195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2781 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2781  50S ribosomal protein L33  100 
 
 		 55 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.690161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1225  50S ribosomal protein L33  96.36 
 
 		 55 aa  108  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.757582 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1915  50S ribosomal protein L33  94.55 
 
 		 55 aa  107  5e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1887  50S ribosomal protein L33  92.73 
 
 		 55 aa  104  4e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.109266  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0534  50S ribosomal protein L33  92.73 
 
 		 55 aa  104  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0670  50S ribosomal protein L33  92.73 
 
 		 55 aa  104  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00672622 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4292  50S ribosomal protein L33  92.73 
 
 		 55 aa  103  7e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1278  50S ribosomal protein L33  85.45 
 
 		 55 aa  99.4  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.415692  normal  0.0543847 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1499  50S ribosomal protein L33  85.45 
 
 		 55 aa  98.2  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.612868  normal  0.102067 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2816  ribosomal protein L33  80 
 
 		 55 aa  96.3  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.480398  normal  0.276793 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2947  50S ribosomal protein L33  83.64 
 
 		 55 aa  94  7e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2107  50S ribosomal protein L33  80 
 
 		 55 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.680646 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1771  50S ribosomal protein L33  80 
 
 		 55 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1740  50S ribosomal protein L33  80 
 
 		 55 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.33138  normal  0.392054 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3188  50S ribosomal protein L33  80 
 
 		 55 aa  90.1  8e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1350  50S ribosomal protein L33  80 
 
 		 55 aa  90.1  9e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.871932  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0609  50S ribosomal protein L33  80 
 
 		 55 aa  89  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3676  50S ribosomal protein L33  80 
 
 		 55 aa  89  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0498554  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0574  50S ribosomal protein L33  80 
 
 		 55 aa  89  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3540  50S ribosomal protein L33  78.18 
 
 		 55 aa  88.2  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3576  50S ribosomal protein L33  76.36 
 
 		 55 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.870644 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2780  50S ribosomal protein L33  76.36 
 
 		 55 aa  88.6  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.729809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7415  50S ribosomal protein L33  74.55 
 
 		 55 aa  87.4  6e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0365906  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0927  50S ribosomal protein L33  78.18 
 
 		 55 aa  87  8e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.876477  normal  0.594251 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2235  50S ribosomal protein L33  76.36 
 
 		 55 aa  86.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.655052  normal  0.015241 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3037  50S ribosomal protein L33  76.36 
 
 		 55 aa  86.3  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162759  normal  0.260589 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1751  50S ribosomal protein L33  76.36 
 
 		 55 aa  85.9  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.413593  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6677  50S ribosomal protein L33  72.73 
 
 		 55 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4738  50S ribosomal protein L33  72.73 
 
 		 55 aa  85.5  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0847  50S ribosomal protein L33  74.55 
 
 		 55 aa  84.7  3e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0388804  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1383  50S ribosomal protein L33  76.36 
 
 		 55 aa  84.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.475862  normal  0.535543 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2414  50S ribosomal protein L33  74.55 
 
 		 55 aa  84.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.63565  normal  0.146005 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1291  50S ribosomal protein L33  74.55 
 
 		 55 aa  84.3  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.070156  hitchhiker  0.00170848 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1433  50S ribosomal protein L33  70.91 
 
 		 55 aa  84  6e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2441  50S ribosomal protein L33  70.91 
 
 		 55 aa  84  6e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.327121  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3026  50S ribosomal protein L33  74.55 
 
 		 55 aa  83.2  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3842  50S ribosomal protein L33  72.73 
 
 		 55 aa  82.4  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0124984 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3860  50S ribosomal protein L33  70.91 
 
 		 55 aa  81.6  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0147  50S ribosomal protein L33  69.09 
 
 		 55 aa  80.9  0.000000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0204483  normal  0.0145707 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0039  50S ribosomal protein L33  69.09 
 
 		 55 aa  78.6  0.00000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0816  50S ribosomal protein L33  67.27 
 
 		 55 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.761124 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3150  50S ribosomal protein L33  67.27 
 
 		 55 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.678006  normal  0.508771 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5835  50S ribosomal protein L33  67.27 
 
 		 55 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2528  50S ribosomal protein L33  67.27 
 
 		 55 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1892  50S ribosomal protein L33  67.27 
 
 		 55 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2550  50S ribosomal protein L33  67.27 
 
 		 55 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2503  50S ribosomal protein L33  67.27 
 
 		 55 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.638858  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2421  50S ribosomal protein L33  67.27 
 
 		 55 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170967  hitchhiker  0.000857302 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0054  50S ribosomal protein L33  70.83 
 
 		 51 aa  73.2  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.505038  normal  0.0539587 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2232  50S ribosomal protein L33  67.27 
 
 		 55 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1136  50S ribosomal protein L33  67.27 
 
