28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3062 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3062  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 245 aa  499  1e-140  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.119548 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3152  helix-turn-helix domain protein  65.71 
 
 		 247 aa  330  1e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.769189  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3879  XRE family transcriptional regulator  65.71 
 
 		 247 aa  330  1e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.633832  normal  0.478998 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0454  XRE family transcriptional regulator  66.26 
 
 		 243 aa  326  2.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.154754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4499  XRE family transcriptional regulator  64.61 
 
 		 243 aa  322  5e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.144103 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0307  helix-turn-helix domain-containing protein  65.02 
 
 		 243 aa  320  9.999999999999999e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0535  XRE family transcriptional regulator  64.61 
 
 		 246 aa  319  3e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.003613 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5081  helix-turn-helix domain protein  62.55 
 
 		 244 aa  308  5e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4174  XRE family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 245 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.383217  normal  0.0580718 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4193  XRE family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 245 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.177463  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3343  helix-turn-helix domain-containing protein  39.59 
 
 		 245 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3581  XRE family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 245 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.367106 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4061  helix-turn-helix domain-containing protein  39.59 
 
 		 245 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.859423 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1857  XRE family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 245 aa  167  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.293754 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000569  predicted transcriptional regulator  35.51 
 
 		 252 aa  163  3e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05315  hypothetical protein  34.69 
 
 		 245 aa  159  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01350  transcriptional regulator, XRE family  38.78 
 
 		 245 aa  158  6e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3109  transcriptional regulator  35.95 
 
 		 246 aa  157  1e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.11799 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1901  XRE family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 246 aa  148  7e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3530  hypothetical protein  33.75 
 
 		 243 aa  145  6e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2371  XRE family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 245 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000292572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00769  protein containing HTH domain  31.15 
 
 		 244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3619  XRE family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 255 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1482  XRE family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 248 aa  60.8  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06896  hypothetical protein  22.92 
 
 		 255 aa  55.8  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3283  helix-turn-helix domain-containing protein  23.57 
 
 		 253 aa  51.2  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.323372 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000898  hypothetical protein  21.89 
 
 		 255 aa  50.1  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01701  hypothetical protein  33.33 
 
 		 81 aa  43.9  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>