16 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3425 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3425  transcriptional regulator, putative  100 
 
 		 107 aa  220  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000176936  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3031  pyocin R2_PP, transcriptional activator prtN  71.13 
 
 		 105 aa  136  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.453113  normal  0.0918719 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3988  hypothetical protein  56.98 
 
 		 109 aa  99.4  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0146108  normal  0.105596 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07950  transcriptional regulator PrtN  53.75 
 
 		 104 aa  93.6  8e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0561092  hitchhiker  0.00216354 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0754  transcriptional regulator PrtN  53.85 
 
 		 104 aa  92  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0155188  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3310  hypothetical protein  30.38 
 
 		 96 aa  45.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.570149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2417  hypothetical protein  30.86 
 
 		 86 aa  43.5  0.0009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0899088  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2416  hypothetical protein  32.05 
 
 		 86 aa  42.7  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.178664  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1680  hypothetical protein  29.17 
 
 		 97 aa  40.8  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.124193  normal  0.187707 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2364  hypothetical protein  29.41 
 
 		 94 aa  40.8  0.006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3620  hypothetical protein  32.35 
 
 		 86 aa  40.4  0.008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00315383  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0763  hypothetical protein  32.35 
 
 		 86 aa  40.4  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000422507  unclonable  0.0000111786 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2011  hypothetical protein  32.35 
 
 		 86 aa  40.4  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000243712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0734  hypothetical protein  32.35 
 
 		 86 aa  40.4  0.009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.012611  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0759  hypothetical protein  32.35 
 
 		 86 aa  40.4  0.009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000715383  normal  0.0622398 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2021  hypothetical protein  32.84 
 
 		 87 aa  40  0.01  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>