81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_r09 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008262  CPR_r09  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 128 bp  254  5.000000000000001e-66  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r03  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 128 bp  254  5.000000000000001e-66  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3000  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 128 bp  252  2e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r18  5S ribosomal RNA  93.28 
 
 		 127 bp  165  3e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.796215  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r15  5S ribosomal RNA  93.28 
 
 		 127 bp  165  3e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r12  5S ribosomal RNA  93.28 
 
 		 127 bp  165  3e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r24  5S ribosomal RNA  93.28 
 
 		 127 bp  165  3e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r21  5S ribosomal RNA  93.28 
 
 		 127 bp  165  3e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r06  5S ribosomal RNA  93.28 
 
 		 127 bp  165  3e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3019  5S ribosomal RNA  93.28 
 
 		 127 bp  165  3e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3009  5S ribosomal RNA  93.22 
 
 		 127 bp  163  1e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3015  5S ribosomal RNA  93.22 
 
 		 127 bp  163  1e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3012  5S ribosomal RNA  93.22 
 
 		 127 bp  163  1e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3006  5S ribosomal RNA  93.22 
 
 		 127 bp  163  1e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3003  5S ribosomal RNA  93.22 
 
 		 127 bp  163  1e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r28  5S ribosomal RNA  92.44 
 
 		 127 bp  157  8e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r27  5S ribosomal RNA  88.79 
 
 		 122 bp  109  2e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22200  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 123 bp  79.8  0.0000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.380551  normal  0.811083 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37120  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 123 bp  79.8  0.0000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06930  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 123 bp  79.8  0.0000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.648291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10570  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 123 bp  79.8  0.0000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.782601  normal  0.301698 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0047  5S ribosomal RNA  97.5 
 
 		 117 bp  71.9  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0292676  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0050  5S ribosomal RNA  97.5 
 
 		 117 bp  71.9  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000265937  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0031  5S ribosomal RNA  97.5 
 
 		 117 bp  71.9  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000618538  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0015  5S ribosomal RNA  97.5 
 
 		 117 bp  71.9  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0037  5S ribosomal RNA  97.44 
 
 		 118 bp  69.9  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0195143  hitchhiker  0.00974115 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0036  5S ribosomal RNA  97.44 
 
 		 117 bp  69.9  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0195143  hitchhiker  0.00974115 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0021  5S ribosomal RNA  97.44 
 
 		 117 bp  69.9  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.800418  normal  0.340088 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0020  5S ribosomal RNA  97.44 
 
 		 118 bp  69.9  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.803833  normal  0.34124 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0019  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 132 bp  65.9  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0044  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 132 bp  65.9  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0061  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0034  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0051  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0058  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0038  5S ribosomal RNA  94.87 
 
 		 117 bp  61.9  0.00000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0784313  normal  0.234797 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0046  5S ribosomal RNA  94.87 
 
 		 117 bp  61.9  0.00000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172718  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0054  5S ribosomal RNA  84.27 
 
 		 115 bp  58  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0022  5S ribosomal RNA  84.27 
 
 		 115 bp  58  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0059  5S ribosomal RNA  84.27 
 
 		 115 bp  58  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0069  5S ribosomal RNA  84.27 
 
 		 115 bp  58  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0070  5S ribosomal RNA  84.27 
 
 		 117 bp  58  0.0000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.260067  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0037  5S ribosomal RNA  84.27 
 
 		 117 bp  58  0.0000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.047404  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0032  5S ribosomal RNA  84.27 
 
 		 117 bp  58  0.0000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0022  5S ribosomal RNA  84.27 
 
 		 117 bp  58  0.0000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0019  5S ribosomal RNA  92.5 
 
 		 117 bp  56  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0067  5S ribosomal RNA  92.5 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0077  5S ribosomal RNA  92.5 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0053  5S ribosomal RNA  92.5 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0159173  normal  0.653325 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0020  5S ribosomal RNA  92.5 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0031  5S ribosomal RNA  92.5 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.514773  normal  0.248036 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0032  5S ribosomal RNA  92.5 
 
 		 117 bp  56  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.514773  normal  0.248036 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0033  5S ribosomal RNA  92.5 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.800636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0034  5S ribosomal RNA  92.5 
 
 		 117 bp  56  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.808795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0034  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 		 117 bp  54  0.000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.263469 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0005  5S ribosomal RNA  88 
 
 		 117 bp  52  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.52738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0016  5S ribosomal RNA  88 
 
 		 117 bp  52  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.384299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0068  5S ribosomal RNA  91.89 
 
 		 117 bp  50.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0043  5S ribosomal RNA  90.24 
 
 		 117 bp  50.1  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.304759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0054  5S ribosomal RNA  91.89 
 
 		 117 bp  50.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0160021  normal  0.653325 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0078  5S ribosomal RNA  91.89 
 
 		 117 bp  50.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0034  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 117 bp  48.1  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0015  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 117 bp  48.1  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0035  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 116 bp  48.1  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0016  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 116 bp  48.1  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0035  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 116 bp  48.1  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0016  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 116 bp  48.1  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0975  5S ribosomal RNA  96.43 
 
 		 110 bp  48.1  0.0005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0039  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 116 bp  48.1  0.0005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0028  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 116 bp  48.1  0.0005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.349072  normal  0.465513 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0027  5S ribosomal RNA  80.87 
 
 		 117 bp  46.1  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0042  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 116 bp  46.1  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0030  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 116 bp  46.1  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.476449  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0006  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 116 bp  46.1  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.449414  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0017  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 117 bp  46.1  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.711795  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0047  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 117 bp  46.1  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0798933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12360  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 129 bp  46.1  0.002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0222476  normal  0.150299 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07400  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 129 bp  46.1  0.002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.224286  normal  0.168407 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0048  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 116 bp  46.1  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.48355  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0029  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 116 bp  46.1  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0007  5S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 116 bp  46.1  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>