78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_R0073 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_R0073  tRNA-Pro  100 
 
 		 101 bp  200  5e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4211  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000122851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0954  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  54  0.000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4199  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.81521e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.125316 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4710  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.38627e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5087  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000056915  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000103446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6028  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0235921 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0525  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000996192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0124  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000592514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4161  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0054  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0462421  normal  0.0117618 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4322  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.17442e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4260  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4142  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000739333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4157  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000133465  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4319  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000432818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5230  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0035  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.593319  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.265637  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0008  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000368398  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0091  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0089  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.436716 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00067  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000401991  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345809  normal  0.135729 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00277119  normal  0.546011 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t16  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  54  0.000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0097  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000263693  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0610  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0978805  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4334  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.761071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.916534 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0058  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.11838  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.208481  normal  0.822208 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0073  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.665129 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0012  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0021  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0070  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.644432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0003  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0060  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0038  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0016  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0055    96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.594029  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5037  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0022  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0004  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.710859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0004  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0120  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0536302  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0068  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0065  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 65 bp  46.1  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0036  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.962728 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0035  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0040  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0007  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0009  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0022  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0023  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2088  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.475154  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0083  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0005  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.208114  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26130  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.36527  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1764  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.366542  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0136  tRNA-Met  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0746  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.006  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0005  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0051  tRNA-Val  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.959203 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0090  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>