29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_3152 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_3152  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 247 aa  503  1e-141  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.769189  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3879  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 247 aa  503  1e-141  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.633832  normal  0.478998 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4499  XRE family transcriptional regulator  88.07 
 
 		 243 aa  442  1e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.144103 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0454  XRE family transcriptional regulator  83.54 
 
 		 243 aa  425  1e-118  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.154754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0535  XRE family transcriptional regulator  81.89 
 
 		 246 aa  414  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.003613 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0307  helix-turn-helix domain-containing protein  81.48 
 
 		 243 aa  413  1e-114  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5081  helix-turn-helix domain protein  78.19 
 
 		 244 aa  394  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3062  helix-turn-helix domain-containing protein  65.71 
 
 		 245 aa  316  2e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.119548 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4193  XRE family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 245 aa  186  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.177463  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3343  helix-turn-helix domain-containing protein  38.68 
 
 		 245 aa  186  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4174  XRE family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 245 aa  186  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.383217  normal  0.0580718 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3581  XRE family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 245 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.367106 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4061  helix-turn-helix domain-containing protein  37.96 
 
 		 245 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.859423 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05315  hypothetical protein  38.52 
 
 		 245 aa  176  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1901  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 246 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1857  XRE family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 245 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.293754 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3109  transcriptional regulator  39.26 
 
 		 246 aa  171  9e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.11799 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000569  predicted transcriptional regulator  36.89 
 
 		 252 aa  167  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01350  transcriptional regulator, XRE family  40.82 
 
 		 245 aa  167  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3530  hypothetical protein  34.58 
 
 		 243 aa  152  5.9999999999999996e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2371  XRE family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 245 aa  149  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000292572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00769  protein containing HTH domain  32.92 
 
 		 244 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3619  XRE family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 255 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3283  helix-turn-helix domain-containing protein  24.42 
 
 		 253 aa  60.5  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.323372 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1482  XRE family transcriptional regulator  22.29 
 
 		 248 aa  52.4  0.000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000898  hypothetical protein  26.03 
 
 		 255 aa  46.6  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06896  hypothetical protein  23.02 
 
 		 255 aa  46.6  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3632  hypothetical protein  22.58 
 
 		 225 aa  44.3  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01701  hypothetical protein  34.18 
 
 		 81 aa  42  0.009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>