19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0872 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0872  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 266 aa  538  9.999999999999999e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.336664 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0134  helix-turn-helix domain-containing protein  28.51 
 
 		 272 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35470  hypothetical protein  30.8 
 
 		 272 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.030822  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2990  hypothetical protein  30.77 
 
 		 272 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0788  transcriptional regulator  50.82 
 
 		 270 aa  62.4  0.000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0390  hypothetical protein  44.3 
 
 		 266 aa  61.2  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2650  transcriptional regulator  26.56 
 
 		 271 aa  60.5  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00061055  normal  0.037615 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0497  Cro/CI family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 269 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0540  Cro/CI family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 269 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.781184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0531  Cro/CI family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 269 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.532711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2182  putative transcriptional regulator  28.08 
 
 		 264 aa  58.2  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.293373  normal  0.188357 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0552  Cro/CI family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 269 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.213682 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1093  XRE family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 280 aa  52.8  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6961  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 275 aa  50.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.512084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6303  hypothetical protein  38.81 
 
 		 322 aa  50.4  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.519477 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1526  hypothetical protein  38.81 
 
 		 322 aa  50.4  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.818031  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4501  helix-turn-helix domain protein  45.28 
 
 		 261 aa  50.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0769508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  26.05 
 
 		 135 aa  42.4  0.007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF01400  expressed protein  32.61 
 
 		 461 aa  42.4  0.007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>