172  6.999999999999999e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1324  penicillin-insensitive murein endopeptidase  39.68 
 
 		 274 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2480  penicillin-insensitive murein endopeptidase  39.68 
 
 		 274 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1346  penicillin-insensitive murein endopeptidase  39.26 
 
 		 269 aa  171  9e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.526818  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0376  penicillin-insensitive murein endopeptidase  40.89 
 
 		 268 aa  171  1e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2706  penicillin-insensitive murein endopeptidase  39.68 
 
 		 274 aa  171  1e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1515  penicillin-insensitive murein endopeptidase  40.89 
 
 		 268 aa  171  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1406  penicillin-insensitive murein endopeptidase  40.89 
 
 		 275 aa  171  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.277424  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2485  penicillin-insensitive murein endopeptidase  39.29 
 
 		 274 aa  171  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.765276  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02213  hypothetical protein  38.82 
 
 		 274 aa  169  4e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02253  penicillin-insensitive murein endopeptidase  38.82 
 
 		 274 aa  169  4e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1328  peptidase U6 penicillin-insensitive murein endopeptidase  38.82 
 
 		 274 aa  169  5e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0543  penicillin-insensitive murein endopeptidase  37.89 
 
 		 294 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6708  hypothetical protein  27.57 
 
 		 316 aa  44.7  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1831  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  26.42 
 
 		 323 aa  42.4  0.009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>