 		 55 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.540244  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0779  50S ribosomal protein L33  67.27 
 
 		 55 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0583  50S ribosomal protein L33  67.27 
 
 		 55 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.643908 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2648  50S ribosomal protein L33  67.27 
 
 		 55 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.417421  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0792  50S ribosomal protein L33  67.27 
 
 		 55 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.696109  normal  0.11426 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1022  50S ribosomal protein L33  67.27 
 
 		 55 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.209918  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0977  50S ribosomal protein L33  67.27 
 
 		 55 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0982  50S ribosomal protein L33  67.27 
 
 		 55 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.392597  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2101  50S ribosomal protein L33  67.27 
 
 		 55 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.278945  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2734  50S ribosomal protein L33  72.92 
 
 		 56 aa  71.6  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3680  50S ribosomal protein L33P  70.83 
 
 		 51 aa  72  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000213353  normal  0.0395142 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2871  50S ribosomal protein L33  72.92 
 
 		 56 aa  72  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0654658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3181  50S ribosomal protein L33  66.67 
 
 		 56 aa  70.9  0.000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0145a  50S ribosomal protein L33  66.67 
 
 		 56 aa  70.9  0.000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00313343  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0311  50S ribosomal protein L33  68.75 
 
 		 51 aa  70.5  0.000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000251757  normal  0.219497 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1996  ribosomal protein L33  64.81 
 
 		 56 aa  70.1  0.000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.76258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2723  50S ribosomal protein L33  68.75 
 
 		 56 aa  69.7  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10365  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3205  50S ribosomal protein L33P  60 
 
 		 55 aa  70.1  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0324  50S ribosomal protein L33  63.64 
 
 		 55 aa  69.7  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3215  50S ribosomal protein L33  63.64 
 
 		 55 aa  69.7  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3385  50S ribosomal protein L33  68.75 
 
 		 56 aa  69.7  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.239871 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2340  50S ribosomal protein L33  68.75 
 
 		 51 aa  68.9  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1281  ribosomal protein L33  68.75 
 
 		 57 aa  69.3  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.39142  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0190  50S ribosomal protein L33  61.82 
 
 		 55 aa  68.2  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000760061  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2446  50S ribosomal protein L33  70.83 
 
 		 56 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3835  50S ribosomal protein L33  61.11 
 
 		 57 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0015523  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2590  50S ribosomal protein L33P  63.64 
 
 		 55 aa  68.6  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.493665  normal  0.155202 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2324  50S ribosomal protein L33  70.83 
 
 		 56 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00807878 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3429  50S ribosomal protein L33  68.75 
 
 		 56 aa  68.2  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.138945  normal  0.509764 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2714  50S ribosomal protein L33  70.83 
 
 		 56 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0378  50S ribosomal protein L33  62.96 
 
 		 57 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00128986  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4246  50S ribosomal protein L33  62.96 
 
 		 57 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0404  50S ribosomal protein L33  62.96 
 
 		 57 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000033956  hitchhiker  0.000000000114944 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3595  50S ribosomal protein L33  62.96 
 
 		 57 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0317217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0361  50S ribosomal protein L33  62.96 
 
 		 57 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.129931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3768  50S ribosomal protein L33  62.96 
 
 		 57 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.299368  normal  0.753148 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0379  50S ribosomal protein L33  62.96 
 
 		 57 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000434735  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0390  50S ribosomal protein L33  62.96 
 
 		 57 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000114738  hitchhiker  0.0000558553 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1756  50S ribosomal protein L33  64.58 
 
 		 56 aa  67.4  0.00000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1453  50S ribosomal protein L33  60 
 
 		 55 aa  67  0.00000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.7102 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0161  ribosomal protein L33  60 
 
 		 55 aa  67  0.00000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.490413  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0328  50S ribosomal protein L33  64.58 
 
 		 57 aa  66.6  0.00000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.101866  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4559  50S ribosomal protein L33  64.58 
 
 		 57 aa  66.6  0.00000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00166068  hitchhiker  0.00000473608 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3826  50S ribosomal protein L33  64.58 
 
 		 57 aa  66.6  0.00000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513891  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0387  50S ribosomal protein L33  64.58 
 
 		 57 aa  66.6  0.00000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00101939  hitchhiker  0.000000105802 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3479  50S ribosomal protein L33  61.11 
 
 		 57 aa  67  0.00000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0020759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0464  50S ribosomal protein L33  61.11 
 
 		 57 aa  67  0.00000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000104252  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2600  50S ribosomal protein L33  61.82 
 
 		 55 aa  67  0.00000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  2.19047e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0210  50S ribosomal protein L33  66.67 
 
 		 51 aa  66.6  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.088727  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5536  50S ribosomal protein L33  68.09 
 
 		 51 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140838  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>